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- PDB-2qkx: N-acetyl glucosamine 1-phosphate uridyltransferase from Mycobacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qkx
タイトルN-acetyl glucosamine 1-phosphate uridyltransferase from Mycobacterium tuberculosis complex with N-acetyl glucosamine 1-phosphate
要素Bifunctional protein glmU
キーワードTRANSFERASE / rossmann / beta-helix / substrate complex / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


entry of bacterium into host cell / adhesion of symbiont to host cell / uridylyltransferase activity / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process ...entry of bacterium into host cell / adhesion of symbiont to host cell / uridylyltransferase activity / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase activity / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase / UDP-N-acetylglucosamine diphosphorylase activity / UDP-N-acetylglucosamine biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / cell morphogenesis / regulation of cell shape / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / GlmU, C-terminal LbH domain / : / MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily ...Bifunctional UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase/glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / GlmU, C-terminal LbH domain / : / MobA-like NTP transferase / MobA-like NTP transferase domain / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GN1 / Bifunctional protein GlmU / Bifunctional protein GlmU
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Zhang, Z. / Squire, C.J. / Baker, E.N. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure and function of GlmU from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Zhang, Z. / Bulloch, E.M. / Bunker, R.D. / Baker, E.N. / Squire, C.J.
履歴
登録2007年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional protein glmU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0632
ポリマ－40,7621
非ポリマー3011
水70339
1
A: Bifunctional protein glmU
ヘテロ分子

A: Bifunctional protein glmU
ヘテロ分子

A: Bifunctional protein glmU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1896
ポリマ－122,2853
非ポリマー9043
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.303, 94.303, 288.041
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細The biological assembly is a trimer generated by the 3-fold axis: -x+y,-x,z and -y,x-y,z.

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional protein glmU / [Includes: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase (EC 2.7.7.23) (N-acetylglucosamine-1-phosphate ...[Includes: UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase (EC 2.7.7.23) (N-acetylglucosamine-1-phosphate uridyltransferase) / Glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase (EC 2.3.1.157)]


分子量: 40761.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: glmU, Rv1018c, MT1046 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P96382, UniProt: P9WMN3*PLUS, glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase
#2: 糖 ChemComp-GN1 / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-1-O-PHOSPHONO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE-1-PHOSPHATE / N-acetyl-1-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-1-O-phosphono-glucose / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 301.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H16NO9P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO3NAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Lithium nitrate, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月30日 / 詳細: osmic
放射モノクロメーター: osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→42.33 Å / Num. all: 13239 / Num. obs: 13239 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1892 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1HM9

1hm9


解像度: 2.75→40.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 26.785 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.847 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25071 651 4.9 %RANDOM
Rwork0.19514 ---
all0.19791 12588 --
obs0.19791 12588 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.107 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å2-0.32 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→40.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2795 0 19 39 2853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9713907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1365387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02824.078103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.71615421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3221518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.21227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.21910
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2110.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6311.51940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1423081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6113971
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5994.5826
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.822 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 43 -
Rwork0.275 910 -
obs-43 100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 29.8397 Å / Origin y: -14.4516 Å / Origin z: 14.9037 Å
111213212223313233
T-0.0096 Å20.0212 Å20.0351 Å2-0.0153 Å20.0171 Å2--0.1409 Å2
L0.8554 °2-0.0067 °2-0.3531 °2-1.4863 °20.6775 °2--2.3796 °2
S0.0715 Å °-0.2161 Å °0.2638 Å °0.2726 Å °-0.0629 Å °0.178 Å °-0.3672 Å °-0.2825 Å °-0.0086 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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