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- PDB-2qmm: Crystal structure of APC86534.1 (C-terminal domain of NCBI AAB901... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qmm
タイトルCrystal structure of APC86534.1 (C-terminal domain of NCBI AAB90184.1; Pfam BIG 123.1)
要素UPF0217 protein AF_1056
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha/beta knot / SAM / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (pseudouridine54-N1)-methyltransferase / tRNA methyltransferase activity / tRNA methylation / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (pseudouridine(54)-N(1))-methyltransferase, TrmY / Putative SAM-dependent RNA methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / tRNA (pseudouridine(54)-N(1))-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Joachimiak, A. / Duke, N. / Zhou, M. / Gu, M. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of APC86534.1 (C-terminal domain of NCBI AAB90184.1; Pfam BIG 123.1).
著者: Joachimiak, A. / Duke, N. / Zhou, M. / Gu, M.
履歴
登録2007年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600 HETEROGEN AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE CONTAINS CO-FACTOR WHICH IS ALMOST CERTAINLY SAM, BUT ... HETEROGEN AUTHORS STATE THAT THE STRUCTURE CONTAINS CO-FACTOR WHICH IS ALMOST CERTAINLY SAM, BUT IT HAS MISSING ATOMS DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0217 protein AF_1056
B: UPF0217 protein AF_1056
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,6184
ポリマ－43,8212
非ポリマー7972
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.309, 79.384, 105.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UPF0217 protein AF_1056


分子量: 21910.326 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain: Residues 95-288 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)
生物種: Archaeoglobus fulgidus / 株: DSM 4304, VC-16, JCM 9628, NBRC 100126 / 遺伝子: AF_1056 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: O29206
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG 3350 (Hampton Research Index, condition 44), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日 / 詳細: bent mirror
放射モノクロメーター: double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 50772 / Num. obs: 49604 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 19.926 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 33.3
反射 シェル解像度: 1.85→1.87 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→43.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.522 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24341 2504 5.1 %RANDOM
Rwork0.22562 ---
obs0.22653 46651 96.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.097 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→43.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 0 38 112 3202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5652.0064270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1395388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.66423.788132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.28415566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0671522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2186
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.050.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0641.52000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.74323140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69431290
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2264.51130
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 153 -
Rwork0.344 2815 -
obs--80.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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