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- PDB-2qxs: Crystal Structure of Antagonizing Mutant 536S of the Estrogen Rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qxs
タイトルCrystal Structure of Antagonizing Mutant 536S of the Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain Complexed to Raloxifene
要素Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / Protein-Ligand Complex / DNA-binding / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphorylation / Receptor / Steroid-binding / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RALOXIFENE / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Bruning, J.B. / Gil, G. / Nowak, J. / Katzenellenbogen, J. / Nettles, K.W.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2010
タイトル: Coupling of receptor conformation and ligand orientation determine graded activity.
著者: Bruning, J.B. / Parent, A.A. / Gil, G. / Zhao, M. / Nowak, J. / Pace, M.C. / Smith, C.L. / Afonine, P.V. / Adams, P.D. / Katzenellenbogen, J.A. / Nettles, K.W.
履歴
登録2007年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02017年10月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / pdbx_entity_src_syn ...atom_site / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _atom_site.occupancy / _pdbx_entity_src_syn.details ..._atom_site.occupancy / _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.12021年10月20日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9734
ポリマ－59,0252
非ポリマー9472
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5140 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.588, 58.102, 87.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / Estradiol receptor / ER-alpha


分子量: 29512.742 Da / 分子数: 2 / 断片: STEROID-BINDING REGION, RESIDUES 298-554 / 変異: L536S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物 ChemComp-RAL / RALOXIFENE / ラロキシフェン


分子量: 473.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H27NO4S / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9764 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月16日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal Si(220) sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 55230 / Num. obs: 55230 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 5450 / Rsym value: 0.303 / Χ2: 1.04 / % possible all: 99

