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万見
- PDB-2qi2: Crystal structure of the Thermoplasma acidophilum Pelota protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qi2
タイトルCrystal structure of the Thermoplasma acidophilum Pelota protein
要素Cell division protein pelota related protein
キーワードCELL CYCLE / Pelota / Dom34
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA surveillance / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / ribosome disassembly / nonfunctional rRNA decay / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation release factor pelota, archaea / Pelota, domain A / eRF1 domain 2 / Translation release factor pelota / Pelota/DOM34, N-terminal domain / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 ...Translation release factor pelota, archaea / Pelota, domain A / eRF1 domain 2 / Translation release factor pelota / Pelota/DOM34, N-terminal domain / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / 50S ribosomal protein L30e-like / SH3 type barrels. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein pelota homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lee, H.H. / Kim, Y.S. / Kim, K.H. / Heo, I.H. / Kim, S.K. / Kim, O. / Suh, S.W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural and functional insights into dom34, a key component of no-go mRNA decay
著者: Lee, H.H. / Kim, Y.S. / Kim, K.H. / Heo, I. / Kim, S.K. / Kim, O. / Kim, H.K. / Yoon, J.Y. / Kim, H.S. / Kim, D.J. / Lee, S.J. / Yoon, H.J. / Kim, S.J. / Lee, B.G. / Song, H.K. / Kim, V.N. / ...著者: Lee, H.H. / Kim, Y.S. / Kim, K.H. / Heo, I. / Kim, S.K. / Kim, O. / Kim, H.K. / Yoon, J.Y. / Kim, H.S. / Kim, D.J. / Lee, S.J. / Yoon, H.J. / Kim, S.J. / Lee, B.G. / Song, H.K. / Kim, V.N. / Park, C.M. / Suh, S.W.
履歴
登録2007年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein pelota related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5261
ポリマ－39,5261
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.064, 98.064, 150.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein pelota related protein / pelota


分子量: 39526.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9HJ74
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
14.5673.05
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2971蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.4100mM tri-sodium citrate (pH5.6), '1.0M mono-ammonium dihydrogen phosphate, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
2972蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.4100mM tri-sodium citrate (pH5.6), '1.0M mono-ammonium dihydrogen phosphate, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A11
シンクロトロンPhoton Factory BL-5A20.97945, 0.97965, 0.97178
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年11月19日mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2005年11月19日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GraphitesSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GraphitesMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.979451
30.979651
40.971781
反射解像度: 2.9→15 Å / Num. all: 15309 / Num. obs: 15309 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 0.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.9→3.04 Å / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 15309 / Rsym value: 0.465 / % possible all: 90.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→14.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 136076.55 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1474 9.6 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 15309 91.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.6944 Å2 / ksol: 0.30367 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 70.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.43 Å20 Å20 Å2
2--8.43 Å20 Å2
3----16.87 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2495 0 0 17 2512
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 194 9.4 %
Rwork0.35 1870 -
obs--76.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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