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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2quq | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Essential Inner Kinetochore Protein Cep3p | ||||||
![]() | Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / dimer / Centromere / Chromosomal protein / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphorylation / Zinc / PROTEIN BINDING / CELL CYCLE | ||||||
機能・相同性 | ![]() CBF3 complex / septin ring assembly / centromeric DNA binding / kinetochore assembly / DNA binding, bending / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / kinetochore / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bellizzi III, J.J. / Harrison, S.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the yeast inner kinetochore subunit Cep3p. 著者: Bellizzi, J.J. / Sorger, P.K. / Harrison, S.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 120 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 92.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a dimer generated from the asymmetric unit by the crystallographic dyad. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 66094.523 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 47-608 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CBF3B, CEP3 / プラスミド: pET3aTr / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES, 5% PEG 4000, 500 mM NaCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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Reflection | 冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 9.8 / 数: 139991 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.09 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20443 / % possible obs: 94.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 20365 / Num. obs: 20365 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 25.43 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 1424 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 67.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 84.614 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 98.874 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→45 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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