[日本語] English
万見
- PDB-2qfi: Structure of the zinc transporter YiiP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qfi
タイトルStructure of the zinc transporter YiiP
要素Ferrous-iron efflux pump fieF
キーワードTRANSPORT PROTEIN / zinc transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


zinc efflux antiporter activity / zinc:proton antiporter activity / cadmium ion transmembrane transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / iron ion transmembrane transport / intracellular zinc ion homeostasis / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding ...zinc efflux antiporter activity / zinc:proton antiporter activity / cadmium ion transmembrane transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transport / iron ion transmembrane transport / intracellular zinc ion homeostasis / intracellular iron ion homeostasis / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation efflux pump FieF / Alpha-lytic protease prodomain-like / Cation efflux protein transmembrane domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily ...Cation efflux pump FieF / Alpha-lytic protease prodomain-like / Cation efflux protein transmembrane domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation-efflux pump FieF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Lu, M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structure of the zinc transporter YiiP.
著者: Lu, M. / Fu, D.
履歴
登録2007年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferrous-iron efflux pump fieF
B: Ferrous-iron efflux pump fieF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3729
ポリマ－65,9142
非ポリマー4587
水00
1
A: Ferrous-iron efflux pump fieF
ヘテロ分子

A: Ferrous-iron efflux pump fieF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,43810
ポリマ－65,9142
非ポリマー5238
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area4270 Å2
ΔGint-254 kcal/mol
Surface area30280 Å2
手法PISA, PQS
2
B: Ferrous-iron efflux pump fieF
ヘテロ分子

B: Ferrous-iron efflux pump fieF
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3078
ポリマ－65,9142
非ポリマー3926
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3960 Å2
ΔGint-180 kcal/mol
Surface area30290 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)106.660, 110.839, 130.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 5 - 290 / Label seq-ID: 5 - 290

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Ferrous-iron efflux pump fieF


分子量: 32957.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fieF / プラスミド: pET15b / 細胞株 (発現宿主): BL21/DE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69380
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.856 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.998 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→30 Å / Num. all: 16000 / Num. obs: 15534 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 100 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 3.8→4 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.429 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 1000 / Rsym value: 0.429 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.8→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 71.277 / SU ML: 0.628 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.703
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32934 775 5.1 %RANDOM
Rwork0.32223 ---
obs0.32259 14484 100 %-
all-16000 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 116.019 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.48 Å20 Å20 Å2
2--3.47 Å20 Å2
3----13.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4410 0 7 0 4417
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0224504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8341.9536138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.7215570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.90322.889180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg26.53215734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4241532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2140.2730
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023338
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3840.23740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3470.23000
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3290.2278
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2650.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4480.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3980.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.4450.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7941.52976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.23624576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.64331839
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9244.51562
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2205 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.070.05
tight thermal0.110.5
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.889 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 50 -
Rwork0.401 983 -
obs-1000 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3839-0.3291-0.65890.29820.75791.9327-0.27430.16530.132-0.07640.10910.46520.30170.48530.1652-0.14140.08540.04050.55830.1535-0.005730.1657-5.219152.5748
20.197-1.59140.685813.9874-3.62255.6410.1707-0.09530.3991.34410.23751.18423.6846-0.5348-0.40813.2421-0.476-0.05370.67050.03620.0263-4.2208-38.623845.7779
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 2905 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2BB5 - 2905 - 290

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る