PDB-2qq8: Crystal structure of the putative RabGAP domain of human TBC1 dom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qq8

タイトル

Crystal structure of the putative RabGAP domain of human TBC1 domain family member 14

要素

TBC1 domain family member 14

キーワード

HYDROLASE ACTIVATOR / Structural Genomics Consortium / Rab-GAP / TBC1D14 / SGC / GTPase activation

機能・相同性

機能・相同性情報

recycling endosome to Golgi transport / regulation of autophagosome assembly / TBC/RABGAPs / negative regulation of autophagy / GTPase activator activity / autophagosome / recycling endosome / autophagy / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tong, Y. / Tempel, W. / Dimov, S. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the putative RabGAP domain of human TBC1 domain family member 14.
著者: Tong, Y. / Tempel, W. / Dimov, S. / Landry, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2007年7月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 SEE REMARK 350 FOR THE PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qq8.cif.gz	73.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qq8.ent.gz	53.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qq8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qq8_validation.pdf.gz	424 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qq8_full_validation.pdf.gz	424.8 KB	表示
XML形式データ	2qq8_validation.xml.gz	12.5 KB	表示
CIF形式データ	2qq8_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/2qq8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/2qq8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3iuz-d 2c47-1 3uzp-2 3uys-2 4p17-1 4tkn-2 2ybr-3 3uys-1 3uyt-1 3pz6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TBC1 domain family member 14

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.520, 123.520, 48.608
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-30- HOH

詳細

not known

#1: タンパク質	TBC1 domain family member 14 分子量: 38641.297 Da / 分子数: 1 / 断片: Putative RabGAP domain: Residues 357-672 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TBC1D14, KIAA1322 / プラスミド: pET28a-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9P2M4
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.4	48.73
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
291	1	蒸気拡散法	7.5	25% PEG 4000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
291	2	蒸気拡散法	6.5	2.0M Sodium chloride, 0.1M Sodium dihydrogen phosphate, 0.1M MES, 0.1M Potassium dihydrogen phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	F1	1	0.9177
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97937

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 270	1	CCD	2007年4月12日
ADSC QUANTUM 270	2	CCD	2007年4月12日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9177	1
2	0.97937	1

反射

解像度: 2→40 Å / Num. obs: 48699 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Χ²: 1.34 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2-2.07	10.1	0.488	4845	0.912	99.9
2.07-2.15	11.4	0.371	4886	0.911	100
2.15-2.25	11.5	0.279	4889	1.033	100
2.25-2.37	11.6	0.217	4838	1.009	100
2.37-2.52	11.6	0.167	4894	1.028	100
2.52-2.71	11.6	0.131	4875	1.099	100
2.71-2.99	11.6	0.098	4845	1.258	100
2.99-3.42	11.6	0.075	4868	1.531	100
3.42-4.31	11.6	0.063	4866	2.046	100
4.31-40	11.1	0.065	4893	2.55	100

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.216 / WR_factor R_work: 0.183 / SU B: 3.254 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The Bijvoet differences were used for phasing. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARP/wARP, Coot, Molprobity programs have also been used in refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	1307	5.033 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
all	0.197	-	-	-
obs	-	25967	99.973 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.357 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.346 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.346 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.692 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2299	0	3	90	2392

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1557
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.286	1.942	3232
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.983	3	3801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.158	5	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.438	24.231	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.192	15	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.014	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	365
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	506
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1116
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.131	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.26	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.111	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.629	2	1499
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.763	2	582
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.795	3	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.615	2	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.89	3	880

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.051	0.296	100	0.213	1765	1866	99.946
2.051-2.107	0.213	68	0.188	1768	1836	100
2.107-2.167	0.251	94	0.194	1665	1759	100
2.167-2.233	0.237	88	0.19	1631	1719	100
2.233-2.306	0.258	80	0.185	1607	1687	100
2.306-2.385	0.189	81	0.181	1539	1620	100
2.385-2.474	0.196	89	0.185	1480	1569	100
2.474-2.573	0.259	82	0.197	1441	1523	100
2.573-2.686	0.227	84	0.195	1369	1453	100
2.686-2.814	0.233	77	0.21	1332	1409	100
2.814-2.963	0.265	68	0.213	1260	1328	100
2.963-3.139	0.259	62	0.215	1193	1255	100
3.139-3.35	0.27	58	0.217	1148	1206	100
3.35-3.61	0.261	65	0.193	1055	1120	100
3.61-3.941	0.219	55	0.183	992	1047	100
3.941-4.385	0.157	41	0.161	918	959	100
4.385-5.024	0.195	42	0.151	812	854	100
5.024-6.058	0.298	31	0.222	720	751	100
6.058-8.199	0.295	21	0.253	584	605	100
8.199-20	0.212	21	0.197	381	408	98.529

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