PDB-2qvj: Crystal structure of a vesicular stomatitis virus nucleocapsid pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qvj

タイトル

Crystal structure of a vesicular stomatitis virus nucleocapsid protein Ser290Trp mutant

要素

Nucleocapsid protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / nucleocapsid / Cytoplasm / Ribonucleoprotein / RNA-binding / Viral nucleoprotein / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA replication / helical viral capsid / viral transcription / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Luo, M. / Green, T.J. / Zhang, X. / Tsao, J. / Qiu, S.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2008
タイトル: Role of intermolecular interactions of vesicular stomatitis virus nucleoprotein in RNA encapsidation.
著者: Zhang, X. / Green, T.J. / Tsao, J. / Qiu, S. / Luo, M.

履歴

登録	2007年8月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2qvj.ent.gz	662 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qvj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2qvj_validation.pdf.gz	465 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qvj_full_validation.pdf.gz	498.7 KB	表示
XML形式データ	2qvj_validation.xml.gz	69 KB	表示
CIF形式データ	2qvj_validation.cif.gz	93.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/2qvj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qv/2qvj	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3pto-1 3pu0-1 3pmk-1 3pu4-1 2gic-1 3pu1-1 3ptx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

E: Nucleocapsid protein

237 kDa, 5 ポリマー
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1

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

E: Nucleocapsid protein

A: Nucleocapsid protein

B: Nucleocapsid protein

C: Nucleocapsid protein

D: Nucleocapsid protein

E: Nucleocapsid protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
474 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	166.456, 236.652, 74.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

The biological assembly is a decamer consisting of the five copies of the N protein in the asymmetric unit plus an additional five copies created by rotation of the contents of the asymmetric unit by 180 degrees around the c-axis.

#1: タンパク質	Nucleocapsid protein / Protein N / Nucleoprotein / NP 分子量: 47431.883 Da / 分子数: 5 / 変異: S290W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) 属: Vesiculovirus / 株: Indiana / 遺伝子: N / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03521, UniProt: A6H4P1*PLUS

#1: タンパク質

Nucleocapsid protein / Protein N / Nucleoprotein / NP

分子量: 47431.883 Da / 分子数: 5 / 変異: S290W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)
属: Vesiculovirus / 株: Indiana / 遺伝子: N / プラスミド: pET16b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03521, UniProt: A6H4P1*PLUS

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 5.5 % PEG 3350, 200 mM sodium chloride, 100mM sodium acetate, pH 4.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293.0K

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データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→41.62 Å / Num. obs: 54826 / % possible obs: 74.3 % / 冗長度: 4.62 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.172 / Num. unique all: 3262 / % possible all: 44.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.8→41.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.878 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.839 / SU B: 35.983 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.508 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.286	2796	5.1 %	RANDOM
R_work	0.243	-	-	-
obs	0.246	54826	74.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.198 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→41.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16675	0	0	0	16675

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	17065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.953	1.963	23120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.475	5	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.78	24.052	765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.887	15	2945
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.559	15	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	12945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	7536
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	11889
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	155
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.102	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.126	1.5	10729
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.03	2	16900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.879	3	7294
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.379	4.5	6220

