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- PDB-4hbl: Crystal structure of AbfR of Staphylococcus epidermidis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4hbl
タイトルCrystal structure of AbfR of Staphylococcus epidermidis
要素Transcriptional regulator, MarR family
キーワードTRANSCRIPTION / HTH / Transcription factor / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily ...: / Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, MarR family
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, X. / Sun, X. / Gan, J. / Lan, L. / Yang, C.-G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Oxidation-sensing Regulator AbfR Regulates Oxidative Stress Responses, Bacterial Aggregation, and Biofilm Formation in Staphylococcus epidermidis.
著者: Liu, X. / Sun, X. / Wu, Y. / Xie, C. / Zhang, W. / Wang, D. / Chen, X. / Qu, D. / Gan, J. / Chen, H. / Jiang, H. / Lan, L. / Yang, C.G.
履歴
登録2012年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, MarR family
B: Transcriptional regulator, MarR family
C: Transcriptional regulator, MarR family
D: Transcriptional regulator, MarR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2664
ポリマ－71,2664
非ポリマー00
水32418
1
A: Transcriptional regulator, MarR family
B: Transcriptional regulator, MarR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6332
ポリマ－35,6332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6370 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area14980 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator, MarR family
D: Transcriptional regulator, MarR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6332
ポリマ－35,6332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6030 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area15440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.780, 50.616, 107.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-203-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator, MarR family


分子量: 17816.465 Da / 分子数: 4 / 変異: L44M, L72M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: SERP2196 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HKZ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1M sodium acetate, 2.0M ammonium sulfate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月1日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 21526 / Num. obs: 20535 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 79.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHELXS位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 24.82 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.935 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25883 1090 5.1 %RANDOM
Rwork0.21045 ---
all0.302 21526 --
obs0.21475 20399 95.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.551 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å21.26 Å2
2--4.69 Å2-0 Å2
3----2.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4714 0 0 18 4732
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.024795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5161.9686463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4855561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.42425.486257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.12115871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5531524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023592
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 56 -
Rwork0.311 1127 -
obs-1127 75.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19714.69174.223214.693910.759811.7835-0.1254-0.16060.22760.0078-0.24840.5375-0.0755-0.17230.37370.071-0.01520.06370.22480.01020.183254.850726.31527.9001
22.9602-0.21331.11750.7502-1.69054.64960.0384-0.78990.10810.2991-0.2829-0.0687-0.55780.27520.24440.2405-0.16850.04340.4256-0.06190.177264.531236.593753.4761
315.2147-5.6499-12.28133.19175.070810.3626-0.5251-1.0565-0.61010.23230.13660.07830.72280.57630.38850.4285-0.0986-0.00130.37740.07760.3654.372414.061936.2352
43.034-3.087-7.263.7878.635524.5395-0.0877-0.3758-0.07170.11310.0927-0.00420.53710.6656-0.0050.1309-0.03050.02320.22410.05970.12360.460621.001532.3192
51.9190.73270.02850.93610.11353.66750.02320.1434-0.0059-0.0484-0.0361-0.04930.1162-0.34710.01290.1385-0.002-0.02280.1465-0.01950.127359.080727.336110.3123
63.33276.4142-1.407124.34033.95694.40770.12470.1173-0.2124-0.7332-0.6183-0.0495-0.5361-0.61470.49360.1214-0.0274-0.02370.378-0.05590.401646.942623.612930.1289
72.4345-0.2522-1.98322.51093.230919.09330.3115-0.30080.2119-0.09110.1033-0.09280.0789-0.388-0.41480.0674-0.09340.01210.1518-0.01980.24481.428441.011926.2499
84.54260.84540.36211.3973-0.39440.2127-0.0842-0.3019-0.21290.21130.0671-0.0585-0.0571-0.10270.01720.1681-0.09190.00970.4780.05730.240793.407936.315139.8316
933.50447.854-16.00994.9664-3.313812.357-0.1107-0.23-1.4723-0.491-0.157-0.22850.84050.18060.26760.2750.0209-0.06450.009-0.00530.28785.057925.262118.5763
104.37242.1708-3.81116.5216-6.585614.37130.23350.0126-0.3981-0.4768-0.233-0.19840.13070.4934-0.00050.1198-0.0471-0.01630.1408-0.03190.24488.427733.294621.433
112.4730.23920.68450.7549-0.01292.6015-0.07520.11540.8221-0.0704-0.0614-0.0562-0.79530.28730.13670.5049-0.12430.07780.18570.02340.498887.665854.21269.8892
121.62992.51352.77414.25663.064112.0266-0.0691-0.17910.1518-0.263-0.16390.3397-0.4509-0.21440.2330.1953-0.0709-0.10060.2004-0.050.306474.081534.940416.2307
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A36 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3A123 - 145
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 34
5X-RAY DIFFRACTION5B36 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6B123 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7C11 - 34
8X-RAY DIFFRACTION8C36 - 116
9X-RAY DIFFRACTION9C123 - 145
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 34
11X-RAY DIFFRACTION11D36 - 116
12X-RAY DIFFRACTION12D123 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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