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- PDB-2qg6: Crystal structure of human nicotinamide riboside kinase (NRK1) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qg6
タイトルCrystal structure of human nicotinamide riboside kinase (NRK1) in complex with nicotinamide mononucleotide (NMN)
要素Nicotinamide riboside kinase 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / TRANSFERASE / NRK / nicotinamide riboside kinase / NAD+ / nucleoside monophosphate (NMP) kinase / nicotinamide mononucleotide / ADP / tiazofurin
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate riboside kinase / ribosylnicotinate kinase activity / ribosylnicotinamide kinase / ribosylnicotinamide kinase activity / Nicotinate metabolism / NAD metabolic process / NAD biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding ...nicotinate riboside kinase / ribosylnicotinate kinase activity / ribosylnicotinamide kinase / ribosylnicotinamide kinase activity / Nicotinate metabolism / NAD metabolic process / NAD biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Nicotinamide riboside kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Khan, J.A. / Xiang, S. / Tong, L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of human nicotinamide riboside kinase
著者: Khan, J.A. / Xiang, S. / Tong, L.
履歴
登録2007年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide riboside kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9753
ポリマ－23,5451
非ポリマー4302
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.725, 141.526, 62.091
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Nicotinamide riboside kinase 1 / E.C.2.7.1.- / NRK1


分子量: 23544.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRK1, C9orf95 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta
参照: UniProt: Q9NWW6, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / ニコチンアミドモノヌクレオチド


分子量: 335.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H16N2O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 28% (w/v) PEG 3350, 200 mM NH4Cl, 5 mM DTT, 5 mM Na2HPO, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月30日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 75133 / Num. obs: 74763 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.77 / Num. unique all: 7396 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→30 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 5386 7.2 %
Rwork0.191 --
all0.191 71557 -
obs0.206 71557 95.9 %
溶媒の処理Bsol: 52.753 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 19.163 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.563 Å20 Å20 Å2
2--2.032 Å20 Å2
3---0.531 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1502 0 27 323 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.259
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1721.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1462
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.9192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.1972.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5nmnparameter.txtnmntopo.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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