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万見
- PDB-2qjb: Crystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA varia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qjb
タイトルCrystal structure analysis of BMP-2 in complex with BMPR-IA variant IA/IB
要素
  • Bone morphogenetic protein 2
  • Bone morphogenetic protein receptor type IA
キーワードCytokine/Receptor / ligand-receptor complex / Chondrogenesis / Cleavage on pair of basic residues / Cytokine / Developmental protein / Differentiation / Glycoprotein / Growth factor / Osteogenesis / ATP-binding / Disease mutation / Kinase / Magnesium / Manganese / Membrane / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / Transmembrane / Cytokine-Receptor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / Mullerian duct regression / cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / cardiac jelly development ...neural plate mediolateral regionalization / paraxial mesoderm structural organization / positive regulation of cardiac ventricle development / fibrous ring of heart morphogenesis / positive regulation of transforming growth factor beta2 production / Mullerian duct regression / cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / cardiac jelly development / heart formation / atrioventricular node cell development / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / atrioventricular canal morphogenesis / negative regulation of cortisol biosynthetic process / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / mesendoderm development / negative regulation of steroid biosynthetic process / ameloblast differentiation / tricuspid valve morphogenesis / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / atrioventricular valve development / dorsal aorta morphogenesis / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / endodermal-mesodermal cell signaling / central nervous system neuron differentiation / corticotropin hormone secreting cell differentiation / cardiac right ventricle morphogenesis / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / mesenchyme development / pharyngeal arch artery morphogenesis / aortic valve development / telencephalon regionalization / positive regulation of odontogenesis / BMP binding / regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of phosphatase activity / hindlimb morphogenesis / negative regulation of muscle cell differentiation / negative regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of cartilage development / proteoglycan metabolic process / heart induction / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lateral mesoderm development / regulation of lateral mesodermal cell fate specification / ventricular compact myocardium morphogenesis / pericardium development / pituitary gland development / lung vasculature development / mitral valve morphogenesis / BMP receptor complex / BMP receptor activity / dorsal/ventral axis specification / co-receptor binding / regulation of cellular senescence / neural crest cell development / telencephalon development / cardiac epithelial to mesenchymal transition / mesenchymal cell differentiation / BMP receptor binding / transforming growth factor beta receptor activity, type I / ectoderm development / positive regulation of odontoblast differentiation / cardiac conduction system development / endocardial cushion formation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / phosphatase activator activity / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of astrocyte differentiation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / Signaling by BMP / cellular response to BMP stimulus / cardiac muscle cell differentiation / outflow tract septum morphogenesis / cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / positive regulation of ossification / astrocyte differentiation / dorsal/ventral pattern formation / Molecules associated with elastic fibres / atrioventricular valve morphogenesis / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / endocardial cushion morphogenesis / embryonic digit morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / roof of mouth development / bone mineralization / outflow tract morphogenesis / positive regulation of osteoblast proliferation / SMAD binding / odontogenesis of dentin-containing tooth / somatic stem cell population maintenance
類似検索 - 分子機能
: / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif ...: / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / CD59 / CD59 / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 2 / Bone morphogenetic protein receptor type-1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kotzsch, A. / Mueller, T.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure analysis of bone morphogenetic protein-2 type I receptor complexes reveals a mechanism of receptor inactivation in juvenile polyposis syndrome.
著者: Kotzsch, A. / Nickel, J. / Seher, A. / Heinecke, K. / van Geersdaele, L. / Herrmann, T. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
履歴
登録2007年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bone morphogenetic protein 2
B: Bone morphogenetic protein 2
C: Bone morphogenetic protein receptor type IA
D: Bone morphogenetic protein receptor type IA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8295
ポリマ－55,7934
非ポリマー351
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7229 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.175, 104.175, 100.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Bone morphogenetic protein 2 / BMP-2 / BMP-2A


分子量: 13126.128 Da / 分子数: 2 / 断片: mature part (residues 283-396) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP2, BMP2A / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12643
#2: タンパク質 Bone morphogenetic protein receptor type IA / Serine/threonine-protein kinase receptor R5 / SKR5 / Activin receptor-like kinase 3 / ALK-3 / CD292 antigen


分子量: 14770.498 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain (residues 24-152)
Mutation: K88R,S90T,K92I,A93P,Q94H,L95Q,T98S,A74T,M78L,K79G,Y80L,D46E,G42H,A61T,I62M
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMPR1A, ACVRLK3, ALK3 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36894
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.8M K Na phosphate, 25% ethylene glycol, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月4日
放射モノクロメーター: Varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→31.27 Å / Num. all: 21360 / Num. obs: 21360 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.23 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.32 % / Rmerge(I) obs: 0.564 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.564 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1REW

1rew


解像度: 2.5→31.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 13.961 / SU ML: 0.152 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.32 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26259 1097 5.1 %RANDOM
Rwork0.20388 ---
obs0.20682 20259 99.79 %-
all-21290 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å2-0.55 Å20 Å2
2---1.1 Å20 Å2
3---1.65 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2972 0 1 79 3052
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213067
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.9514195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7725378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.7224.93142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.57715478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4821512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2750.31435
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3340.52099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.5208
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3450.333
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3960.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7291.51951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.33823126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63431234
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.54.51069
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 79 -
Rwork0.313 1496 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.44260.21811.23861.1993-0.37698.6375-0.006-0.08720.22990.1244-0.0878-0.12370.07610.36170.0937-0.4398-0.05240.0044-0.1681-0.0064-0.168745.4132-54.3152-23.266
22.04450.41110.8161.94990.38487.8771-0.04880.42410.3019-0.2660.1719-0.14020.23070.2204-0.1231-0.3829-0.06680.0162-0.1775-0.0014-0.192436.4553-56.98-36.6947
39.2046-1.93612.95336.4524-0.13687.0362-0.33271.49261.0843-0.33420.230.195-0.50670.04830.1028-0.3194-0.10590.05570.28490.2624-0.068756.692-47.5659-46.4241
42.939-0.01260.34678.45332.83476.36390.0798-0.10740.31140.3120.03460.3527-0.1902-0.2032-0.1144-0.2704-0.11530.1047-0.2346-0.055-0.174824.4883-56.8206-12.6529
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA12 - 9214 - 94
2X-RAY DIFFRACTION1AA98 - 114100 - 116
3X-RAY DIFFRACTION2BB12 - 9214 - 94
4X-RAY DIFFRACTION2BB98 - 114100 - 116
5X-RAY DIFFRACTION3CC32 - 8838 - 94
6X-RAY DIFFRACTION3CC96 - 116102 - 122
7X-RAY DIFFRACTION4DD32 - 12138 - 127

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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