[日本語] English
万見
- PDB-2qkp: Crystal structure of C-terminal domain of SMU_1151c from Streptoc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qkp
タイトルCrystal structure of C-terminal domain of SMU_1151c from Streptococcus mutans
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF438 / Family of unknown function (DUF438) / PAS domain / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemerythrin-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Wu, B. / Bain, K. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of C-terminal domain of SMU_1151c from Streptococcus mutans.
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Wu, B. / Bain, K. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9807
ポリマ－70,7644
非ポリマー2163
水7,873437
1
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4443
ポリマ－35,3822
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14210 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5364
ポリマ－35,3822
非ポリマー1542
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area14280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.999, 53.911, 79.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.050, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit appears to be dimer.

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 17690.898 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain: residues 315-454 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: UA159 / 遺伝子: SMU_1151c / プラスミド: BS-pSGX4(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8DU08
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 20% PEG 3000, 0.2M Sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 63330 / Num. obs: 63330 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.05 / Χ2: 0.687 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.28 / Num. unique all: 11540 / Rsym value: 0.338 / Χ2: 0.46 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.521 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3044 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
all0.2 60316 --
obs0.2 60316 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.743 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å20 Å2-0.85 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4501 0 14 437 4952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0224694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3471.9536357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1145559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50624.651258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.97515809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3681530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023672
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.23243
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0411.52854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67724526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45232058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5454.51830
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 220 -
Rwork0.228 4089 -
obs-4309 96.96 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る