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- PDB-2qj6: Crystal structure analysis of a 14 repeat C-terminal fragment of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qj6
タイトルCrystal structure analysis of a 14 repeat C-terminal fragment of toxin TcdA in Clostridium difficile
要素Toxin A
キーワードTOXIN / Clostridial Repetitive Oligo Peptides
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis ...host cell cytosol / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / cysteine-type peptidase activity / host cell endosome membrane / toxin activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / lipid binding / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain ...Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain / CGT/MARTX, cysteine protease (CPD) domain superfamily / Peptidase C80 family / CGT/MARTX cysteine protease (CPD) domain profile. / TcdA/TcdB toxin, N-terminal helical domain / TcdB toxin N-terminal helical domain / TcdA/TcdB toxin, catalytic glycosyltransferase domain / TcdA/TcdB catalytic glycosyltransferase domain / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Albesa-Jove, D. / Bertrand, T. / Carpenter, L. / Lim, J. / Brown, K.A. / Fairweather, N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution and crystal structures of the cell binding domain of toxins TcdA and TcdB from Clostridium difficile
著者: Albesa-Jove, D. / Bertrand, T. / Carpenter, L. / Lim, J. / Martinez, E. / Zhang, J. / Dmitri, I. / Brown, K.A. / Fairweather, N.
履歴
登録2007年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin A
B: Toxin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4802
ポリマ－74,4802
非ポリマー00
水3,297183
1
A: Toxin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2401
ポリマ－37,2401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Toxin A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2401
ポリマ－37,2401
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.050, 199.680, 58.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 16:74 or resseq 76:97 or resseq 99:332 )
21chain A and (resseq 16:74 or resseq 76:97 or resseq 99:332 )
31chain A and (resseq 16:74 or resseq 76:97 or resseq 99:332 )
12chain B and (resseq 16:74 or resseq 76:97 or resseq 99:332 )
22chain B and (resseq 16:74 or resseq 76:97 or resseq 99:332 )
32chain B and (resseq 16:74 or resseq 76:97 or resseq 99:332 )

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLYSLYSAA16 - 7416 - 74
21TYRTYRTYRTYRAA76 - 9776 - 97
31ASNASNPROPROAA99 - 33299 - 332
12GLYGLYLYSLYSBB16 - 7416 - 74
22TYRTYRTYRTYRBB76 - 9776 - 97
32ASNASNPROPROBB99 - 33299 - 332

NCSアンサンブル:
ID詳細
1A
2B
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A and B).

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要素

#1: タンパク質 Toxin A


分子量: 37240.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: toxA, tcdA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16154
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.08 %
結晶化温度: 293 K
詳細: 0.2 M magnesium formate, 30 % (v/v) isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月31日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: pseudo-merohedral / Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.5
反射解像度: 2.5→56.3 Å / Num. obs: 29193 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.413 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.84
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / % possible all: 80.4

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å44.24 Å
Translation3.5 Å44.24 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PHASER1.3.1位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2G7C

2g7c


解像度: 2.5→56.335 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
詳細: The structure factor file contains twinned data with twinning operator= h,-k,-l and twinning fraction= 0.500.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2734 1308 4.48 %
Rwork0.2256 --
obs0.2277 29193 91.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.909 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 29.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.528 Å20 Å22.182 Å2
2--29.107 Å20 Å2
3----22.579 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→56.335 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5044 0 0 183 5227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9637034
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2241740
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074698
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003928
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 98 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.5580.352830.2815821665
2.558-2.6220.276650.25516751740
2.622-2.6930.2961050.24416581763
2.693-2.7720.236660.22517101776
2.772-2.8620.317840.23117921876
2.862-2.9640.237790.22217811860
2.964-3.0830.295730.21418931966
3.083-3.2230.241990.21118631962
3.223-3.3930.236800.219602040
3.393-3.6050.269970.20519722069
3.605-3.8840.276780.20519882066
3.884-4.2740.2661290.19719672096
4.274-4.8930.2371170.20719872104
4.893-6.1630.31620.25520262088
6.163-56.3490.315910.28520312122
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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