[日本語] English
万見
- PDB-2qij: Hepatitis B Capsid Protein with an N-terminal extension modelled ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qij
タイトルHepatitis B Capsid Protein with an N-terminal extension modelled into 8.9 A data.
要素Core antigen
キーワードVIRUS / VIRAL CAPSID PROTEIN / icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 8.9 Å
データ登録者Tan, W.S. / McNae, I.W. / Ho, K.L. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Crystallization and X-ray analysis of the T = 4 particle of hepatitis B capsid protein with an N-terminal extension.
著者: Tan, W.S. / McNae, I.W. / Ho, K.L. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2007年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: refine / Item: _refine.ls_percent_reflns_obs
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9854
ポリマ－70,9854
非ポリマー00
水00
1
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,259,102240
ポリマ－4,259,102240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 355 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)354,92520
ポリマ－354,92520
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 426 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,91024
ポリマ－425,91024
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
C: Core antigen
D: Core antigen
B: Core antigen
A: Core antigen
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.26 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,259,102240
ポリマ－4,259,102240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)352.318, 465.522, 645.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.50549993, -0.82901251, -0.23918209), (0.77376709, 0.31290036, 0.55079748), (-0.38177785, -0.46349931, 0.7996337)-21.76898, 51.66872, -18.37305
3generate(-0.294618, -0.56760335, -0.76878259), (0.42296893, -0.79885022, 0.42770973), (-0.85691162, -0.19916016, 0.47543423)-71.21271, 40.87194, -48.70226
4generate(-0.294618, 0.42296892, -0.85691162), (-0.56760335, -0.79885022, -0.19916016), (-0.76878259, 0.42770974, 0.47543423)-80.00164, -17.46956, -49.0737
5generate(0.50549992, 0.77376708, -0.38177785), (-0.82901252, 0.31290036, -0.46349931), (-0.23918209, 0.55079748, 0.79963371)-35.98976, -42.72981, -18.97404
6generate(-0.83951886, -0.31557025, -0.44229346), (-0.31557025, -0.37946241, 0.86972622), (-0.44229347, 0.86972622, 0.21898126)56.29426, 214.49909, -132.6164
7generate(-0.49969675, 0.80223231, -0.32669019), (-0.78517847, -0.26023974, 0.56193421), (0.36578401, 0.5373068, 0.75993649)66.39089, 185.78288, -82.07383
8generate(0.49286736, 0.81669431, 0.30015356), (-0.81280664, 0.30903755, 0.49380276), (0.31052719, -0.48734607, 0.81612908)124.72139, 179.10471, -76.23697
9generate(0.76648361, -0.29217024, 0.57196103), (-0.36027357, 0.54164759, 0.75948722), (-0.53170088, -0.78819695, 0.30990278)150.67499, 203.69359, -123.17216
10generate(-0.05697636, -0.99194822, 0.11310353), (-0.05296458, 0.11613122, 0.9918207), (-0.99696964, 0.05051985, -0.05915486)108.38469, 225.56853, -158.01656
11generate(-0.38181678, 0.84358927, -0.3775885), (0.84358928, 0.15118438, -0.51526733), (-0.37758851, -0.51526733, -0.7693676)44.54923, -205.13853, -385.37476
12generate(0.60388819, 0.75550228, 0.25403809), (0.74013347, -0.41321437, -0.53052459), (-0.29584035, 0.50839962, -0.8087078)103.38562, -206.22407, -389.64262
13generate(0.79286212, -0.38198041, 0.47482694), (0.25694827, -0.49697705, -0.82884944), (0.55258234, 0.77916929, -0.29588507)124.60797, -233.93893, -342.0757
14generate(-0.07605053, -0.99689639, -0.02034464), (0.0617792, 0.01565352, -0.99796708), (0.99518825, -0.0771528, 0.06039701)78.88772, -249.98211, -308.40986
15generate(-0.80204202, -0.23945267, -0.54716636), (0.42434329, 0.41623931, -0.80416268), (0.42031105, -0.87715862, -0.23223129)29.40869, -232.18248, -335.17015
16generate(0.22133564, -0.52801902, 0.81988197), (-0.52801903, -0.77172197, -0.35445889), (0.81988197, -0.35445889, -0.44961366)254.0787, -56.88749, -415.12444
