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万見
- PDB-2quo: Crystal Structure of C terminal fragment of Clostridium perfringe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2quo
タイトルCrystal Structure of C terminal fragment of Clostridium perfringens enterotoxin
要素Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードTOXIN / beta sandwich / claudin-4 binding domain / enterotoxin / therapeutic agent
機能・相同性Jelly Rolls - #1050 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / toxin activity / Jelly Rolls / Sandwich / extracellular region / Mainly Beta / Heat-labile enterotoxin B chain
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Betts, L. / Van Itallie, C.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure of the claudin-binding domain of Clostridium perfringens enterotoxin
著者: Van Itallie, C.M. / Betts, L. / Smedley, J.G. / McClane, B.A. / Anderson, J.M.
履歴
登録2007年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年6月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat-labile enterotoxin B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3682
ポリマ－14,2721
非ポリマー961
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.626, 49.041, 69.078
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 14271.914 Da / 分子数: 1 / 断片: C-CPE, C-terminal fragment 194-319 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: F5603 / 遺伝子: CPE / プラスミド: pMAL K4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha / 参照: UniProt: P01558
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, siting drop / pH: 8.3
詳細: 0.8 M lithium sulfate monohydrate, 20% glycerol, Tris buffer, pH 8.3, vapor diffusion, siting drop, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RUH3R11.5418
回転陽極RIGAKU RUH3R21.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月10日 / 詳細: Osmic Confocal BLue optic
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1OsmicSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2OsmicSADMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.6 % / Av σ(I) over netI: 10.9 / 数: 98863 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Χ2: 2.38 / D res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 13042 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.775099.110.0864.137.7
2.993.7799.910.0993.4288.2
2.612.9910010.1352.9298.2
2.382.6110010.172.3318.2
2.22.3810010.2042.1348
2.072.210010.252.1217.9
1.972.0799.910.31.7327.8
1.891.9799.610.4011.5187.5
1.811.8999.610.531.2467
1.751.8196.410.5851.2855.3
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 13039 / Num. obs: 13039 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2.36 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 22.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Χ2: 1.285 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Num. unique all: 1299 / Χ2: 1.192 / % possible all: 98.2

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
SHELXモデル構築
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
StructureStudioデータ収集
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 2.357 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 663 4.9 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.19891 13412 --
obs0.19891 13412 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.794 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å20 Å20 Å2
2---0.08 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1011 0 5 202 1218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2961.9511426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2485133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.9925.450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.93115175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.231153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02799
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2475
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2698
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.5656
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76721028
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2893452
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9544.5394
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 52 -
Rwork0.248 917 -
all-969 -
obs-917 99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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