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- PDB-4mgd: Crystal structure of hERa-LBD (Y537S) in complex with HPTE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mgd
タイトルCrystal structure of hERa-LBD (Y537S) in complex with HPTE
要素
  • (Estrogen receptor) x 2
  • Nuclear receptor coactivator 1
キーワードHORMONE RECEPTOR / ligand-binding domain of nuclear hormone receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / steroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / nuclear estrogen receptor activity / male mating behavior / Developmental Lineage of Mammary Gland Alveolar Cells / TFIIB-class transcription factor binding ...positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of female receptivity / steroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / nuclear estrogen receptor activity / male mating behavior / Developmental Lineage of Mammary Gland Alveolar Cells / TFIIB-class transcription factor binding / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / Synthesis of bile acids and bile salts / response to progesterone / hypothalamus development / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / Developmental Lineage of Mammary Gland Luminal Epithelial Cells / estrogen response element binding / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cerebellum development / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / response to retinoic acid / lactation / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear retinoid X receptor binding / Nuclear signaling by ERBB4 / estrous cycle / positive regulation of neuron differentiation / protein-lysine-acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / estrogen receptor signaling pathway / histone acetyltransferase / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to hormone stimulus / steroid binding / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / stem cell differentiation / protein localization to chromatin / positive regulation of adipose tissue development / bile acid and bile salt transport / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / regulation of cellular response to insulin stimulus / 14-3-3 protein binding / RORA,B,C and NR1D1 (REV-ERBA) regulate gene expression / male gonad development / SUMOylation of transcription cofactors / Expression of BMAL (ARNTL), CLOCK, and NPAS2 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / ESR-mediated signaling / negative regulation of miRNA transcription / TBP-class protein binding / hippocampus development / nuclear estrogen receptor binding / nuclear receptor binding / nitric-oxide synthase regulator activity / transcription corepressor binding / transcription coregulator binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to estradiol stimulus / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / cerebral cortex development / euchromatin / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to estrogen / beta-catenin binding / nuclear receptor activity / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / transcription coregulator activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / transcription coactivator binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Regulation of RUNX2 expression and activity / Ovarian tumor domain proteases / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / HATs acetylate histones / ATPase binding / transcription regulator complex / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator 1 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...Nuclear receptor coactivator 1 / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor / : / Oestrogen receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / : / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4,4'-(2,2,2-trichloroethane-1,1-diyl)diphenol / Estrogen receptor / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Delfosse, V. / Grimaldi, M. / Bourguet, W.
引用ジャーナル: Environ.Health Perspect. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional profiling of environmental ligands for estrogen receptors.
著者: Delfosse, V. / Grimaldi, M. / Cavailles, V. / Balaguer, P. / Bourguet, W.
履歴
登録2013年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22014年12月17日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
F: Nuclear receptor coactivator 1
G: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0988
ポリマ－61,3084
非ポリマー7894
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.900, 81.880, 58.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29054.217 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain (UNP residues 302-552) / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR, ESR1, NR3A1 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: タンパク質 Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 29070.217 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand binding domain (UNP residues 302-552) / 変異: Y537S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR, ESR1, NR3A1 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 FG

#3: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1 / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1591.880 Da / 分子数: 2 / 断片: coactivator peptide SRC-1 (UNP residues 686-698) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788

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非ポリマー , 4種, 226分子

#4: 化合物 ChemComp-27N / 4,4'-(2,2,2-trichloroethane-1,1-diyl)diphenol


分子量: 317.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H11Cl3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 340 mM sodium chloride, 100 mM HEPES, 24% PEG3350, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月22日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→46.534 Å / Num. obs: 37978 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 8.53
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique all: 2756 / Rsym value: 0.439 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UUD

3uud


解像度: 1.9→46.534 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE PRESENCE IN THE ASYMMETRIC UNIT OF TWO ESTROGEN RECEPTOR MOLECULES WITH DISTINCT PATTERNS OF SIDE CHAIN MODIFICATION REPRESENTS THE BEST FIT TO THE ELECTRON DENSITY AND IS NOT DERIVED ...詳細: THE PRESENCE IN THE ASYMMETRIC UNIT OF TWO ESTROGEN RECEPTOR MOLECULES WITH DISTINCT PATTERNS OF SIDE CHAIN MODIFICATION REPRESENTS THE BEST FIT TO THE ELECTRON DENSITY AND IS NOT DERIVED FROM THE CO-CRYSTALLIZATION OF TWO CHEMICALLY DISTINCT PROTEINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 1898 5 %RANDOM
Rwork0.1961 ---
obs0.198 37961 99.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.147 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1592 Å2-0 Å26.9726 Å2
2---0.3458 Å20 Å2
3----9.8133 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.534 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3836 0 48 222 4106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044013
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7455452
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8471472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003676
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.94750.3081320.27892517X-RAY DIFFRACTION99
1.9475-2.00010.32381340.2552537X-RAY DIFFRACTION98
2.0001-2.0590.24651350.23462583X-RAY DIFFRACTION100
2.059-2.12540.30241360.20392585X-RAY DIFFRACTION100
2.1254-2.20140.25411350.20362574X-RAY DIFFRACTION99
2.2014-2.28950.28661380.20642606X-RAY DIFFRACTION100
2.2895-2.39370.24291350.19872568X-RAY DIFFRACTION99
2.3937-2.51990.26681340.20372546X-RAY DIFFRACTION99
2.5199-2.67780.27921360.21172592X-RAY DIFFRACTION100
2.6778-2.88450.29751360.2082573X-RAY DIFFRACTION99
2.8845-3.17470.22381350.20222573X-RAY DIFFRACTION99
3.1747-3.6340.21351360.19032585X-RAY DIFFRACTION99
3.634-4.57780.19131370.1682603X-RAY DIFFRACTION99
4.5778-46.5480.21011390.18912621X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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