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- PDB-2ql2: Crystal Structure of the basic-helix-loop-helix domains of the he... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ql2
タイトルCrystal Structure of the basic-helix-loop-helix domains of the heterodimer E47/NeuroD1 bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DAP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DCP*DCP*DTP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DT)-3')
  • Neurogenic differentiation factor 1
  • Transcription factor E2-alpha
キーワードtranscription/DNA / basic-helix-loop-helix / protein-DNA complex / heterodimer / DNA-binding / Activator / Developmental protein / Differentiation / Neurogenesis / Nucleus / Phosphorylation / Transcription / Transcription regulation / Cytoplasm / Phosphoprotein / transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic A cell fate commitment / pancreatic PP cell fate commitment / regulation of intestinal epithelial structure maintenance / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / enteroendocrine cell differentiation / amacrine cell differentiation / bHLH transcription factor binding / embryonic organ morphogenesis / cell development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs ...pancreatic A cell fate commitment / pancreatic PP cell fate commitment / regulation of intestinal epithelial structure maintenance / negative regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / enteroendocrine cell differentiation / amacrine cell differentiation / bHLH transcription factor binding / embryonic organ morphogenesis / cell development / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / natural killer cell differentiation / lymphocyte differentiation / hindbrain development / endocrine pancreas development / immunoglobulin V(D)J recombination / Peyer's patch development / Myogenesis / dentate gyrus development / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / camera-type eye development / signal transduction involved in regulation of gene expression / insulin secretion / anterior/posterior pattern specification / regulation of neuron differentiation / nucleocytoplasmic transport / B cell lineage commitment / E-box binding / inner ear development / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell fate commitment / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of cell cycle / gastrulation / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of neuron differentiation / cerebellum development / erythrocyte differentiation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell differentiation / cellular response to glucose stimulus / RNA polymerase II transcription regulator complex / nucleosome / glucose homeostasis / nervous system development / T cell differentiation in thymus / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / gene expression / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to lipopolysaccharide / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein stabilization / positive regulation of apoptotic process / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neurogenic differentiation factor NeuroD / Neurogenic differentiation factor, domain of unknown function / : / Neuronal helix-loop-helix transcription factor / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain ...Neurogenic differentiation factor NeuroD / Neurogenic differentiation factor, domain of unknown function / : / Neuronal helix-loop-helix transcription factor / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor E2-alpha / Neurogenic differentiation factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rose, R.B. / Longo, A. / Guanga, G.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of E47-NeuroD1/beta2 bHLH domain-DNA complex: heterodimer selectivity and DNA recognition.
著者: Longo, A. / Guanga, G.P. / Rose, R.B.
履歴
登録2007年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor E2-alpha
B: Neurogenic differentiation factor 1
C: Transcription factor E2-alpha
D: Neurogenic differentiation factor 1
E: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DT)-3')
F: DNA (5'-D(*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DAP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DCP*DCP*DTP*DA)-3')
G: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DT)-3')
H: DNA (5'-D(*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DAP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DCP*DCP*DTP*DA)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8508
ポリマ－47,8508
非ポリマー00
水73941
1
A: Transcription factor E2-alpha
B: Neurogenic differentiation factor 1
E: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DT)-3')
F: DNA (5'-D(*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DAP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DCP*DCP*DTP*DA)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9254
ポリマ－23,9254
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
2
C: Transcription factor E2-alpha
D: Neurogenic differentiation factor 1
G: DNA (5'-D(*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DT)-3')
H: DNA (5'-D(*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DAP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DCP*DCP*DTP*DA)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9254
ポリマ－23,9254
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area11630 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12440 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area21290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.310, 169.540, 52.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a heterodimer of E47 and NeuroD1 bound to a DNA duplex. There are 2 of these complexes in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor E2-alpha


分子量: 7141.364 Da / 分子数: 2 / 断片: basic-helix-loop-helix domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pancreatic beta cells / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tcf3 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: P15806*PLUS
#2: タンパク質 Neurogenic differentiation factor 1 / NeuroD1


分子量: 6986.231 Da / 分子数: 2 / 断片: basic helix-loop-helix domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pancreatic beta cells / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Neurod1, Neurod / プラスミド: pCDF-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q60867
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DAP*DGP*DGP*DCP*DCP*DAP*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DTP*DCP*DCP*DT)-3')


分子量: 4865.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized oligonucleotide
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DGP*DGP*DAP*DCP*DCP*DAP*DGP*DAP*DTP*DGP*DGP*DCP*DCP*DTP*DA)-3')


分子量: 4932.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized oligonucleotide
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN IN CHAINS A AND C MATCH THE UNP SEQUENCE DATABASE REFERENCE P15806(ISOFORM E47; P15806- ...THE PROTEIN IN CHAINS A AND C MATCH THE UNP SEQUENCE DATABASE REFERENCE P15806(ISOFORM E47; P15806-2), RESIDUES 544-603

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.6
詳細: 0.1 mM Imidazole, 0.2 M ammonium citrate dibasic, and 22 % PEG 4000, pH 7.6, EVAPORATION, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Imidazole11
2Imidazole12
3ammonium citrate dibasic12
4PEG 400012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月1日
詳細: sagittal focusing crystal and vertical focusing double mirror
放射モノクロメーター: SI (111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→169.546 Å / Num. obs: 18832 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. measured all: 18434 / Num. unique all: 2594 / Rsym value: 0.77 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
AUTOMARデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1MDY

1mdy


解像度: 2.5→55.8 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: optimal B-restraints weight (rweight) in CNS was 0.0198
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.289 1884 9.8 %random
Rwork0.248 ---
all-19270 --
obs-18781 97.5 %-
溶媒の処理Bsol: 83.749 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 56.998 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.549 Å20 Å20 Å2
2---10.084 Å20 Å2
3---18.633 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1751 1300 0 41 3092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.154
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4337 197 -
Rwork0.3963 --
obs-1566 94 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:dna-rna.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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