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- PDB-2qfe: Distal C2-Like Domain of Human Calpain-7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qfe
タイトルDistal C2-Like Domain of Human Calpain-7
要素Calpain-7
キーワードHYDROLASE / C2-Like Domain / Nuclear protein / Protease / Thiol Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


MIT domain binding / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / self proteolysis / positive regulation of epithelial cell migration / Degradation of the extracellular matrix / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / centrosome / proteolysis ...MIT domain binding / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / self proteolysis / positive regulation of epithelial cell migration / Degradation of the extracellular matrix / endopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / centrosome / proteolysis / extracellular exosome / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Jelly Rolls - #380 / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease ...: / Peptidase C2, calpain, domain III / calpain_III / Jelly Rolls - #380 / Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain family / Calpain large subunit, domain III superfamily / Calpain large subunit, domain III / Peptidase C2, calpain, catalytic domain / Calpain family cysteine protease / Cysteine proteinase, calpain-type, catalytic domain profile. / Calpain-like thiol protease family. / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Calpain-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Walker, J.R. / Cuerrier, D. / Ravulapalli, R. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the C2 Domain of Human Calpain-7
著者: Walker, J.R. / Cuerrier, D. / Ravulapalli, R. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2007年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calpain-7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,89519
ポリマ－16,4571
非ポリマー1,43818
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.513, 57.513, 88.676
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4-

BR

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要素

#1: タンパク質 Calpain-7 / PalB homolog / PalBH


分子量: 16456.615 Da / 分子数: 1 / 断片: Distal C2-Like Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CAPN7, PALBH / プラスミド: PET28A-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9Y6W3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The crystals were grown in 1.4 M NaKPO4 pH 7.0, by mixing equal volumes of the precipitant solution and 13 mg/mL protein in binding buffer (500 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8.0). The crystal was ...詳細: The crystals were grown in 1.4 M NaKPO4 pH 7.0, by mixing equal volumes of the precipitant solution and 13 mg/mL protein in binding buffer (500 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8.0). The crystal was soaked for 1 hour in a solution containing 2 M NaBr., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月5日
放射モノクロメーター: Horizontal bent Si(111), asymmetrically cut with water cooled Cu Block
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. obs: 27159 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.2 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 56.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 5059 / Rsym value: 0.524 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→29.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.019 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21541 1335 4.9 %RANDOM
Rwork0.1871 ---
obs0.18848 25719 99.88 %-
all-27054 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1110 0 18 186 1314
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221147
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6771.961560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3845146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.28723.67349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38415183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.965155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02903
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2542
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.2796
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2134
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2611.5726
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9921160
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4893468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6794.5400
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 87 -
Rwork0.195 1861 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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