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	133	-
R_work	0.277	2172	-
all	-	2305	-
obs	-	-	42.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0012	-0.0036	-0.0218	0.0969	0.0235	0.4344	0.1411	-0.015	-0.051	-0.0625	-0.0052	0.0932	-0.1083	0.0935	-0.1359	0.109	-0.0743	0.0423	0.0231	-0.0189	0.0039	37.8371	46.5418	20.7444
2	11.3192	-6.3224	-1.8597	3.6738	1.6889	3.2732	0.3748	0.0792	0.1653	0.7477	-0.1944	0.0949	-0.0173	0.5199	-0.1804	0.161	-0.0416	-0.0236	-0.0848	0.0146	-0.0599	52.102	35.6438	38.3204
3	0.4462	0.0465	-0.2923	0.0198	0.2487	5.3955	-0.0118	0.1007	0.0001	0.1062	0.0131	0.0697	0.1376	0.2099	-0.0014	0.2327	-0.0046	-0.0033	-0.1057	0.0087	0.0061	57.677	37.22	32.1757
4	0.1458	-0.7533	-0.6336	3.8912	3.2728	2.7526	-0.0718	0.1202	0.6465	-0.1568	-0.3621	0.1165	1.9191	-0.5703	0.4339	0.3561	-0.2474	0.0749	0.0395	0.0288	0.0028	43.1735	26.7949	31.9919
5	9.5532	-0.5757	5.6006	5.0369	4.6141	8.1847	-0.396	-0.028	-0.3935	0.5554	0.0699	0.9581	0.9762	-0.7689	0.3261	0.1805	-0.2409	0.1958	0.0928	0.0484	0.0384	39.7433	19.7787	35.013
6	0.146	0.2163	0.2157	0.3511	0.214	0.6836	0.0385	-0.0007	-0.0974	0.0423	0.0205	0.032	-0.0296	0.0405	-0.059	-0.0067	0.027	0.0146	0.0429	-0.0173	0.0002	41.3392	31.5873	9.6092
7	2.4016	-2.0856	-0.7599	3.1697	2.2539	2.1107	0.059	0.5819	0.0593	-0.5989	-0.2962	0.0114	-0.1274	-0.2122	0.2372	0.0297	-0.159	0.026	0.1036	0.1327	0.0258	43.9111	13.9972	-19.8498
8	1.0231	0.3886	-1.7346	3.3875	-1.6497	3.244	-0.0811	0.1423	-0.1285	-0.0438	0.0921	0.2048	0.1595	-0.181	-0.011	-0.1957	-0.0355	-0.0623	0.0561	0.0089	0.0319	24.8039	22.516	-5.2468
9	1.0045	-0.1235	1.1905	0.1331	-0.4134	2.0156	0.0206	-0.0541	0.0325	-0.0277	-0.0622	0.0213	-0.0138	0.0438	0.0416	0.107	0.1058	0.1113	0.0225	-0.0659	-0.0612	3.0123	59.6322	20.7106
10	4.0139	0.9263	-1.5244	1.8554	0.6377	1.7979	0.1445	-0.2007	-0.1989	0.0597	-0.0271	-0.1723	-0.0741	0.3647	-0.1173	-0.0818	-0.0297	0.0049	-0.0193	-0.0244	-0.0441	26.2155	64.2164	28.0352
11	0.2424	-0.636	-0.156	2.1166	0.2668	4.8695	-0.0061	-0.0088	-0.0065	0.1991	-0.1405	0.0555	0.4297	0.0343	0.1466	-0.1565	-0.0003	0.114	0.0164	0.0284	0.0094	18.8558	54.048	37.67
12	0.6628	-1.5554	-0.2789	13.8779	2.7563	4.1456	-0.1314	-0.4497	-0.7716	0.8699	0.0991	0.4298	1.8111	-0.0214	0.0322	0.1678	-0.0374	0.094	0.0199	0.0168	-0.0754	20.8863	38.7777	35.2509
13	0.3512	0.4117	0.9872	1.1702	1.4396	2.891	-0.0545	0.0848	-0.054	0.1263	-0.0176	0.0583	0.3639	-0.0521	0.0721	-0.0707	0.0127	0.031	0.0648	-0.0053	0.0168	20.065	52.5869	23.0262
14	0.4616	0.4565	0.425	1.339	0.5949	0.8188	0.0421	0.0071	-0.0528	-0.0709	-0.0835	-0.0117	-0.2956	-0.1641	0.0414	-0.0757	0.0517	-0.0371	0.0865	0.0147	-0.0491	12.245	52.8438	5.2681
15	2.3322	-0.897	-0.8501	0.3481	0.298	0.5747	-0.0142	-0.0442	-0.0752	-0.088	-0.1141	-0.0119	-0.1338	-0.0526	0.1283	-0.0669	-0.0085	-0.0422	0.0694	-0.0054	-0.0229	16.6825	37.8763	-4.2608
16	2.5415	0.7042	0.1667	2.2265	-1.7552	1.6084	0.0927	0.3008	-0.3677	-0.5127	-0.0642	0.1221	0.2227	0.1851	-0.0285	0.0376	0.0195	-0.0327	0.0059	-0.0402	0.0137	9.7486	33.6843	-9.4229
17	0.0777	-0.1711	-0.0337	0.4376	-0.0969	0.4929	-0.0498	0.0092	0.1085	-0.0832	-0.1161	0.0117	-0.0275	-0.0083	0.1659	-0.0117	0.0017	0.0282	0.034	0.0141	-0.0213	-32.5899	50.2347	20.9104
18	0.1417	-0.3483	-0.3646	0.8559	0.8959	0.9379	0.1361	-0.1109	-0.0612	0.0845	0.1848	-0.0396	-0.5148	0.0051	-0.3209	-0.0362	-0.0817	0.0135	0.1881	0.0754	-0.027	-16.275	68.0134	27.7399
