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- PDB-2r0u: Crystal Structure of Chek1 in Complex with Inhibitor 54 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r0u
タイトルCrystal Structure of Chek1 in Complex with Inhibitor 54
要素Serine/threonine-protein kinase Chk1
キーワードTRANSFERASE / Chek1 / Kinase / cell cycle check point / ATP-binding / Cytoplasm / DNA damage / DNA repair / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphorylation / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase / Ubl conjugation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleus organization ...negative regulation of G0 to G1 transition / apoptotic process involved in development / histone H3T11 kinase activity / negative regulation of DNA biosynthetic process / mitotic G2/M transition checkpoint / negative regulation of mitotic nuclear division / regulation of mitotic centrosome separation / inner cell mass cell proliferation / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleus organization / negative regulation of gene expression, epigenetic / cellular response to caffeine / Transcriptional Regulation by E2F6 / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / replicative senescence / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of cell cycle / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress / regulation of signal transduction by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / condensed nuclear chromosome / replication fork / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / peptidyl-threonine phosphorylation / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Signaling by SCF-KIT / G2/M DNA damage checkpoint / cellular response to mechanical stimulus / G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of cell population proliferation / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / chromatin remodeling / protein phosphorylation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / DNA damage response / chromatin / apoptotic process / protein-containing complex / extracellular space / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Checkpoint kinase 1, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M54 / Serine/threonine-protein kinase Chk1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yan, Y. / Ikuta, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2007
タイトル: Synthesis and evaluation of substituted benzoisoquinolinones as potent inhibitors of Chk1 kinase.
著者: Garbaccio, R.M. / Huang, S. / Tasber, E.S. / Fraley, M.E. / Yan, Y. / Munshi, S. / Ikuta, M. / Kuo, L. / Kreatsoulas, C. / Stirdivant, S. / Drakas, B. / Rickert, K. / Walsh, E.S. / Hamilton, ...著者: Garbaccio, R.M. / Huang, S. / Tasber, E.S. / Fraley, M.E. / Yan, Y. / Munshi, S. / Ikuta, M. / Kuo, L. / Kreatsoulas, C. / Stirdivant, S. / Drakas, B. / Rickert, K. / Walsh, E.S. / Hamilton, K.A. / Buser, C.A. / Hardwick, J. / Mao, X. / Beck, S.C. / Abrams, M.T. / Tao, W. / Lobell, R. / Sepp-Lorenzino, L. / Hartman, G.D.
履歴
登録2007年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase Chk1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3332
ポリマ－36,9221
非ポリマー4101
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.260, 65.540, 58.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase Chk1


分子量: 36922.152 Da / 分子数: 1 / 断片: Protein kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRAD2030
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O14757, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-M54 / 6-(3-aminopropyl)-4-(3-hydroxyphenyl)-9-(1H-pyrazol-4-yl)benzo[h]isoquinolin-1(2H)-one / M-54


分子量: 410.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H22N4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 13% PEG8K, 0.1M ammonium sulfate, 2% glycerol, 0.1M sodium cacodylate buffer, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月27日 / 詳細: blue Max-Flux confocal optical system
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→58 Å / Num. all: 26987 / Num. obs: 26669 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.91 % / Biso Wilson estimate: 30.747 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.85 % / Rmerge(I) obs: 0.314 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 2675 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.1.1精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1IA8

1ia8


解像度: 1.9→58 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 1333 5 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1965 26662 98.65 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36710594 Å20 Å20.09719814 Å2
2---2.18739559 Å20 Å2
3----0.17971035 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2186 0 31 254 2471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0122722
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.12230592
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d20.154770
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.012722
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0163245
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.669227220
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.073285
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2588 194 4.64 %
Rwork0.2212 3990 -
all22.3 4184 -
obs--98.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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