PDB-2qb1: 2TEL crystallization module

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qb1

タイトル

2TEL crystallization module

要素

E80-TELSAM domain

キーワード

HYDROLASE REGULATOR / 2TEL helical polymer

機能・相同性

機能・相同性情報

Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Nauli, S. / Bowie, J.U.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Polymer-driven crystallization.
著者: Nauli, S. / Farr, S. / Lee, Y.J. / Kim, H.Y. / Faham, S. / Bowie, J.U.

履歴

登録	2007年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2020年6月24日	Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq Item: _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num ..._entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 999

SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qb1.cif.gz	44.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qb1.ent.gz	31 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qb1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/2qb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qb/2qb1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qarC 2qb0C 1ji7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d2k-4 4eif-d 6psd-4 1i55-1 7ju2-2 1i54-2 1i54-1 6kv0-2 3r27-1 3ihs-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E80-TELSAM domain

B: E80-TELSAM domain

18.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E80-TELSAM domain

ソフトウェアが定義した集合体
9.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E80-TELSAM domain

ソフトウェアが定義した集合体
9.15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.686, 65.686, 36.144
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 15 - 90 / Label seq-ID: 1 - 76

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

詳細

Not a biological assembly. This is a fusion protein of two naturally occurring proteins that makes a helical polymer.

#1: タンパク質	E80-TELSAM domain 分子量: 9149.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.3M MnCl2, 0.1M sodium acetate , pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→90 Å / Num. obs: 5306 / % possible obs: 99 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 0.992 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.69	0.471	1037	1.099	1	98.2
2.69-2.8	0.283	1077	0.906	1	100
2.8-2.93	0.218	1030	0.999	1	100
2.93-3.08	0.167	1094	1.004	1	100
3.08-3.28	0.136	1099	0.93	1	99.9
3.28-3.53	0.12	1025	1.043	1	98.3
3.53-3.88	0.1	1036	1.043	1	98.2
3.88-4.45	0.08	1070	0.982	1	98.7
4.45-5.6	0.067	1041	0.968	1	99.9
5.6-90	0.066	1055	1.011	1	97.1

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.61 Å	30.51 Å
Translation	2.61 Å	30.51 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JI7

1ji7

解像度: 2.61→56.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 30.244 / SU ML: 0.272 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	242	4.6 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.212	5272	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.089 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.55 Å²	-0.27 Å²	0 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→56.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1294	0	0	4	1298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.949	1808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.433	5	154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.235	23.529	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.906	15	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.65	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.202	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.142	2	804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.419	3	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.011	2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.735	3	552

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 633 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
TIGHT POSITIONAL	0.01	0.05
TIGHT THERMAL	0.04	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.61→2.674 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.569	25	-
R_work	0.398	352	-
obs	-	377	97.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.6088	-5.4777	2.9964	12.0323	-4.582	2.4226	0.1305	-0.4748	-0.9224	-0.5229	-0.0192	0.3711	0.2375	-0.005	-0.1114	0.1063	-0.0638	-0.0553	0.1216	0.0797	0.0383	-19.1336	-4.7727	4.9615
2	7.158	2.038	-1.5604	17.0852	-4.3632	2.6394	-0.4591	0.079	-0.1533	0.1611	0.613	0.955	0.1942	-0.2355	-0.1539	0.0702	0.0493	0.0617	0.1494	0.0884	0.0329	-13.7048	-23.7647	16.9909

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 91	1 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	15 - 91	1 - 77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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