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万見
- PDB-2qn5: Crystal Structure and Functional Study of the Bowman-Birk Inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qn5
タイトルCrystal Structure and Functional Study of the Bowman-Birk Inhibitor from Rice Bran in Complex with Bovine Trypsin
要素
  • Bowman-Birk type bran trypsin inhibitor
  • Cationic trypsin
キーワードHydrolase inhibitor/Hydrolase / RBTI / Bowman-Birk Inhibitor / monocotyledonous plant / reactive-site loop / protease-inhibitor / plant-pest systems / Protease inhibitor / Serine protease inhibitor / Calcium / Digestion / Hydrolase / Metal-binding / Secreted / Zymogen / Hydrolase inhibitor-Hydrolase COMPLEX / HETERO-DIMER
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serpin family protein binding / serine protease inhibitor complex / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site ...Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Bowman-Birk serine protease inhibitors family signature. / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine protease 1 / Bowman-Birk type bran trypsin inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Li, H.T. / Lin, Y.H. / Guan, H.H. / Hsieh, Y.C. / Wang, A.H.J. / Chen, C.J.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure and Functional Study of the Bowman-Birk Inhibitor from Rice Bran in Complex with Bovine Trypsin
著者: Li, H.T. / Lin, Y.H. / Huang, Y.C. / Guan, H.H. / Hsieh, Y.C. / Chang, T. / Wang, A.H.J. / Chen, C.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of rice Bowman-Birk inhibitor from Oryza sativa
著者: Lin, Y.H. / Li, H.T. / Huang, Y.C. / Hsieh, Y.C. / Guan, H.H. / Liu, M.Y. / Chang, T. / Wang, A.H.J. / Chen, C.J.
履歴
登録2007年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Bowman-Birk type bran trypsin inhibitor
T: Cationic trypsin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4212
ポリマ－38,4212
非ポリマー00
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.653, 69.653, 158.169
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Bowman-Birk type bran trypsin inhibitor / Protein RBBI3-3 / RBTI / OSE727A


分子量: 15096.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryza sativa (イネ) / 株: japonica cultivar-group / 参照: UniProt: Q0JR25
#2: タンパク質 Cationic trypsin / Beta-trypsin


分子量: 23324.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00760, trypsin
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 11% PEG6000, 0.1M HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL12B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月12日
詳細: Vertically Collimating Vertically Collimating Premirror, Fixed-Exit Double Crystal, Si(111) Monochromator, Toroidal Focusing Mirror
放射モノクロメーター: Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→30 Å / Num. obs: 11039 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.6 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 2.72→2.82 Å / 冗長度: 9.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.85 / Num. unique all: 1043 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceControl Softwareデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ABC and 1C2A

1abc

1c2a


解像度: 3→30 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.322 848 -RANDOM
Rwork0.2562 ---
all-8332 --
obs-8163 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 2.425 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.829 Å20 Å20 Å2
2---13.829 Å20 Å2
3---27.658 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.6 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2483 0 0 137 2620
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0084
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6274
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9358
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1333
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4233 70 -
Rwork0.3354 --
obs-778 96.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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