PDB-2qi0: Crystal structure of protease inhibitor, MIT-1-KK80 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qi0

タイトル

Crystal structure of protease inhibitor, MIT-1-KK80 in complex with wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
著者: Altman, M.D. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Chellappan, S. / Kairys, V. / Fernandes, M.X. / Gilson, M.K. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M. / Tidor, B.

履歴

登録	2007年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qi0.cif.gz	56.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qi0.ent.gz	41.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qi0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qi0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2qhyC 2qhzC 2qi1C 2qi3C 2qi4C 2qi5C 2qi6C 2qi7C 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o9h-d 2fxd-d 3th9-d 3bgc-d 3ekv-d 1hpo-d 3o9a-d 5ahb-d 3sac-d 4obf-2 6uwc-d 2a4f-d 1tsq-d 3o9d-d 2psv-d 2qi7-d 3qbf-d 3r4b-d 2nxl-d 4m8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.975, 58.242, 61.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MZ3 / N-[(1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-{[(3-METHOXYPHENYL)SULFONYL](2-THIENYLMETHYL)AMINO}PROPYL]-3-FLUORO-2-METHYLBENZAMIDE 分子量: 582.706 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₃₁FN₂O₅S₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM Sodium Phosphate, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月23日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 11126 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 5.1 / Net I/σ(I): 10.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 2.1→42.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 10.534 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2302	530	4.8 %	RANDOM
R_work	0.17034	-	-	-
all	0.17307	-	-	-
obs	0.17307	10563	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.983 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.71 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1490	0	45	104	1639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.267	2.015	2192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.65	3	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.855	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.691	25.088	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.17	15	265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.139	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.174	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.718	1.5	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.178	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.018	2	1629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.626	3	656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.534	4.5	563
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	44	-
R_work	0.198	757	-
obs	-	-	97.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4839	-2.1276	1.4003	7.845	2.0368	2.1756	-0.1746	-0.5137	0.064	0.1606	0.1507	0.0734	-0.0874	-0.1066	0.0238	-0.0311	0.0805	0.0575	-0.072	0.0057	-0.2139	21.1938	26.0301	29.2747
2	5.3746	-4.0352	0.0929	4.5904	0.3267	5.4845	-0.1279	-0.0419	-0.6142	0.1561	0.1124	0.5036	0.1689	-0.1975	0.0155	-0.1345	-0.0399	0.0468	-0.1495	0.0263	-0.0751	19.7771	17.9196	23.0886
3	5.5636	3.0858	2.7868	5.5121	0.991	2.4279	-0.0278	0.0798	0.0557	0.0852	0.0354	-0.0114	-0.2028	-0.0948	-0.0075	-0.0741	0.0296	-0.0275	-0.0977	-0.0022	-0.1641	27.8377	28.5559	19.0029
