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万見
- PDB-2qvm: The second Ca2+-binding domain of the Na+-Ca2+ exchanger is essen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qvm
タイトルThe second Ca2+-binding domain of the Na+-Ca2+ exchanger is essential for regulation: crystal structures and mutational analysis
要素Sodium/calcium exchanger 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calcium regulation / CBD2 / NCX / calcium binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / calcium ion import / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / ankyrin binding ...Reduction of cytosolic Ca++ levels / Sodium/Calcium exchangers / calcium:monoatomic cation antiporter activity involved in regulation of postsynaptic cytosolic calcium ion concentration / Ion homeostasis / calcium:sodium antiporter activity / cell communication / calcium ion import / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / ankyrin binding / positive regulation of the force of heart contraction / positive regulation of bone mineralization / response to muscle stretch / sodium ion transmembrane transport / sarcolemma / calcium ion transmembrane transport / calmodulin binding / postsynapse / calcium ion binding / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CalX-beta domain / Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / : / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / CalX-like domain superfamily ...CalX-beta domain / Sodium/calcium exchanger, isoform 1 / Sodium/calcium exchanger protein / Sodium/calcium exchanger domain, C-terminal extension / : / C-terminal extension of sodium/calcium exchanger domain / Domains in Na-Ca exchangers and integrin-beta4 / Na-Ca exchanger/integrin-beta4 / Calx-beta domain / CalX-like domain superfamily / Sodium/calcium exchanger membrane region / NCX, central ion-binding domain superfamily / Sodium/calcium exchanger protein / DnaJ domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/calcium exchanger 1
類似検索 - 構成要素
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.703 Å
データ登録者Chaptal, V. / Mercado Besserer, G. / Abramson, J. / Cascio, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: The second Ca2+-binding domain of the Na+ Ca2+ exchanger is essential for regulation: crystal structures and mutational analysis
著者: Mercado Besserer, G. / Ottolia, M. / Nicoll, D.A. / Chaptal, V. / Cascio, D. / Philipson, K.D. / Abramson, J.
履歴
登録2007年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/calcium exchanger 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7293
ポリマ－21,6481
非ポリマー802
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Sodium/calcium exchanger 1
ヘテロ分子

A: Sodium/calcium exchanger 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4576
ポリマ－43,2972
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area1390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.030, 59.232, 22.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Sodium/calcium exchanger 1 / CBD2 / Na(+)/Ca(2+)-exchange protein 1


分子量: 21648.385 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 生物種: Canis lupus / 株: familiaris / 遺伝子: SLC8A1 / プラスミド: pET47 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P23685
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 21% (w/v) PEG-3350, 0.1 M HEPES (pH 6.3), CBD2 at 15 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.703→48.8 Å / Num. obs: 12622 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 25.4
反射 シェル解像度: 1.703→1.76 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QVK

2qvk


解像度: 1.703→48.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.138 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21926 656 4.9 %RANDOM
Rwork0.18469 ---
obs0.18635 12622 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.703→48.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数939 0 2 105 1046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4481.9711310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5285127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.44925.31947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.25315176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.454155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2151
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02729
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.2662
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.271
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0570.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2131.5611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7572972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1783387
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3454.5332
LS精密化 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 52 -
Rwork0.264 894 -
obs--96.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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