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万見
- PDB-2qsc: Crystal structure analysis of anti-HIV-1 V3-Fab F425-B4e8 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qsc
タイトルCrystal structure analysis of anti-HIV-1 V3-Fab F425-B4e8 in complex with a V3-peptide
要素
  • (Fab F425-B4e8, ...) x 2
  • Envelope glycoprotein gp120
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab-peptide complex / HIV-1 / gp120 / V3 loop / immunoglobulin fold / AIDS / Apoptosis / Envelope protein / Fusion protein / Glycoprotein / Host-virus interaction / Membrane / Transmembrane / Viral immunoevasion / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bell, C.H. / Schiefner, A. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure of antibody F425-B4e8 in complex with a V3 peptide reveals a new binding mode for HIV-1 neutralization.
著者: Bell, C.H. / Pantophlet, R. / Schiefner, A. / Cavacini, L.A. / Stanfield, R.L. / Burton, D.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2007年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq.db_align_end
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab F425-B4e8, Light chain
H: Fab F425-B4e8, Heavy chain
P: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,82212
ポリマ－48,8323
非ポリマー9909
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.912, 39.858, 97.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.50, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#1: 抗体 Fab F425-B4e8, Light chain


分子量: 23325.727 Da / 分子数: 1 / 断片: Light chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HMMA myeloma cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab F425-B4e8, Heavy chain


分子量: 23728.277 Da / 分子数: 1 / 断片: Heavy chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HMMA myeloma cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 2分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp120 / Env polyprotein


分子量: 1778.090 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 301-326 / 由来タイプ: 合成
詳細: THIS SEQUENCE OCCURS IN HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ISOLATE MN)
参照: UniProt: P05877
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 23分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 / 詳細: PEG 8000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年1月1日 / 詳細: Rh coated flat mirror
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 15169 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 60.8 Å2 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.476 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 29.893 / SU ML: 0.286 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.38 / ESU R Free: 0.368 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 755 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.222 15169 98.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.742 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.75 Å20 Å21.78 Å2
2--3.43 Å20 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3353 0 47 15 3415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9461.9624740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.255435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38524.196143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6415537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.551515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1720.21308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22292
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0670.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0280.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1471.52231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.26723525
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.43531415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.824.51215
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.877 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 48 -
Rwork0.33 1000 -
all-1048 -
obs--92.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.95430.8808-1.88042.7702-2.55995.42180.0428-0.0818-0.1133-0.09750.06010.12940.0167-0.2901-0.103-0.25160.01230.0101-0.1514-0.0494-0.1708-10.90093.048525.9848
25.17082.62690.88165.42271.37443.28650.1312-0.69680.2790.3497-0.05370.0707-0.48980.3837-0.0776-0.1531-0.01470.02220.1498-0.0224-0.19554.41998.396459.8482
32.74270.82930.55443.3720.78745.5177-0.04610.0467-0.09890.04440.0147-0.3365-0.40650.20850.0314-0.12070.0550.0516-0.23440.0286-0.16475.625914.877319.5903
46.3563-0.2790.18537.66391.0914.8375-0.0058-0.3195-0.1007-0.0528-0.0239-0.2747-0.29040.51740.0297-0.2201-0.03260.0118-0.0265-0.0453-0.166915.07789.363946.9202
510.08597.25064.12768.0634-3.175314.92330.1826-0.51121.4458-1.1604-0.06630.6206-0.44580.0937-0.11630.09110.08630.0828-0.02460.0501-0.2376-6.185515.37114.8193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2L109 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4H124 - 222
5X-RAY DIFFRACTION5P304 - 318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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