4	5.8334	-0.4817	3.8336	10.3274	-0.9461	2.6071	0.2713	-0.0077	-0.2348	-0.0786	0.1137	0.1752	-0.0738	0.0942	-0.3849	-0.1498	0.0227	0.0123	-0.1047	0.0117	-0.0872	12.8054	26.9345	18.5436
5	20.2636	8.1771	-0.4286	9.9497	-0.4206	12.1552	-0.113	0.0947	-0.7306	0.2519	-0.2215	-1.3522	-0.1927	0.8773	0.3345	-0.0858	0.0214	-0.1528	-0.2023	0.1001	0.0291	39.1503	30.6171	23.9843
6	16.2138	-3.2108	3.1347	17.5897	-0.673	13.6286	0.6653	-0.463	-0.8262	0.0394	-0.1475	2.3634	0.2751	-1.2321	-0.5177	-0.1832	-0.0466	0.0729	-0.0631	0.0284	0.3183	1.7258	21.5883	18.4184
7	10.4736	2.9056	1.4706	2.1394	3.715	8.4085	0.1421	-0.187	0.1554	-0.2615	0.1267	-0.311	-0.4226	0.4697	-0.2688	-0.0878	-0.0112	0.027	-0.112	0.1123	-0.0833	39.6951	31.3606	10.5371
8	14.2758	-7.4799	-0.988	14.7253	4.4729	2.5506	0.3851	0.3523	-0.2549	-0.2981	-0.1765	0.5277	0.1229	-0.5316	-0.2086	-0.1295	-0.0406	-0.0166	-0.0449	0.1438	-0.1682	0.527	34.2207	13.5028
9	21.1352	-4.7088	-4.5484	3.6326	-0.014	4.3088	-0.0267	0.2181	-0.3378	-0.2266	-0.1429	0.1997	-0.1362	-0.0813	0.1696	-0.0729	0.0114	-0.003	-0.1293	0.0029	-0.1838	27.2898	31.0215	4.7961
10	19.3558	-5.7083	-6.0293	5.8522	-1.2479	7.3489	0.202	0.2168	-0.1753	-0.4454	0.0649	0.2532	0.3003	-0.2761	-0.2669	-0.1098	-0.0161	-0.0214	-0.1341	0.0053	-0.1531	12.9033	39.3438	11.2672
11	0.4716	0.3733	-1.001	9.4514	-4.1015	15.4546	0.0418	0.0732	0.231	0.0981	0.1713	0.6927	-0.6444	-0.3312	-0.2131	-0.1221	0.0025	-0.0235	-0.0983	0.0365	-0.0743	29.5409	33.0796	14.7828
12	7.9477	-5.7431	8.1291	13.9648	-8.2616	8.8953	0.3178	0.5939	-0.3203	-0.4237	-0.0107	0.304	0.451	0.1314	-0.307	-0.1204	0.0403	-0.0427	-0.0404	0.0286	-0.1119	10.4827	29.3736	12.6012
13	2.4795	-1.9873	-1.363	3.2386	2.1277	1.4005	-0.2374	0.2271	-0.0198	0.0866	0.0436	-0.0756	-0.0382	0.0885	0.1939	-0.055	-0.0271	-0.0118	-0.0715	0.0074	-0.0893	29.0957	19.8577	19.6783
14	17.3545	-1.3997	-11.5957	9.4617	-2.8966	9.3183	-0.5942	-0.9874	-0.2217	-0.0359	0.4942	0.5351	0.0116	-0.1048	0.1	-0.0245	0.0742	0.0378	-0.059	0.0603	-0.0879	11.9023	28.8811	26.9824
15	1.2524	-0.9079	-0.9886	9.5754	-16.5381	34.1683	0.0193	0.544	-0.6695	-0.538	-0.6925	-0.4098	0.7383	1.2726	0.6732	-0.1675	0.0803	0.0867	-0.0436	0.0525	-0.0016	39.2197	23.4097	10.5938
16	19.5395	8.3415	-6.8304	22.4035	-16.4343	16.2613	0.4949	0.0312	0.5697	1.3341	0.7398	1.0596	-1.476	-0.4541	-1.2347	-0.1782	0.0789	0.0491	-0.1315	0.0737	-0.0504	1.5128	36.5691	21.051
17	40.0083	-1.8047	-18.0078	3.4379	-2.639	40.275	0.1161	0.2129	0.9522	0.6563	0.2681	-0.304	0.1884	-0.1126	-0.3842	-0.1694	-0.0291	-0.1407	-0.2273	-0.0726	-0.0377	37.3233	24.4674	23.9425
18	37.6334	-31.4438	1.4642	48.9192	-0.3293	17.6381	-0.228	0.8988	0.2863	0.3187	-0.3544	-0.7785	0.9718	-0.0211	0.5824	-0.0944	0.0572	0.1051	-0.1371	0.0923	-0.0423	3.3945	23.536	24.3186
19	3.2056	-0.1244	3.9454	5.5009	-6.0043	11.0852	0.088	0.2651	-0.1951	0.0893	0.0136	-0.3197	-0.147	0.0999	-0.1016	-0.1421	0.0363	0.008	-0.0856	-0.0012	-0.0661	36.0585	22.0982	17.5351
20	4.0728	1.4058	-3.3376	10.1821	-11.1883	14.3712	-0.1047	-0.3819	-0.2394	-0.2873	0.5919	0.7772	0.2981	-0.318	-0.4872	-0.1498	0.0664	0.0207	-0.0822	0.0914	0.0198	4.3827	29.7489	24.8528
21	15.281	-17.6273	-5.3304	32.3443	-0.0019	13.5488	0.4191	-0.6304	0.0553	-0.2443	0.0269	-0.6747	-0.7952	0.8249	-0.4461	0.0259	-0.0122	-0.0122	0.0596	0.0196	-0.0088	19.6466	30.8445	14.2352

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	B	200

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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