17generate(-0.60969137, -0.72872208, 0.31183419), (-0.72872209, 0.36055375, -0.58220711), (0.31183419, -0.58220711, -0.75086239)206.91465, -78.75445, -443.0261
18generate(-0.99111149, 0.13288945, -0.00619791), (0.13288944, 0.98678972, -0.09266305), (-0.00619791, -0.09266306, -0.99567823)176.80552, -33.56465, -466.10068
19generate(-0.39581508, 0.86609771, 0.30529523), (0.86609771, 0.24154911, 0.43764002), (0.30529523, 0.43764001, -0.84573402)205.36111, 16.23115, -452.45989
20generate(0.35351845, 0.45763381, 0.81584067), (0.45763382, -0.84527089, 0.27584129), (0.81584067, 0.27584129, -0.50824756)253.11856, 1.81684, -420.95485
21generate(0.81330204, -0.40820208, -0.41462135), (0.18749056, -0.49072689, 0.85090212), (-0.55080586, -0.76977801, -0.32257515)-85.00675, 164.14895, -268.80187
22generate(0.25356403, -0.60978743, -0.75090916), (-0.60978743, -0.70337318, 0.36527449), (-0.75090916, 0.3652745, -0.55019085)-116.18492, 119.07858, -290.65815
23generate(-0.05697636, -0.05296458, -0.99696963), (-0.99194823, 0.11613122, 0.05051985), (0.11310353, 0.99182069, -0.05915486)-139.4152, 89.29943, -245.32967
24generate(0.31083712, 0.49275621, -0.81275555), (-0.43085861, 0.83525908, 0.3416184), (0.84719605, 0.24399504, 0.47193779)-122.59413, 115.96528, -195.45886
25generate(0.84869875, 0.27320737, -0.45284452), (0.29807465, 0.46020014, 0.83628185), (0.43687748, -0.84473283, 0.30913509)-88.96785, 162.22483, -209.96547
26generate(-0.37058165, -0.46236364, -0.80553653), (-0.3788915, 0.86709785, -0.32339227), (0.84800382, 0.1853677, -0.4965162)-71.7959, -43.40045, -422.14701
27generate(-0.23755476, 0.5359087, -0.8101664), (0.60286616, 0.73531311, 0.30962401), (0.76165618, -0.41486925, -0.49775835)-72.8183, 15.59117, -421.90695
28generate(0.60388819, 0.74013346, -0.29584035), (0.75550229, -0.41321437, 0.50839962), (0.25403809, -0.53052459, -0.8087078)-25.07203, 34.77134, -450.77786
29generate(0.99090164, -0.13192104, 0.0266605), (-0.13192104, -0.99125865, -0.00176658), (0.0266605, -0.00176658, -0.99964298)5.45918, -12.36628, -468.86111
30generate(0.38864616, -0.87510512, -0.28834907), (-0.83301496, -0.19998219, -0.51584224), (0.39375151, 0.44067919, -0.80669796)-23.41776, -60.6791, -451.16627
31generate(-0.498331, 0.83801993, 0.22223592), (-0.80684984, -0.35446728, -0.47259527), (-0.31726889, -0.41481989, 0.85279828)194.74781, -54.74769, -11.11639
32generate(0.3116812, 0.57233318, 0.75847845), (-0.50171125, 0.77702326, -0.38015876), (-0.80693287, -0.26204883, 0.52932953)244.81223, -46.81525, -41.31149
33generate(0.31083713, -0.4308586, 0.84719605), (0.49275622, 0.83525908, 0.24399504), (-0.81275556, 0.3416184, 0.47193778)253.66341, 11.23896, -47.01051
34generate(-0.49969674, -0.78517846, 0.36578401), (0.80223232, -0.26023974, 0.5373068), (-0.32669019, 0.56193421, 0.75993649)209.06932, 39.186, -20.3376
35generate(-0.99979015, -0.0009684, -0.02046259), (-0.0009684, -0.99553107, 0.09442963), (-0.02046259, 0.09442964, 0.99532122)172.65747, -1.596, 1.84618
36generate(0.05561062, 0.03254579, 0.99792195), (0.99825078, -0.02190368, -0.05491458), (0.02007092, 0.9992302, -0.03370694)316.97702, -113.52773, -231.05034
37generate(-0.32769047, -0.49845445, 0.8025971), (0.50863252, -0.80896319, -0.29473975), (0.79618586, 0.31164358, 0.51861967)299.11317, -135.38142, -179.23901
38generate(-0.85774895, -0.25631028, 0.44561393), (-0.25631028, -0.53817593, -0.80291451), (0.44561394, -0.80291451, 0.39592488)265.74599, -182.83666, -189.99756
39generate(-0.80204202, 0.42434329, 0.42031105), (-0.23945267, 0.41623931, -0.87715862), (-0.54716636, -0.80416267, -0.23223129)262.9878, -190.31192, -248.45804
40generate(-0.23755476, 0.60286615, 0.76165618), (0.53590871, 0.73531311, -0.41486924), (-0.8101664, 0.30962401, -0.49775835)294.65032, -147.47665, -273.83005
41generate(0.81330203, 0.18749055, -0.55080586), (-0.40820208, -0.49072689, -0.76977801), (-0.41462135, 0.85090212, -0.32257514)-109.69786, -161.06539, -261.62911
