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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2qtk | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the outer membrane protein opdK from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | Probable porin | ||||||
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機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Biswas, S. / Van den Berg, B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Outer Membrane Protein OpdK from Pseudomonas aeruginosa. 著者: Biswas, S. / Mohammad, M.M. / Movileanu, L. / van den Berg, B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 158.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is monomer of OpdK |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42993.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Protein expression under the control of the arabinose promoter 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() プラスミド: OpdK gene with ShlB signal sequence cloned into pB22 with 8 His tag 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-C8E / ( |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.99 % |
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結晶化![]() | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: Classic screen condition #87 from Nextal, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月25日 / 詳細: Platinum coated mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 23772 / Num. obs: 23167 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Net I/σ(I): 18.29 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 90.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.023
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