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- PDB-2qm7: MeaB, A Bacterial Homolog of MMAA, Bound to GDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qm7
タイトルMeaB, A Bacterial Homolog of MMAA, Bound to GDP
要素GTPase/ATPase
キーワードCHAPERONE / G Protein / GTPase / G3E / Metallochaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activity / GTP binding
類似検索 - 分子機能
SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...SIMIBI class G3E GTPase, ArgK/MeaB / Methylmalonyl Co-A mutase-associated GTPase MeaB / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / GTPase/ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacterium extorquens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hubbard, P.A. / Padovani, D. / Labunska, T. / Mahlstedt, S.A. / Banerjee, R. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure and mutagenesis of the metallochaperone MeaB: insight into the causes of methylmalonic aciduria.
著者: Hubbard, P.A. / Padovani, D. / Labunska, T. / Mahlstedt, S.A. / Banerjee, R. / Drennan, C.L.
履歴
登録2007年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase/ATPase
B: GTPase/ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2716
ポリマ－71,1952
非ポリマー1,0764
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6376.2 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.060, 79.150, 71.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a homodimer which is contained within the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 GTPase/ATPase


分子量: 35597.512 Da / 分子数: 2 / 変異: L192F, R224H, G257D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (バクテリア)
株: AM1 / 遺伝子: meaB / プラスミド: pET21d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RPA0
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.2 M Li2SO4, and 17% PEG 3350., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. all: 55277 / Num. obs: 55277 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / Num. unique all: 5028 / Rsym value: 0.214 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: Initial model derived from Se-Met derivative solved by MAD.

解像度: 1.85→29.92 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 2800 -RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.199 52055 --
obs0.199 52055 97.52 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.203 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→29.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4619 0 66 454 5139
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.283
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.208
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.165
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.201
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.902 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 171 -
Rwork0.21 --
obs-3147 80.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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