19	0.6585	-0.7903	-0.9889	2.8683	1.5193	3.4066	-0.1171	0.0384	-0.3855	-0.1344	0.0703	0.1989	0.0684	0.3698	0.0468	-0.0663	0.032	0.0092	-0.0115	0.0381	-0.0267	-15.9166	54.9828	38.9164
20	4.3493	4.2863	3.5723	15.0491	10.5159	12.1963	0.2732	-0.56	-0.8396	-0.3612	-0.1285	-0.3933	0.8724	0.1474	-0.1447	0.0728	0.2701	-0.0044	0.0848	0.1024	-0.0636	-6.5965	43.343	34.6781
21	0.0083	0.0712	0.1215	0.6076	1.0373	1.7709	-0.0127	-0.0563	-0.0872	-0.2098	0.2006	0.0237	0.3046	0.3436	-0.1878	-0.0059	0.0474	0.0252	0.1311	0.0122	-0.0472	-14.1584	54.0551	21.8417
22	0.1243	-0.5583	-0.325	2.5072	1.4596	0.8498	0.1127	0.0035	0.0439	0.0206	-0.0452	-0.0241	0.0637	-0.0263	-0.0674	0.0045	-0.0016	-0.0186	0.0434	0.0163	-0.03	-20.2238	45.5103	3.9526
23	8.3118	1.6768	0.443	0.3439	0.075	0.0606	0.1516	1.095	0.105	-0.0633	-0.0294	0.1059	0.3557	0.1416	-0.1222	0.1935	-0.011	-0.0558	0.2121	-0.0372	-0.0938	-0.7122	45.0443	-18.0416
24	1.329	0.8826	-0.2897	0.5864	-0.2205	2.5317	-0.0956	0.1334	-0.1658	-0.1268	-0.0799	-0.1668	0.4143	-0.1961	0.1755	-0.0362	0.0412	-0.0152	-0.0046	-0.035	0.0323	-13.9656	29.5299	-4.9121
25	0.7475	1.0574	0.4939	1.5164	0.6777	0.3479	-0.076	0.1679	0.2665	-0.0272	0.1574	0.2204	0.2599	0.144	-0.0814	0.0407	0.0133	-0.0327	0.1287	0.0189	-0.1528	-61.0065	16.081	9.5373
26	0.6848	-0.3664	0.5628	0.2987	-0.2433	2.5503	0.0495	-0.2042	0.1854	0.1395	-0.0201	-0.0631	-0.2364	-0.294	-0.0294	-0.0227	0.0043	-0.0362	-0.0004	-0.0264	-0.0032	-49.5211	41.1696	34.5801
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29	0.1619	0.2153	0.0152	0.7221	0.8663	1.6444	0.1109	0.0466	0.1112	0.0603	0.0526	-0.0249	0.1871	0.0952	-0.1635	0.0214	0.0325	-0.0378	0.0579	0.0093	-0.0182	-45.1499	33.3261	14.1628
30	0.0164	0.0744	0.0956	0.3374	0.4336	0.5572	-0.1859	-0.0242	0.1291	0.0549	0.1033	-0.0141	0.0929	-0.0544	0.0825	-0.0137	0.0161	-0.0093	0.076	0.0247	-0.0302	-38.4124	24.2437	3.2959
31	5.0964	9.8155	-1.7699	18.9212	-3.2166	2.8137	-0.6479	0.2625	0.3057	-0.9355	1.0799	0.2654	1.1285	0.3866	-0.432	0.0982	0.161	-0.0686	0.0189	-0.0135	0.0723	-27.3693	34.7759	-21.4127
32	2.3996	-0.807	2.2023	3.4452	-1.5082	4.5752	0.157	0.2784	-0.2405	-0.2218	0.0197	-0.2558	0.2604	0.3907	-0.1767	-0.0596	0.0212	0.0242	-0.0484	-0.0566	0.0191	-29.3553	16.0629	-5.0016
33	0.4585	-0.9496	0.9079	2.1774	-1.9781	1.8431	-0.1444	0.2457	-0.0034	0.4887	-0.1639	-0.0127	-0.4423	0.1816	0.3084	-0.0039	-0.0177	-0.0676	0.0848	-0.0333	-0.0177	59.153	22.4247	10.112
34	0.8128	-0.8598	-0.2051	1.1233	0.9814	2.7853	0.0539	-0.1309	0.0402	0.1168	-0.1849	-0.0978	0.7043	0.0542	0.131	0.2443	-0.0434	-0.0224	0.0237	-0.0711	-0.0054	61.0548	-2.5167	41.8577
35	1.2469	-0.2574	-2.0597	1.4635	-0.5181	4.0331	-0.0011	0.2642	0.2539	0.4833	-0.0622	-0.2302	0.416	0.0932	0.0633	0.0333	-0.0181	-0.0565	0.0169	-0.0638	-0.0558	64.8593	-3.5844	32.8749
36	2.6763	3.7816	-0.3149	5.3487	-0.5806	3.4323	0.1823	0.1692	0.787	0.6562	-0.0225	0.4668	0.1512	-0.8599	-0.1599	0.063	-0.1004	0.0777	0.2513	-0.2736	0.0424	46.0879	-3.4303	34.2135
37	0.5552	-0.1347	1.2167	0.1953	-0.3032	2.6666	-0.0115	-0.0612	0.1125	-0.0047	0.0124	-0.0787	0.249	-0.1215	-0.001	-0.0033	0.004	0.0253	0.049	-0.0494	-0.0415	57.8909	-0.3395	12.4563
