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- PDB-2qhr: Crystal structure of the 13F6-1-2 Fab fragment bound to its Ebola... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qhr
タイトルCrystal structure of the 13F6-1-2 Fab fragment bound to its Ebola virus glycoprotein peptide epitope.
要素
  • 13F6-1-2 Fab fragment V lambda x light chain
  • 13F6-1-2 Fab fragment heavy chain
  • Envelope glycoprotein peptide
キーワードImmune system/viral protein / immunologlobulin fold / antibody-peptide complex / Immune system-viral protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging of heme from plasma / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / CD22 mediated BCR regulation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated MAPK activation / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade ...Scavenging of heme from plasma / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / CD22 mediated BCR regulation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated MAPK activation / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated NF-kB activation / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig lambda-2 chain C region / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, J.E. / Kuehne, A. / Abelson, D.M. / Fusco, M.L. / Hart, M.K. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Complex of a protective antibody with its Ebola virus GP peptide epitope: unusual features of a V lambda x light chain.
著者: Lee, J.E. / Kuehne, A. / Abelson, D.M. / Fusco, M.L. / Hart, M.K. / Saphire, E.O.
履歴
登録2007年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.version
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999sequence The sequences of 13F6-1-2 Fab fragment heavy chain and light chain did not exist in UNP ...sequence The sequences of 13F6-1-2 Fab fragment heavy chain and light chain did not exist in UNP database at the time of processing. The synthetic Envelope glycoprotein peptide naturally exists in Zaire Ebolavirus as residues 404-414.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 13F6-1-2 Fab fragment heavy chain
L: 13F6-1-2 Fab fragment V lambda x light chain
P: Envelope glycoprotein peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0343
ポリマ－49,0343
非ポリマー00
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.240, 70.300, 142.120
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 13F6-1-2 Fab fragment heavy chain


分子量: 23993.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 13F6-1-2 Fab fragment V lambda x light chain


分子量: 23629.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01844
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein peptide


分子量: 1410.452 Da / 分子数: 1 / Fragment: Envelope glycoprotein peptide, residues 404-414 / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence of the peptide occurs in Ebolavirus (Zaire subtype) Envelope Glycoprotein as residues 404-414.
参照: UniProt: P87671*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 %
結晶化温度: 295 K
詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 0.04M potassium phosphate, 20% (v/v) glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月5日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.29 Å / Num. obs: 86917 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.02 % / Biso Wilson estimate: 35.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.51 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 99.7

-
位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.433 / Packing: 0.412
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral99.1 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
CNS精密化
d*TREK9.4DDzデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
d*TREKデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YEC

1yec


解像度: 2→46.29 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 4412 5.08 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs-86917 97.4 %-
溶媒の処理Bsol: 61.7 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.205 Å20 Å20 Å2
2--15.006 Å20 Å2
3---15.585 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→46.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3426 0 0 233 3659
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.195
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0746-0.1619-0.83820.58010.20921.2728-0.0699-0.06270.0928-0.01830.00750.0014-0.04770.09790.06240.06990.0079-0.01260.15440.00280.135379.948-13.40572.3127
21.3025-0.28360.3243.3845-1.47331.42340.1567-0.016-0.15020.0909-0.3109-0.20190.00130.05020.15420.17430.0161-0.00470.0591-0.00710.086372.4531-18.8433106.2096
30.84690.3612-0.21341.5867-0.52.0273-0.08580.0499-0.17090.00120.108-0.02010.1044-0.1199-0.02220.0876-0.01640.0090.10460.00020.100675.933-34.001868.891
40.6978-0.5503-0.17182.27220.54111.22650.111-0.00460.047-0.0807-0.18320.3413-0.0055-0.03810.07210.14530.01870.00580.0677-0.02210.142860.5498-29.276104.8207
57.70154.33562.26825.55591.0852.4687-0.27280.85550.1981-0.24430.55160.0212-0.02150.2536-0.27880.1388-0.04590.05370.27560.0320.067883.9361-19.050654.3121
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2H114 - 212
3X-RAY DIFFRACTION3L2 - 110
4X-RAY DIFFRACTION4L111 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5P404 - 414

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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