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- PDB-3d9d: Nitroalkane oxidase: mutant D402N crystallized with 1-nitrohexane -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d9d
タイトルNitroalkane oxidase: mutant D402N crystallized with 1-nitrohexane
要素Nitroalkane oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE FLAVOENZYME / NITROALKANE / ACYL-COA DEHYDROGENASE / LONG CELL EDGE / FAD / INHIBITOR / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nitroalkane oxidase / nitroalkane oxidase activity / butyrate catabolic process / detoxification / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA dehydrogenase / FAD binding
類似検索 - 分子機能
Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 ...Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 1-nitrohexane / Nitroalkane oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusarium oxysporum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLREP / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Heroux, A. / Bozinovski, D.M. / Valley, M.P. / Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of intermediates in the nitroalkane oxidase reaction.
著者: Heroux, A. / Bozinovski, D.M. / Valley, M.P. / Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of nitroalkane oxidase: insights into the reaction mechanism from a covalent complex of the flavoenzyme trapped during turnover.
著者: Nagpal, A. / Valley, M.P. / Fitzpatrick, P.F. / Orville, A.M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Mechanistic and structural analyses of the roles of Arg409 and Asp402 in the reaction of the flavoprotein nitroalkane oxidase.
著者: Fitzpatrick, P.F. / Bozinovski, D.M. / Heroux, A. / Shaw, P.G. / Valley, M.P. / Orville, A.M.
履歴
登録2008年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitroalkane oxidase
B: Nitroalkane oxidase
C: Nitroalkane oxidase
D: Nitroalkane oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,75220
ポリマ－192,3484
非ポリマー4,40416
水11,710650
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28150 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area53630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.875, 107.875, 338.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
Nitroalkane oxidase


分子量: 48087.066 Da / 分子数: 4 / 変異: D402N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fusarium oxysporum (菌類) / プラスミド: PETNAO4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) / 参照: UniProt: Q8X1D8, nitroalkane oxidase
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-N6C / 1-nitrohexane


分子量: 131.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 650 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20-30mM PEG 3350, 20-35% glycerol, 0.1M NaCacodylate, pH 7.50, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月9日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 391270 / Num. obs: 391270 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 13.72
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.447 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 8209 / Rsym value: 0.447 / % possible all: 62.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: MOLREP
開始モデル: 2c12

2c12


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.337 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 6169 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
all0.182 133933 --
obs0.182 123030 91.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.15 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13219 0 296 650 14165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02213799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.98818747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.45451720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.10124.453548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.079152315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.291572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.22124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.26959
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.29475
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1280.2834
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2820.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4280.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1581.58875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.292213834
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36235660
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6354.54913
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 273 -
Rwork0.267 5419 -
all-5692 -
obs--58.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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