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- PDB-2qb8: Saccharomyces cerevisiae cytosolic exopolyphosphatase, ATP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qb8
タイトルSaccharomyces cerevisiae cytosolic exopolyphosphatase, ATP complex
要素Exopolyphosphatase
キーワードHYDROLASE / a/b/a structure / DHH family phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


polyphosphate catabolic process / exopolyphosphatase / exopolyphosphatase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DHHA2 domain / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily ...DHHA2 domain / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / inorganic pyrophosphatase (n-terminal core) / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Polyphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者White, S.A. / Ugochukwu, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of the cytosolic exopolyphosphatase from Saccharomyces cerevisiae reveals the basis for substrate specificity.
著者: Ugochukwu, E. / Lovering, A.L. / Mather, O.C. / Young, T.W. / White, S.A.
履歴
登録2007年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 600HETEROGEN THE TITLE OF THIS DEPOSITION STATES THAT THIS IS AN ATP COMPLEX. AUTHORS DID NOT PROVIDE ...HETEROGEN THE TITLE OF THIS DEPOSITION STATES THAT THIS IS AN ATP COMPLEX. AUTHORS DID NOT PROVIDE INFORMATION REGARDING THE MISSING ATOMS OF THIS LIGAND. THIS ENTRY HAS BEEN RELEASED WITHOUT DEPOSITOR'S CHECKING AND CORRECTIONS, ONLY WITH NECESSARY PDB STAFF INTERVENTION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exopolyphosphatase
B: Exopolyphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7745
ポリマ－90,2192
非ポリマー5563
水11,584643
1
A: Exopolyphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6413
ポリマ－45,1091
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Exopolyphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1342
ポリマ－45,1091
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.134, 82.847, 121.761
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exopolyphosphatase / ExopolyPase / Metaphosphatase


分子量: 45109.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: PPX1, YHR201C / プラスミド: pET11c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38698, exopolyphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 7% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30.5 Å / Num. obs: 60043 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 8715 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2QB6

2qb6


解像度: 1.9→30.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 3.253 / SU ML: 0.099 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23287 3122 5 %RANDOM
Rwork0.18389 ---
obs0.18633 59362 99.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2---0.41 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6286 0 14 643 6943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0216398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.151.9698612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.137313708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.635781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021242
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2270.26848
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0810.23793
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined1.9540.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.250.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6631.53888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23626289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.68332510
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8784.52321
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.255 237
Rwork0.203 4327

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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