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- PDB-2tnf: 1.4 A RESOLUTION STRUCTURE OF MOUSE TUMOR NECROSIS FACTOR, TOWARD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tnf
タイトル1.4 A RESOLUTION STRUCTURE OF MOUSE TUMOR NECROSIS FACTOR, TOWARDS MODULATION OF ITS SELECTIVITY AND TRIMERISATION
要素PROTEIN (TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA)
キーワードCYTOKINE / LYMPHOKINE / CYTOTOXIN / TRANSMEMBRANE / GLYCOPROTEIN / SIGNAL-ANCHOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of alkaline phosphatase activity / TNF signaling / TNFR1-mediated ceramide production / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of amide metabolic process / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / cellular extravasation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion ...negative regulation of alkaline phosphatase activity / TNF signaling / TNFR1-mediated ceramide production / TNFR1-induced proapoptotic signaling / positive regulation of amide metabolic process / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / cellular extravasation / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / Regulation of TNFR1 signaling / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of lipid metabolic process / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of translational initiation by iron / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to gold nanoparticle / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / negative regulation of bicellular tight junction assembly / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of amyloid-beta clearance / response to isolation stress / positive regulation of action potential / inflammatory response to wounding / positive regulation of interleukin-18 production / death receptor agonist activity / positive regulation of protein transport / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / regulation of osteoclast differentiation / toll-like receptor 3 signaling pathway / embryonic digestive tract development / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / necroptotic signaling pathway / response to fructose / positive regulation of synoviocyte proliferation / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / cellular response to toxic substance / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of D-glucose import / negative regulation of oxidative phosphorylation / positive regulation of protein localization to cell surface / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of osteoclast differentiation / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of protein-containing complex disassembly / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of podosome assembly / regulation of metabolic process / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of heart rate / positive regulation of amyloid-beta formation / leukocyte migration / positive regulation of DNA biosynthetic process / negative regulation of viral genome replication / response to L-glutamate / regulation of protein secretion / negative regulation of fat cell differentiation / regulation of synapse organization / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / humoral immune response / negative regulation of mitotic cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / phagocytic cup / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of synaptic transmission / skeletal muscle contraction
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily ...Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Baeyens, K.J. / De Bondt, H.L. / Raeymaekers, A. / Fiers, W. / De Ranter, C.J.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: The structure of mouse tumour-necrosis factor at 1.4 A resolution: towards modulation of its selectivity and trimerization.
著者: Baeyens, K.J. / De Bondt, H.L. / Raeymaekers, A. / Fiers, W. / De Ranter, C.J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: High Resolution Crystal Structure of a Human Tumor Necrosis Factor-Alpha Mutant with Low Systemic Toxicity
著者: Cha, S.-S. / Kim, J.-S. / Cho, H.-S. / Shin, N.-K. / Jeong, W. / Shin, H.-C. / Kim, Y.J. / Hahn, J.H. / Oh, B.-H.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies of Mouse Tumor Necrosis Factor
著者: Baeyens, K.J. / De Bondt, H.L. / Raeymaekers, A. / De Ranter, C.J. / Fiers, W.
#3: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1997
タイトル: Crystal Structure of Tnf-Alpha Mutant R31D with Greater Affinity for Receptor R1 Compared with R2
著者: Reed, C. / Fu, Z.Q. / Wu, J. / Xue, Y.N. / Harrison, R.W. / Chen, M.J. / Weber, I.T.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: The Structure of Tumor Necrosis Factor-Alpha at 2.6 Angstroms Resolution. Implications for Receptor Binding
著者: Eck, M.J. / Sprang, S.R.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Structure of Tumor Necrosis Factor
著者: Jones, E.Y. / Stuart, D.I. / Walker, N.P.C.
履歴
登録1998年10月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA)
B: PROTEIN (TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA)
C: PROTEIN (TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0005
ポリマ－51,8173
非ポリマー1822
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6320 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.214, 48.300, 51.095
Angle α, β, γ (deg.)114.81, 103.65, 91.05
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA) / TNF-ALPHA / CACHECTIN


分子量: 17272.494 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 80-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06804
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.4 %
結晶化pH: 8.5
詳細: EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 7 % ISOPROP, pH 8.5
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 6.8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
17 %2-propanol1reservoir
230 %PEGME20001reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoir
40.5 %1dropNaCl
511 mg/mlprotain1drop
610 mMHEPES1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1.1024
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月15日 / 詳細: RHODIUM COATED PRE-MIRROR, SEGMENTED MIRROR
放射モノクロメーター: BENT SINGLE-CRYSTAL GERMANIUM TRIANGULAR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1024 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 72552 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 85.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 128698
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 85.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TNF

1tnf


解像度: 1.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.235 6871 10.1 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 67767 85.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.11 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3477 0 8 244 3729
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.39
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.481.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.592
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.982
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.992.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 962 10 %
Rwork0.264 8666 -
obs--73 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WATTOPH11.WAT
X-RAY DIFFRACTION3IPA.PARIPA.TOP
X-RAY DIFFRACTION4TRS.PARTRS.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.39
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.274 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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