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1err

1err


解像度: 1.7→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 4.059 / SU ML: 0.063 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 2795 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.184 55018 99.85 %-
all-55018 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.195 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3645 0 68 300 4013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213848
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4642.0015224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.385483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01224.408152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04515707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0981517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1780.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022782
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.21980
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22663
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3590.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3770.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7881.52411
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.16323773
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07231652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0484.51437
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 187 -
Rwork0.216 3765 -
all-3952 -
obs-3765 98.33 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8581-4.0746-3.56356.70411.09675.2675-0.1619-0.27180.25560.34030.1690.0911-0.2240.0276-0.00710.1063-0.0123-0.0325-0.06-0.05070.060631.280422.734726.9377
29.3602-5.1489-3.96533.30373.49465.33880.0846-0.08170.2818-0.01880.00470.0083-0.09780.024-0.08940.0222-0.0547-0.00290.0195-0.00090.067446.730812.205617.9388
313.36443.5036-8.893911.91463.70539.2332-0.5731-0.5272-0.70250.05560.2385-0.10080.59980.92040.33460.11370.07810.00850.02450.09970.184258.3455-0.61937.9476
427.02884.4752-4.691216.19261.846221.7994-0.24960.4026-1.2448-0.4273-0.0996-0.13371.17990.57950.34920.00310.02510.0001-0.08140.00740.091350.9422-8.108812.2682
53.4684-2.6632-2.48775.07043.43822.55610.0787-0.2202-0.15770.0261-0.0434-0.08420.07270.1252-0.03530.014-0.0329-0.01970.02540.02520.015648.72912.013520.8193
68.6958-2.40960.27986.79351.046711.25540.0726-0.29770.44430.0724-0.0127-0.3385-0.36510.5651-0.05980.0196-0.0673-0.00110.0391-0.02840.001941.302412.385428.8287
71.0231-0.4147-0.87820.60380.56013.6385-0.0492-0.11190.00180.05390.01750.0233-0.0184-0.0340.03170.0235-0.023-0.01040.0215-0.00590.019836.71275.722523.9792
84.12162.7521.77474.99792.91043.26930.00270.4961-0.3314-0.13350.0925-0.23460.11050.241-0.0952-0.0161-0.0039-0.00530.0256-0.0183-0.003145.39390.44535.7448
98.03873.1143-5.638921.0259-14.114126.93630.0796-0.2529-0.0654-1.4592-0.8988-0.62061.07181.50350.8192-0.00430.10960.0422-0.0580.03250.046543.2157-10.91447.834
107.0328-6.30180.217215.8915-0.90043.26070.03570.3604-0.27210.0066-0.15390.20020.2815-0.14690.11820.0504-0.0420.00090.0297-0.03570.01834.0277-1.75687.4929
1110.6679-5.6718-0.015321.64714.71814.3190.03470.4007-0.1617-0.4904-0.1436-0.1572-0.1288-0.15620.10890.0343-0.00550.02540.03440.0268-0.037129.797610.89746.5249
121.5684-0.3979-0.47863.8976-1.94915.82840.01540.05420.0954-0.0099-0.0624-0.0346-0.1799-0.00040.0470.0226-0.0211-0.00910.003-0.01780.044731.397511.965220.2603
132.5462-1.7492-3.66359.860310.267612.2094-0.0416-0.1279-0.07651.3637-0.20990.04092.0911-1.42360.25140.2248-0.08430.02490.13070.02210.003126.41282.100237.3685
142.1207-1.42211.33114.7582-7.268313.4868-0.0717-0.27860.14740.15780.12060.0905-0.1414-0.1777-0.04890.0415-0.02270.00160.0095-0.04950.053524.199315.053328.5101
159.91993.09164.991611.12270.761511.035-0.02130.27420.496-0.5094-0.27250.3581-0.4320.53390.29380.03250.0436-0.0302-0.02950.06060.04319.013823.118211.745
162.0393-1.58920.59127.5482-1.75811.85730.01580.22220.0418-0.1235-0.14450.1348-0.0508-0.07990.1287-0.0046-0.0102-0.0090.0133-0.00610.026320.880511.101814.0074
178.2039-2.1686-1.52148.06460.95573.34090.003-0.10370.1701-0.1166-0.06120.01120.0602-0.23420.05820.0307-0.0410.00150.0228-0.01180.052129.7143-2.550416.9912
1813.8285-10.0495-0.066512.5329-5.78466.50590.2859-0.0829-0.4994-0.0239-0.17430.19370.1719-0.1792-0.11160.0429-0.0437-0.0087-0.02120.03050.143137.7918-10.598919.6913
192.3838-2.70440.416516.83937.37214.5413-0.5185-0.4827-0.33421.11010.7429-0.12940.5280.4003-0.22450.07020.0393-0.00330.07710.09950.077944.7413-7.911428.3664
