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- PDB-2qe3: Crystal structure of human tl1a extracellular domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qe3
タイトルCrystal structure of human tl1a extracellular domain
要素TNF superfamily ligand TL1A
キーワードCYTOKINE / TL1A / TNFSF
機能・相同性
機能・相同性情報


TNFs bind their physiological receptors / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / tumor necrosis factor receptor binding / cytokine activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / immune response / signaling receptor binding / signal transduction / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15 / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 15
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhan, C. / Yan, Q. / Patskovsky, Y. / Shi, W. / Toro, R. / Bonanno, J. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Biochemical and structural characterization of the human TL1A ectodomain.
著者: Zhan, C. / Yan, Q. / Patskovsky, Y. / Li, Z. / Toro, R. / Meyer, A. / Cheng, H. / Brenowitz, M. / Nathenson, S.G. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF superfamily ligand TL1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9452
ポリマ－20,9101
非ポリマー351
水1,06359
1
A: TNF superfamily ligand TL1A
ヘテロ分子

A: TNF superfamily ligand TL1A
ヘテロ分子

A: TNF superfamily ligand TL1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8366
ポリマ－62,7293
非ポリマー1063
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area7040 Å2
ΔGint-122 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)120.404, 120.404, 120.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-701-

CL

詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 TNF superfamily ligand TL1A / Tumor necrosis factor Ligand / superfamily / member 15


分子量: 20909.748 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, residues 72-251 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFSF15 / プラスミド: PET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: Q8NFE9, UniProt: O95150*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.7 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8.5
詳細: 10 MM CACL2, 100 MM TRIS, PH 8.50, 20% METHONAL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0809
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 10856 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.1 % / Biso Wilson estimate: 54.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.96 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2TNF

2tnf


解像度: 2.5→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 9.456 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The extra density near residue ILE 145 at the three fold axis is not modelled.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26336 323 3 %RANDOM
Rwork0.20929 ---
obs0.21085 10462 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.137 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1121 0 1 59 1181
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0221173
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3551.9611596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.0625145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53824.15153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.23415199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.171155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2440.3594
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3550.5850
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2550.599
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.338
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2890.513
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.3723727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.47331157
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.9753509
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.6973435
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.525 26 -
Rwork0.395 735 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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