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- PDB-2qny: Crystal structure of the complex between the A246F mutant of myco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qny
タイトルCrystal structure of the complex between the A246F mutant of mycobacterium beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase III (FABH) and SS-(2-hydroxyethyl) O-decyl ester carbono(dithioperoxoic) acid
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
キーワードTRANSFERASE / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / MYOBACTERIUM TUBERCULOSIS / STRUCTURAL BASIS FOR SUBSTRATE SPECIFICITY / ENZYME INHIBITOR COMPLEX / MECHANISM BASED INHIBITOR / Acyltransferase / Lipid synthesis / Multifunctional enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl carrier protein] synthase III / beta-ketodecanoyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / long-chain fatty-acyl-CoA metabolic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / fatty-acyl-CoA binding / fatty acid elongation / lipid biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / DECYL FORMATE / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / Mycobacterial beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sachdeva, S. / Musayev, F. / Alhamadsheh, M. / Scarsdale, J.N. / Wright, H.T. / Reynolds, K.A.
引用
ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Separate Entrance and Exit Portals for Ligand Traffic in Mycobacterium tuberculosis FabH
著者: Sachdeva, S. / Musayev, F.N. / Alhamadsheh, M.M. / Scarsdale, J.N. / Wright, H.T. / Reynolds, K.A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of the Mycobacterium Tuberculosis Beta-Ketoacyl-Acy; Carrier Protein Synthase III
著者: Scarsdale, J.N. / Kazanina, G. / He, X. / Reynolds, K.A. / Wright, H.T.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of a Substrate Complex of Mycobacterium Tuberculosis Beta-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Sythnase III (FABH) with Lauroyl-Coenzyme A.
著者: Musayev, F. / Sachdeva, S. / Scarsdale, J.N. / Reynolds, K.A. / Wright, H.T.
履歴
登録2007年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,5667
ポリマ－69,9592
非ポリマー6075
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.704, 88.689, 229.903
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl- [acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III / KAS III / MtFabH


分子量: 34979.484 Da / 分子数: 2 / 変異: A246F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: fabH / プラスミド: Pet15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS
参照: UniProt: P0A574, UniProt: P9WNG3*PLUS, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-DFD / DECYL FORMATE / ぎ酸デシル


分子量: 186.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22O2
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM NA Hepes, 1M K/NA TARTRATE, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月29日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX CONFOCAL OPTICS
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→39.28 Å / Num. all: 38110 / Num. obs: 35143 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.17 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 1.91 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3744 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 69.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CNS精密化
AMoRE位相決定
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HZP

1hzp


解像度: 2.15→10 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 9.888 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: REFMAC AND CNS WERE USED FOR REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24534 3445 9.9 %RANDOM
Rwork0.19516 ---
obs0.20011 34734 92.19 %-
all-37676 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.202 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20 Å20 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3----0.45 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.275 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4783 0 38 443 5264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0751.9696838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9445671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.03123.535198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46915726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9261539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.180.22636
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.23487
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1060.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1310.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2811.53403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.45725292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.71231809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1654.51544
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.203 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 182 -
Rwork0.215 1625 -
obs-1807 68.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6243-0.0560.13231.1523-0.25880.803-0.0285-0.0261-0.0060.0778-0.002-0.0769-0.01640.10860.0305-0.1095-0.0202-0.0119-0.08310.0068-0.086730.179727.296836.9841
21.167-0.24380.33420.4658-0.11111.056-0.02640.07130.0727-0.04670.01630.0514-0.0809-0.0840.0101-0.0564-0.0087-0.0206-0.08990.0069-0.068410.94542.308520.8214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 31711 - 332
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 31711 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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