38	2.339	1.6916	1.0149	5.7144	-0.0997	0.5951	0.0841	-0.2375	-0.1494	-0.0948	-0.0409	0.1649	-0.3679	-0.0069	-0.0431	-0.1019	-0.017	0.0166	0.0075	-0.0122	-0.0609	42.2931	5.029	1.8584
39	8.8572	-12.2796	-0.4934	18.0979	-1.5403	4.6374	0.5887	0.5701	0.1309	-1.4227	-0.5183	0.0843	0.4661	-0.9377	-0.0704	-0.0177	-0.0922	0.0058	0.215	0.0689	-0.1372	43.8781	-15.693	-19.3799
40	1.0067	0.8949	-0.1243	2.5127	0.6748	1.0735	-0.0371	0.0717	0.2967	-0.3381	0.069	0.5044	0.2343	0.1358	-0.0319	-0.115	0.0623	-0.0521	0.0206	0.0414	0.0046	34.2893	3.6602	-5.5323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 64	1 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	65 - 80	64 - 79
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	81 - 132	80 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	133 - 148	132 - 147
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	149 - 180	148 - 179
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	181 - 346	180 - 345
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	347 - 374	346 - 373
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	375 - 422	374 - 421
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	2 - 64	1 - 63
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	65 - 103	64 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	104 - 149	103 - 148
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	150 - 179	149 - 178
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	180 - 235	179 - 234
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	236 - 306	235 - 305
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	307 - 355	306 - 354
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	356 - 422	355 - 421
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	C	2 - 65	1 - 64
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	C	66 - 106	65 - 105
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	C	107 - 147	106 - 146
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	C	148 - 179	147 - 178
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	C	180 - 238	179 - 237
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	C	239 - 338	238 - 337
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	C	339 - 376	338 - 375
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	C	377 - 422	376 - 421
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	D	2 - 44	1 - 43
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	D	45 - 101	44 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	D	102 - 148	101 - 147
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	D	149 - 179	148 - 178
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	D	180 - 276	179 - 275
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	D	277 - 349	276 - 348
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	D	350 - 374	349 - 373
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	D	375 - 422	374 - 421
33	X-RAY DIFFRACTION	33	E	E	2 - 45	1 - 44
34	X-RAY DIFFRACTION	34	E	E	46 - 83	45 - 82
35	X-RAY DIFFRACTION	35	E	E	84 - 145	83 - 144
36	X-RAY DIFFRACTION	36	E	E	146 - 190	145 - 189
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	E	191 - 288	190 - 287
38	X-RAY DIFFRACTION	38	E	E	289 - 342	288 - 341
39	X-RAY DIFFRACTION	39	E	E	343 - 372	342 - 371
40	X-RAY DIFFRACTION	40	E	E	373 - 422	372 - 421

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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