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- PDB-2quq: Crystal Structure of the Essential Inner Kinetochore Protein Cep3p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2quq
タイトルCrystal Structure of the Essential Inner Kinetochore Protein Cep3p
要素Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / dimer / Centromere / Chromosomal protein / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphorylation / Zinc / PROTEIN BINDING / CELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


CBF3 complex / septin ring assembly / centromeric DNA binding / kinetochore assembly / DNA binding, bending / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / kinetochore / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B, C-terminal / Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain signature. / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain profile. / GAL4-like Zn(II)2Cys6 (or C6 zinc) binuclear cluster DNA-binding domain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bellizzi III, J.J. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the yeast inner kinetochore subunit Cep3p.
著者: Bellizzi, J.J. / Sorger, P.K. / Harrison, S.C.
履歴
登録2007年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0951
ポリマ－66,0951
非ポリマー00
水27015
1
A: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B

A: Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,1892
ポリマ－132,1892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+21
Buried area5790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.629, 84.629, 230.948
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細The biological unit is a dimer generated from the asymmetric unit by the crystallographic dyad.

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要素

#1: タンパク質 Centromere DNA-binding protein complex CBF3 subunit B / Centromere protein 3


分子量: 66094.523 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 47-608 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CBF3B, CEP3 / プラスミド: pET3aTr / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P40969
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, 5% PEG 4000, 500 mM NaCl, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C11.07182
シンクロトロンAPS 24-ID-C21.00794, 1.00912
シンクロトロンAPS 24-ID-C31.07179, 1.07206
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年4月2日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年7月22日
ADSC QUANTUM 3153CCD2006年7月21日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2MADx-ray1
3MADx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.071821
21.007941
31.009121
41.071791
51.072061
Reflection冗長度: 6.8 % / Av σ(I) over netI: 9.8 / 数: 139991 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.09 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 20443 / % possible obs: 94.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.035097.610.0391.3986.8
4.796.0399.510.0621.5837.1
4.184.7999.510.0782.0717.3
3.84.1899.610.0861.3777.5
3.533.899.810.1090.9527.6
3.323.5399.910.1490.6947.5
3.153.3210010.2050.5477.4
3.023.1597.810.2590.4866.1
2.93.0279.610.2610.5165.3
2.82.967.510.3070.4844.8
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 20365 / Num. obs: 20365 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 25.43
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Num. unique all: 1424 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 67.5

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位相決定

位相決定手法: 多重同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→45 Å / FOM work R set: 0.758 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 1998 9.3 %random
Rwork0.228 ---
all-20365 --
obs-20325 94.4 %-
溶媒の処理Bsol: 84.614 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 98.874 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4292 0 0 15 4307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.336
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.801
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.7775
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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