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万見
- PDB-2qmi: Structure of the octameric penicillin-binding protein homologue f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qmi
タイトルStructure of the octameric penicillin-binding protein homologue from Pyrococcus abyssi
要素Pbp related beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / PAB87 / OCTAMER / LU-HPDO3A / PBP / ARCHAEA
機能・相同性
機能・相同性情報


Pab87 octamerisation domain / Pab87 octamerisation domain / Pab87 octamerisation domain superfamily / Pab87 octamerisation domain / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Lipocalin / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...Pab87 octamerisation domain / Pab87 octamerisation domain / Pab87 octamerisation domain superfamily / Pab87 octamerisation domain / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Lipocalin / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DO3 / : / Beta-lactamase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Delfosse, V. / Girard, E. / Moulinier, L. / Schultz, P. / Mayer, C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2009
タイトル: Structure of the archaeal pab87 peptidase reveals a novel self-compartmentalizing protease family
著者: Delfosse, V. / Girard, E. / Birck, C. / Delmarcelle, M. / Delarue, M. / Poch, O. / Schultz, P. / Mayer, C.
履歴
登録2007年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pbp related beta-lactamase
B: Pbp related beta-lactamase
C: Pbp related beta-lactamase
D: Pbp related beta-lactamase
E: Pbp related beta-lactamase
F: Pbp related beta-lactamase
G: Pbp related beta-lactamase
H: Pbp related beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)408,61929
ポリマ－404,0278
非ポリマー4,59221
水42,6602368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area41020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.940, 105.630, 112.920
Angle α, β, γ (deg.)72.170, 66.510, 81.390
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Pbp related beta-lactamase / Penicillin-binding protein


分子量: 50503.371 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 株: GE5 / 遺伝子: pbp / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9V2D6, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-LU / LUTETIUM (III) ION / LU


分子量: 174.967 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Lu
#3: 化合物
ChemComp-DO3 / 10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID


分子量: 404.459 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H32N4O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.02M calcium chloride dihydrate, 0.1M sodium acetate trihydrate, 30% MPD, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.34029 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月22日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34029 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 17.36 / 数: 1542549 / Rmerge(I) obs: 0.081 / D res high: 2.2 Å / Num. obs: 198621 / % possible obs: 95.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
2.22.3294.410.291
2.322.4894.910.226
2.482.6795.410.175
2.672.9295.910.123
2.923.2796.410.085
3.273.7696.910.058
3.764.5997.310.046
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 198053 / Num. obs: 198053 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.8 % / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / Num. unique all: 28540 / Rsym value: 0.289 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Isotropic thermal model: Restrained / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 9931 4.8 %Random
Rwork0.196 ---
obs0.196 198053 96.2 %-
all-198621 --
溶媒の処理Bsol: 37.475 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 24.451 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.581 Å22.616 Å20.055 Å2
2--2.853 Å23.112 Å2
3----0.272 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28385 0 129 2368 30882
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9851.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5292
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4322
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.1552.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 972 -
Rwork0.277 --
obs-18488 94.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3LU_3.param
X-RAY DIFFRACTION4DO3_eric.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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