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万見
- PDB-2r0f: Ligand free structure of fungal lectin CGL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r0f
タイトルLigand free structure of fungal lectin CGL3
要素CGL3 lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectin-related / lectin / chitooligosaccharides
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Coprinus cinereus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Waelti, M.A. / Walser, P.J. / Thore, S. / Gruenler, A. / Ban, N. / Kuenzler, M. / Aebi, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Basis for Chitotetraose Coordination by CGL3, a Novel Galectin-Related Protein from Coprinopsis cinerea
著者: Waelti, M.A. / Walser, P.J. / Thore, S. / Gruenler, A. / Bednar, M. / Kuenzler, M. / Aebi, M.
履歴
登録2007年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CGL3 lectin
B: CGL3 lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5172
ポリマ－37,5172
非ポリマー00
水4,288238
1
A: CGL3 lectin
B: CGL3 lectin

A: CGL3 lectin
B: CGL3 lectin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0334
ポリマ－75,0334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area7920 Å2
ΔGint-33.8 kcal/mol
Surface area27040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.375, 112.375, 175.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 163 / Label seq-ID: 1 - 163

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 CGL3 lectin


分子量: 18758.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coprinus cinereus (菌類) / 株: AmutBmut / 遺伝子: cgl3 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q206Z5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: MPD, sodium citrate, pH4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月12日
放射モノクロメーター: Sagittal Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 41642 / % possible obs: 91.03 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 11.828 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.163 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 2432 / Rsym value: 0.24 / % possible all: 83.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ULD

1uld


解像度: 2→14.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.135
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24949 2260 5.2 %RANDOM
Rwork0.24267 ---
obs0.24301 41187 97.1 %-
all-41187 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20.01 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→14.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2626 0 0 238 2864
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4041.983636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.2055324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33623.582134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87415462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3481524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.4550.2396
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.31049
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3340.51801
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.5324
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3860.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.17621626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.25632656
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32921058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7463980
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1312 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.45
loose thermal3.4910
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 150 -
Rwork0.406 2836 -
obs--93.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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