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- PDB-2ql3: Crystal structure of the C-terminal domain of a probable LysR fam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ql3
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of a probable LysR family transcriptional regulator from Rhodococcus sp. RHA1
要素Probable transcriptional regulator, LysR family protein
キーワードTRANSCRIPTION / APC7314 / LysR family / transcriptional regulator / Rhodococcus sp. RHA1 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Probable transcriptional regulator, LysR family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Tan, K. / Skarina, T. / Kagen, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the C-terminal domain of a probable LysR family transcriptional regulator from Rhodococcus sp. RHA1.
著者: Tan, K. / Skarina, T. / Kagen, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2007年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3, 4, 5, 6 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN AT THE TIME OF DEPOSITION, AND THAT THE BIOLOGICAL UNIT ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS PREDICTED BY THE ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES BASED ON THIS CRYSTAL STRUCTURE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
B: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
C: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
D: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
E: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
F: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
G: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
H: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
I: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
J: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
K: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
L: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)282,46888
ポリマ－275,25012
非ポリマー7,21876
水24,3021349
1
A: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
B: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,92013
ポリマ－45,8752
非ポリマー1,04511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
2
C: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
D: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,92013
ポリマ－45,8752
非ポリマー1,04511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area18050 Å2
手法PISA
3
E: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
F: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,49019
ポリマ－45,8752
非ポリマー1,61517
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area18210 Å2
手法PISA
4
G: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
H: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5409
ポリマ－45,8752
非ポリマー6657
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
5
I: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
J: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,20516
ポリマ－45,8752
非ポリマー1,33014
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5320 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area18460 Å2
手法PISA
6
K: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
L: Probable transcriptional regulator, LysR family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,39518
ポリマ－45,8752
非ポリマー1,52016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.277, 114.277, 175.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
詳細Experimentally unknown. From molecular packing, it seems the molecule forms dimer. There are 6 dimers in asymmetric unit, A-B, C-D, E-F, G-H, I-J, K-L.

-
要素

#1: タンパク質
Probable transcriptional regulator, LysR family protein


分子量: 22937.527 Da / 分子数: 12 / 断片: Residues 99-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus sp. (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro01847 / プラスミド: p15Tv Lic / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q0SFM8
#2: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 1M Sodium-potassium phosphate, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月5日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→36.6 Å / Num. all: 159207 / Num. obs: 159207 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.587 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 13206 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→36.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 9.371 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23853 7989 5 %RANDOM
Rwork0.17504 ---
all0.17823 151134 --
obs0.17823 151134 99.35 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.308 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.03 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→36.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18888 0 380 1349 20617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.02219785
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9851.99327190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.31752482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.98422.224805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.767152900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.67315193
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.23101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.29117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.213074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.21320
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2030.2172
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2691.512737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65220166
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.00737956
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5194.57008
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.105 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 590 -
Rwork0.212 11025 -
obs--97.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9991-0.35210.39180.7252-0.47050.50960.01370.02950.065-0.0368-0.0833-0.0857-0.00480.01060.0696-0.03940.04090.0206-0.03960.0281-0.0348-17.9985-53.980750.2673
21.28-0.2941-0.24110.72780.14120.5598-0.0265-0.0636-0.16470.0708-0.00360.03880.0702-0.08880.0301-0.06280.0144-0.0097-0.02110.0565-0.0423-26.5897-72.513561.9226
30.4434-0.17410.051.3508-0.27111.7017-0.1087-0.0189-0.06030.11260.1342-0.1110.05650.1303-0.0256-0.08080.0856-0.0145-0.0448-0.0435-0.0210.522-83.428735.4596
40.8253-0.5609-0.24311.30980.40720.7786-0.0080.0693-0.142-0.06040.02150.18050.0209-0.1175-0.0134-0.06040.0008-0.0316-0.04470.007-0.0283-17.7915-80.253521.1291
51.1242-0.48610.55320.745-0.21240.5677-0.03150.04190.14820.0396-0.0129-0.0562-0.04810.03190.0444-0.0536-0.0150.0153-0.02730.0087-0.0555.3362-72.757784.2165
61.0887-0.4689-0.23720.51750.19070.7607-0.0512-0.0307-0.08460.02390.02490.0910.0931-0.02850.0263-0.061-0.00910.011-0.02490.0258-0.032242.9317-88.672396.5709
71.3712-0.5406-0.43990.74210.05111.34860.0169-0.0071-0.17170.0518-0.01910.15930.3104-0.1990.0022-0.0288-0.0895-0.0257-0.0427-0.003-0.054831.3786-103.642667.8766
80.5331-0.10640.03660.16650.04791.29170.0531-0.01760.0212-0.0208-0.0670.0226-0.1047-0.07680.0139-0.00890.0211-0.001-0.0339-0.0139-0.064738.8167-86.512754.0538
90.6429-0.3719-0.13290.58260.17690.5827-0.01780.0089-0.00630.00610.0194-0.0026-0.003-0.0426-0.0016-0.0484-0.00580.0004-0.02810.0063-0.0423-19.1759-122.460293.6762
102.09350.08850.00170.0739-0.03920.54330.03910.18120.2976-0.02360.00460.0233-0.17130.0576-0.0437-0.0262-0.01830.0458-0.05520.0313-0.0039-8.046-105.411382.2852
111.03360.3905-0.22530.6647-0.11350.95420.02420.1018-0.09560.02780.0195-0.06020.03840.1173-0.0437-0.06150.011-0.0023-0.0058-0.038-0.063815.823-123.4909108.153
121.10320.17640.43740.36030.10560.4723-0.0469-0.01840.08560.04360.02690.042-0.0606-0.01050.0199-0.0173-0.01640.0158-0.0414-0.0143-0.05183.575-109.8799122.8418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA99 - 3033 - 207
2X-RAY DIFFRACTION2BB99 - 3033 - 207
3X-RAY DIFFRACTION3CC99 - 3033 - 207
4X-RAY DIFFRACTION4DD99 - 3033 - 207
5X-RAY DIFFRACTION5EE99 - 3033 - 207
6X-RAY DIFFRACTION6FF99 - 3033 - 207
7X-RAY DIFFRACTION7GG99 - 3033 - 207
8X-RAY DIFFRACTION8HH99 - 3033 - 207
9X-RAY DIFFRACTION9II99 - 3033 - 207
10X-RAY DIFFRACTION10JJ99 - 3033 - 207
11X-RAY DIFFRACTION11KK99 - 3033 - 207
12X-RAY DIFFRACTION12LL99 - 3033 - 207

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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