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- PDB-2qx2: Structure of the C-terminal domain of sex pheromone staph-cAM373 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qx2
タイトルStructure of the C-terminal domain of sex pheromone staph-cAM373 precursor from Staphylococcus aureus
要素Sex pheromone staph-cAM373
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Staphylococcus aureus / sex pheromone staph-cAM373 precursor / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性sex pheromone staph- cam373 precursor fold / sex pheromone staph- cam373 precursor domain / CamS sex pheromone cAM373 / CamS sex pheromone cAM373 precursor / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta / Sex pheromone staph-cAM373 / Sex pheromone staph-cAM373
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Mussar, K. / Hatzos, C. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the C-terminal domain of sex pheromone staph-cAM373 precursor from Staphylococcus aureus.
著者: Cuff, M.E. / Mussar, K. / Hatzos, C. / Gu, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IN UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sex pheromone staph-cAM373
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8096
ポリマ－39,4991
非ポリマー3105
水6,089338
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.976, 69.976, 145.954
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-455-

HOH

21A-640-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Sex pheromone staph-cAM373


分子量: 39499.027 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 59-399 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: Mu50 / 遺伝子: CamS, SAV1903 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99SY4, UniProt: A0A0H3JSC0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% Ethanol, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932, 0.97943
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月9日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979321
20.979431
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 29466 / Num. obs: 29466 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.427 / % possible all: 57

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.069 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.143
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21701 1499 5.1 %RANDOM
Rwork0.18138 ---
all0.18318 27918 --
obs0.18318 27918 90.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.548 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å2-1.1 Å20 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3---3.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2571 0 20 338 2929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3011.9743672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8545333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.90326.69142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15915516
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.433156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022093
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.21903
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1760.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.811.51702
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22422666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08631162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1524.51006
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 64 -
Rwork0.224 1259 -
obs--54.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2050.3239-0.82751.20210.14551.85450.0636-0.02590.0151-0.0756-0.0536-0.1060.03090.0831-0.01-0.0612-0.0481-0.0451-0.16560.0517-0.087442.865243.508810.1964
21.98693.5147-1.41446.7541-1.66852.30140.0344-0.09680.15860.1804-0.18150.0865-0.1304-0.00780.1471-0.0867-0.07750.0025-0.14830.00520.008925.6633.043632.4701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA68 - 25313 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2AA261 - 341206 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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