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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qx2 | ||||||
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タイトル | Structure of the C-terminal domain of sex pheromone staph-cAM373 precursor from Staphylococcus aureus | ||||||
要素 | Sex pheromone staph-cAM373 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Staphylococcus aureus / sex pheromone staph-cAM373 precursor / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | sex pheromone staph- cam373 precursor fold / sex pheromone staph- cam373 precursor domain / CamS sex pheromone cAM373 / CamS sex pheromone cAM373 precursor / Roll / Alpha Beta / Sex pheromone staph-cAM373 / Sex pheromone staph-cAM373 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Mussar, K. / Hatzos, C. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Structure of the C-terminal domain of sex pheromone staph-cAM373 precursor from Staphylococcus aureus. 著者: Cuff, M.E. / Mussar, K. / Hatzos, C. / Gu, M. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ... BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IN UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2qx2.cif.gz | 83.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2qx2.ent.gz | 67.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2qx2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2qx2_validation.pdf.gz | 416.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2qx2_full_validation.pdf.gz | 418.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2qx2_validation.xml.gz | 8.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2qx2_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/2qx2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qx/2qx2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39499.027 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 59-399 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 生物種: Staphylococcus aureus / 株: Mu50 / 遺伝子: CamS, SAV1903 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99SY4, UniProt: A0A0H3JSC0*PLUS | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% Ethanol, 0.1M Tris-HCl pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932, 0.97943 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月9日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 29466 / Num. obs: 29466 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 28.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 8.2 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.427 / % possible all: 57 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→34.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 6.069 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.143 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.548 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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