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万見
- PDB-2qk8: Crystal structure of the anthrax drug target, Bacillus anthracis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qk8
タイトルCrystal structure of the anthrax drug target, Bacillus anthracis dihydrofolate reductase
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Methotrexate / Pteridine binding / Nucleotide phosphate binding / Pseudo-Rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis str. (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bennett, B.C. / Xu, H. / Simmerman, R.F. / Lee, R.E. / Dealwis, C.G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the anthrax drug target, Bacillus anthracis dihydrofolate reductase.
著者: Bennett, B.C. / Xu, H. / Simmerman, R.F. / Lee, R.E. / Dealwis, C.G.
履歴
登録2007年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6032
ポリマ－19,1491
非ポリマー4541
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.697, 41.236, 67.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.20, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-209-

HOH

21A-224-

HOH

31A-230-

HOH

詳細Only one molecule in the asymmetric unit. Enzyme is functional as a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 19148.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 生物種: Bacillus anthracis / 株: Sterne / 遺伝子: dfrA / プラスミド: Champion pET-SUMO / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81R22, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE / メトトレキサ-ト


分子量: 454.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / コメント: 化学療法薬*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M CaCl2, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月15日
詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated) Bent Ge(111) monochromator
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→58.4 Å / Num. all: 16860 / Num. obs: 10104 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0007精密化
BioCARSspecific programデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: 1ZDR (Bacillus stearothermophilus DHFR)

1zdr


解像度: 2.4→22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 11.98 / SU ML: 0.263 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2.8 / ESU R: 0.595 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27382 374 5 %RANDOM
Rwork0.24273 ---
obs0.24422 7171 95.68 %-
all-7545 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.402 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1347 0 33 48 1428
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8951.961920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.675161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.16224.24773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.54315242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.184157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2810.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3350.2901
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2690.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9591.5842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72521322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1673688
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1554.5598
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 37 -
Rwork0.366 474 -
obs-474 89.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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