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Yorodumi- PDB-2jer: Agmatine deiminase of Enterococcus faecalis catalyzing its reaction. -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 2jer | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Agmatine deiminase of Enterococcus faecalis catalyzing its reaction. | |||||||||
Components | AGMATINE DEIMINASE | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / AGMATINE DEIMINASE / TETRAMER / AGDI / 5- FOLD PSEUDOSYMMETRIC STRUCTURE / AGMATINE DEGRADATION PATHWAY / COVALENT AMIDINO ADDUCT / AGMATINE IMINOHYDROLASE | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationagmatine deiminase / agmatine deiminase activity / putrescine biosynthetic process / protein-arginine deiminase activity Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.65 Å | |||||||||
Authors | Tavarez, S. / Llacer, J.L. / Rubio, V. | |||||||||
Citation | Journal: J.Bacteriol. / Year: 2007Title: The Gene Cluster for Agmatine Catabolism of Enterococcus Faecalis: Study of Recombinant Putrescine Transcarbamylase and Agmatine Deiminase and a Snapshot of Agmatine Deiminase Catalyzing its Reaction. Authors: Llacer, J.L. / Polo, L.M. / Tavarez, S. / Alarcon, B. / Hilario, R. / Rubio, V. | |||||||||
| History |
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| Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. | |||||||||
| Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED. |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 2jer.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb2jer.ent.gz | 941.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 2jer.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 2jer_validation.pdf.gz | 462.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 2jer_full_validation.pdf.gz | 497.4 KB | Display | |
| Data in XML | 2jer_validation.xml.gz | 60.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 2jer_validation.cif.gz | 99.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jer ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/je/2jer | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2ewoS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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