2010.053812.474117.21215.493121.580932.6210.33050.5288-0.4920.1516-0.0196-0.19230.08061.5326-0.3110.01620.0696-0.02980.35040.0186-0.137445.91585.83137.4501
2162.873-0.5079-58.591110.83921.723761.8183-0.68211.7516-1.47660.412-0.8311-0.10990.4094-0.61881.51320.04210.0709-0.12450.00340.04240.14963.93615.98073.2486
220.43910.67520.045620.1818-7.73693.82120.1338-0.08410.17710.1492-0.02820.8774-0.1381-0.2169-0.1057-0.0361-0.03110.01630.0244-0.05520.07841.6783-3.824517.1348
2343.2721-3.68061.47356.74580.006414.44140.3106-1.586-1.71831.1771-0.3112-0.25210.8682-0.04870.00060.1478-0.1666-0.1202-0.00840.17150.010312.6131-25.442329.5685
242.6326-0.71551.73546.0654-3.37023.37510.0794-0.1461-0.17580.1353-0.0925-0.0920.0278-0.05360.0131-0.004-0.05650.01070.0594-0.01790.03299.5217-17.166117.8895
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275.0281.1807-0.55256.0406-0.97493.27130.3402-0.56660.30130.7751-0.34280.1778-0.1562-0.1540.00260.0639-0.18240.04560.1514-0.0482-0.06719.8682-9.894533.9685
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3113.9953-6.99969.517215.0491-5.33614.702-0.0606-0.44750.23560.9599-0.02730.0835-0.43380.2060.08790.0795-0.1170.12390.0735-0.1441-0.067711.2063.321431.1077
322.7389-0.6145-3.16274.68881.58327.98030.1338-0.1220.08210.0564-0.14780.2065-0.00130.03390.014-0.0067-0.0529-0.00870.025-0.03390.048511.9501-0.333216.7832
3311.23542.446310.871415.852-4.691916.819-0.05520.94990.2224-0.6164-0.253-0.8444-0.14611.55860.30820.0605-0.08320.12980.11960.01490.004120.25930.95471.252
345.8476-2.1771-6.51495.57137.287314.3702-0.07840.16510.2504-0.1438-0.0980.25680.0191-0.33190.1763-0.031-0.0034-0.03480.0122-0.00130.068810.94198.185611.5366
3523.54660.76565.060.98760.53938.3409-0.3419-0.08610.3124-0.07710.09750.1427-0.2742-0.61560.2444-0.03520.0360.0380.0054-0.11470.1147.751518.028323.9809
364.0524-4.7037-0.103310.80251.32721.63550.0445-0.09110.06690.1482-0.14820.14670.0413-0.17480.10370.0084-0.04340.02530.0085-0.03330.040416.6899.312123.5393
375.2851-0.76981.154213.59350.63133.42250.0689-0.1504-0.00560.1085-0.0753-0.0934-0.08460.04190.00650.0354-0.064-0.00440.05630.02530.023524.2587-7.116523.0092
3815.8674-4.9714-5.129518.1506-3.832214.25440.1257-0.0943-0.39620.2269-0.1295-0.52890.17650.13460.0038-0.0148-0.0471-0.0625-0.040.06080.083727.047-18.645922.3016
3917.14691.535543.038242.4295-1.2852108.64891.01980.5566-0.6938-0.7845-3.0535-0.01923.4188-0.42682.03370.10550.01440.0183-0.0034-0.08840.441424.8204-25.735119.7896
405.0682-2.31722.12864.5818-0.93814.95990.0519-0.0332-0.2053-0.2071-0.00320.1381-0.1342-0.0384-0.04870.0271-0.01260.00140.0415-0.0406-0.010412.6976-18.32744.9869
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA306 - 32010 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2AA321 - 32925 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3AA330 - 33834 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4AA340 - 34344 - 47
5X-RAY DIFFRACTION5AA344 - 35748 - 61
6X-RAY DIFFRACTION6AA358 - 36362 - 67
7X-RAY DIFFRACTION7AA364 - 40068 - 104
8X-RAY DIFFRACTION8AA401 - 414105 - 118
9X-RAY DIFFRACTION9AA415 - 421119 - 125
10X-RAY DIFFRACTION10AA422 - 434126 - 138
11X-RAY DIFFRACTION11AA435 - 440139 - 144
12X-RAY DIFFRACTION12AA441 - 455145 - 159
13X-RAY DIFFRACTION13AA456 - 468160 - 172
14X-RAY DIFFRACTION14AA469 - 491173 - 195
15X-RAY DIFFRACTION15AA492 - 498196 - 202
16X-RAY DIFFRACTION16AA499 - 512203 - 216
17X-RAY DIFFRACTION17AA513 - 519217 - 223
18X-RAY DIFFRACTION18AA520 - 526224 - 230
19X-RAY DIFFRACTION19AA527 - 539231 - 243
20X-RAY DIFFRACTION20AA540 - 547244 - 251
21X-RAY DIFFRACTION21BB306 - 31010 - 14
22X-RAY DIFFRACTION22BB311 - 32915 - 33
23X-RAY DIFFRACTION23BB330 - 34334 - 47
24X-RAY DIFFRACTION24BB344 - 36148 - 65
25X-RAY DIFFRACTION25BB362 - 37766 - 81
26X-RAY DIFFRACTION26BB378 - 39482 - 98
27X-RAY DIFFRACTION27BB395 - 40599 - 109
28X-RAY DIFFRACTION28BB406 - 414110 - 118
29X-RAY DIFFRACTION29BB415 - 421119 - 125
30X-RAY DIFFRACTION30BB422 - 433126 - 137
31X-RAY DIFFRACTION31BB434 - 441138 - 145
32X-RAY DIFFRACTION32BB442 - 457146 - 161
33X-RAY DIFFRACTION33BB458 - 473162 - 177
34X-RAY DIFFRACTION34BB474 - 490178 - 194
35X-RAY DIFFRACTION35BB491 - 498195 - 202
36X-RAY DIFFRACTION36BB499 - 512203 - 216
37X-RAY DIFFRACTION37BB513 - 522217 - 226
38X-RAY DIFFRACTION38BB523 - 527227 - 231
39X-RAY DIFFRACTION39BB528 - 532232 - 236
40X-RAY DIFFRACTION40BB533 - 548237 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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