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- PDB-2quw: Hammerhead Ribozyme G12A mutant after cleavage -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2quw
タイトルHammerhead Ribozyme G12A mutant after cleavage
要素(Hammerhead ribozyme, cleaved fragment) x 2
キーワードRNA / Hammerhead ribozyme / ribozyme / catalytic RNA / ribozyme-product complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chi, Y.I. / Scott, W.G. / Kim, S.H.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2008
タイトル: Capturing hammerhead ribozyme structures in action by modulating general base catalysis.
著者: Chi, Y.I. / Martick, M. / Lares, M. / Kim, R. / Scott, W.G. / Kim, S.H.
履歴
登録2007年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hammerhead ribozyme, cleaved fragment
B: Hammerhead ribozyme, cleaved fragment
C: Hammerhead ribozyme, cleaved fragment
D: Hammerhead ribozyme, cleaved fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,25621
ポリマ－44,8424
非ポリマー41317
水91951
1
A: Hammerhead ribozyme, cleaved fragment
B: Hammerhead ribozyme, cleaved fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,66412
ポリマ－22,4212
非ポリマー24310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area11420 Å2
手法PISA
2
C: Hammerhead ribozyme, cleaved fragment
D: Hammerhead ribozyme, cleaved fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5919
ポリマ－22,4212
非ポリマー1707
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area11470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.030, 53.140, 72.050
Angle α, β, γ (deg.)74.240, 81.370, 75.650
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D
13B
23D
14B
24D
15B
25D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GGCCCCCCAA2 - 122 - 12
21GGCCCCCCCC2 - 122 - 12
12AAGGBB13 - 201 - 8
22AAGGDD13 - 201 - 8
13UUCCBB26 - 4214 - 30
23UUCCDD26 - 4214 - 30
14GGGGBB45 - 5933 - 47
24GGGGDD45 - 5933 - 47
15CCCCBB60 - 6448 - 52
25CCCCDD60 - 6448 - 52

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

#1: RNA鎖 Hammerhead ribozyme, cleaved fragment


分子量: 4065.259 Da / 分子数: 2 / 変異: G13A / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro T7 RNA polymerase transcription
#2: RNA鎖 Hammerhead ribozyme, cleaved fragment


分子量: 18355.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: first residue A13G mutation
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.66 %

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→19.46 Å / Num. all: 17539 / Num. obs: 15733 / % possible obs: 89.43 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 3.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
精密化解像度: 2.2→19.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 22.613 / SU ML: 0.259 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.272 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1806 10.3 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.205 17539 89.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.969 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.61 Å21.99 Å20.05 Å2
2---0.81 Å2-0.07 Å2
3----2.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2966 17 51 3034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.76235150
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.21189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2770.22041
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.28
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62834702
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6234.55150
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A237MEDIUM POSITIONAL0.530.5
1A237MEDIUM THERMAL0.712
2B170MEDIUM POSITIONAL0.290.5
2B170MEDIUM THERMAL0.642
3B359MEDIUM POSITIONAL0.250.5
3B359MEDIUM THERMAL0.592
4B332MEDIUM POSITIONAL0.410.5
4B332MEDIUM THERMAL0.552
5B100MEDIUM POSITIONAL0.280.5
5B100MEDIUM THERMAL0.772
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 122 -
Rwork0.362 1109 -
all-1231 -
obs--85.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12860.6120.09123.16541.00771.36980.0370.12840.17930.5101-0.0614-0.2971-0.43770.18120.02440.00660.1264-0.01470.0175-0.012-0.1531-4.6568-5.16721.8928
20.03030.0107-0.0880.1424-0.25910.6310.0796-0.046-0.01050.07190.05790.0154-0.02150.0552-0.13760.10420.0715-0.0001-0.020.0135-0.0552-5.873-8.16214.4252
30.4107-0.18160.66360.76070.38722.47110.1956-0.15270.01240.2873-0.1075-0.04140.41740.0296-0.0881-0.03360.0493-0.0168-0.11770.0102-0.08787.3295-31.41632.7715
40.07370.0510.33460.06480.31591.7607-0.0154-0.0650.0199-0.0418-0.03420.0220.0223-0.17040.04960.2150.013-0.01740.0606-0.0009-0.05227.1801-28.355820.7168
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 121 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2BB13 - 691 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 121 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4DD13 - 691 - 57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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