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- PDB-2qb1: 2TEL crystallization module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qb1
タイトル2TEL crystallization module
要素E80-TELSAM domain
キーワードHYDROLASE REGULATOR / 2TEL helical polymer
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / hematopoietic stem cell proliferation / neurogenesis / Signaling by FLT3 fusion proteins / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. ...SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Transcription Factor, Ets-1 / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor ETV6
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Nauli, S. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Polymer-driven crystallization.
著者: Nauli, S. / Farr, S. / Lee, Y.J. / