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- PDB-2qdj: Crystal structure of the Retinoblastoma protein N-domain provides... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qdj
タイトルCrystal structure of the Retinoblastoma protein N-domain provides insight into tumor suppression, ligand interaction and holoprotein architecture
要素Retinoblastoma-associated protein
キーワードANTITUMOR PROTEIN / cyclin fold / cyclin wedge
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex / sister chromatid biorientation ...Defective translocation of RB1 mutants to the nucleus / enucleate erythrocyte differentiation / Rb-E2F complex / regulation of lipid kinase activity / positive regulation of collagen fibril organization / negative regulation of myofibroblast differentiation / maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / cell morphogenesis involved in neuron differentiation / chromatin lock complex / sister chromatid biorientation / positive regulation of transcription regulatory region DNA binding / importin-alpha family protein binding / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / positive regulation of extracellular matrix organization / regulation of centromere complex assembly / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / positive regulation of macrophage differentiation / glial cell apoptotic process / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / tissue homeostasis / protein localization to chromosome, centromeric region / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / neuron maturation / myoblast differentiation / aortic valve morphogenesis / digestive tract development / Replication of the SARS-CoV-1 genome / SWI/SNF complex / negative regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of glial cell proliferation / smoothened signaling pathway / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / hepatocyte apoptotic process / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / negative regulation of cell cycle / negative regulation of apoptotic signaling pathway / skeletal muscle cell differentiation / chondrocyte differentiation / chromosome organization / glial cell proliferation / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / negative regulation of protein kinase activity / striated muscle cell differentiation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of mitotic cell cycle / Condensation of Prophase Chromosomes / epithelial cell proliferation / negative regulation of smoothened signaling pathway / phosphoprotein binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / negative regulation of cell growth / PML body / Oncogene Induced Senescence / negative regulation of inflammatory response / kinase binding / spindle / cellular response to insulin stimulus / neuron projection development / negative regulation of epithelial cell proliferation / Cyclin D associated events in G1 / disordered domain specific binding / transcription corepressor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / heterochromatin formation / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Replication of the SARS-CoV-2 genome / spermatogenesis / neuron apoptotic process / molecular adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Ras protein signal transduction / transcription by RNA polymerase II / cell differentiation / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin A; domain 1 - #140 / Helix Hairpins - #1380 / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain ...Cyclin A; domain 1 - #140 / Helix Hairpins - #1380 / Rb C-terminal domain / Retinoblastoma-associated protein, B-box / Retinoblastoma-associated protein, A-box / Retinoblastoma-associated protein, C-terminal / Retinoblastoma-associated protein, N-terminal / Retinoblastoma protein family / Retinoblastoma-associated protein B domain / Retinoblastoma-associated protein A domain / Domain of unknown function (DUF3452) / Domain of unknown function (DUF3452) / Retinoblastoma-associated protein A domain / Rb C-terminal domain / Cyclin A; domain 1 / Helix Hairpins / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoblastoma-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hassler, M. / Mittnacht, S. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the retinoblastoma protein N domain provides insight into tumor suppression, ligand interaction, and holoprotein architecture.
著者: Hassler, M. / Singh, S. / Yue, W.W. / Luczynski, M. / Lakbir, R. / Sanchez-Sanchez, F. / Bader, T. / Pearl, L.H. / Mittnacht, S.
履歴
登録2007年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoblastoma-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4281
ポリマ－35,4281
非ポリマー00
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.296, 106.649, 98.191
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-435-

HOH

21A-477-

HOH

31A-496-

HOH

41A-589-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Retinoblastoma-associated protein / PP110 / P105-RB / RB


分子量: 35427.969 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RB1 / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 plysS / 参照: UniProt: P06400
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Na acetate, 25% (w/v) PEG 4000, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→51.1 Å / Num. obs: 25840 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
12.78825.14223.472SE31.22.49
23.81622.5810.711SE46.63.05
329.2335.2437.183SE45.22.52
421.97512.2737.666SE54.42.27
547.64825.07522.441SE602.06
Phasing dmFOM : 0.67 / FOM acentric: 0.68 / FOM centric: 0.59 / 反射: 9666 / Reflection acentric: 8435 / Reflection centric: 1231
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8-14.9860.860.90.77391275116
5-80.740.780.613361098238
4-50.830.850.7416361405231
3.5-40.760.780.6116451456189
3-3.50.620.630.5128772587290
2.8-30.410.420.3317811614167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.08位相決定
RESOLVE2.08位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→51.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.184 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27609 1288 5 %RANDOM
Rwork0.22834 ---
obs0.23064 24550 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.938 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2---0.95 Å20 Å2
3---1.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→51.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2117 0 0 234 2351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1891.9772901
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7925253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5122594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.8915416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.965158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.21170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.21531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2880.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4791.51295
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.42122108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8663857
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.034.5793
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 97 -
Rwork0.26 1778 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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