42generate(0.76648361, -0.36027357, -0.53170088), (-0.29217025, 0.54164759, -0.78819695), (0.57196103, 0.75948722, 0.30990279)-107.59523, -163.39131, -202.71151
43generate(0.3116812, -0.50171124, -0.80693287), (0.57233318, 0.77702326, -0.26204883), (0.75847846, -0.38015876, 0.52932953)-133.12671, -114.56325, -181.61464
44generate(0.07741627, -0.04136041, -0.99614057), (0.99059384, -0.10988106, 0.08154753), (-0.11282982, -0.99308382, 0.03246479)-151.00865, -82.05992, -227.49365
45generate(0.387435, 0.38458972, -0.83784537), (0.38458973, -0.89339374, -0.23224636), (-0.83784537, -0.23224635, -0.49404126)-136.52883, -110.79983, -276.94531
46generate(-0.498331, -0.80684984, -0.31726889), (0.83801993, -0.35446728, -0.41481989), (0.22223593, -0.47259526, 0.85279828)49.34882, -187.22011, -59.67342
47generate(-0.7550939, 0.30771295, -0.57891791), (0.30771295, -0.61337322, -0.72738301), (-0.57891791, -0.72738301, 0.36846712)24.33727, -216.15631, -104.59816
48generate(0.07741627, 0.99059383, -0.11282982), (-0.04136041, -0.10988106, -0.99308382), (-0.99614057, 0.08154754, 0.03246479)67.31051, -241.18288, -136.34853
49generate(0.84869875, 0.29807465, 0.43687748), (0.27320737, 0.46020014, -0.84473283), (-0.45284453, 0.83628185, 0.3091351)118.88098, -227.71394, -111.04659
50generate(0.49286737, -0.81280663, 0.31052719), (0.81669432, 0.30903754, -0.48734607), (0.30015356, 0.49380276, 0.81612908)107.78005, -194.36312, -63.65876
51generate(0.05561062, 0.99825077, 0.02007093), (0.03254579, -0.02190368, 0.99923021), (0.99792196, -0.05491459, -0.03370694)100.33926, 218.06953, -330.34066
52generate(0.79286212, 0.25694827, 0.55258234), (-0.38198041, -0.49697705, 0.77916929), (0.47482694, -0.82884944, -0.29588507)150.33825, 197.87041, -354.28246
53generate(0.38864616, -0.83301495, 0.39375151), (-0.87510513, -0.19998218, 0.44067919), (-0.28834907, -0.51584224, -0.80669796)136.20202, 166.19185, -402.00824
54generate(-0.59842455, -0.76534676, -0.23692276), (-0.76534676, 0.4586441, 0.45154172), (-0.23692276, 0.45154172, -0.86021955)77.46635, 166.81255, -407.56259
55generate(-0.80425184, 0.3664377, -0.46787006), (-0.20438765, 0.56870267, 0.79674523), (0.55803645, 0.73641067, -0.38248483)55.30195, 198.87472, -363.26958
56generate(-0.37058165, -0.37889149, 0.84800382), (-0.46236365, 0.86709785, 0.1853677), (-0.80553653, -0.32339227, -0.4965162)314.93197, 82.68904, -281.47242
57generate(-0.80425183, -0.20438764, 0.55803645), (0.36643771, 0.56870267, 0.73641067), (-0.46787007, 0.79674523, -0.38248483)287.8419, 134.1503, -271.52346
58generate(-0.77774363, 0.34413236, 0.52601118), (0.34413236, -0.46716001, 0.81445346), (0.52601118, 0.81445346, 0.24490364)284.53636, 142.02736, -213.14419
59generate(-0.32769047, 0.50863252, 0.79618585), (-0.49845445, -0.80896319, 0.31164358), (0.80259711, -0.29473975, 0.51861967)309.58349, 95.43439, -187.01277
60generate(-0.07605053, 0.06177921, 0.99518824), (-0.99689639, 0.01565352, -0.0771528), (-0.02034464, -0.99796708, 0.06039701)328.36901, 58.7613, -229.24194

-
要素

#1: タンパク質
Core antigen


分子量: 17746.258 Da / 分子数: 4 / 断片: Hepatitis B Capsid Protein / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis B virus subtype adyw (ウイルス)
属: Orthohepadnavirus / 生物種: Hepatitis B virus / 株: subtype adyw / 遺伝子: C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03147
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 84 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 11-14% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 8.9→60.41 Å / Num. all: 81623 / Num. obs: 81623 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 8.9→9.38 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QGT

1qgt


解像度: 8.9→60.41 Å / Num. reflection obs: 81623
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 8.9→60.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4625 0 0 0 4625

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る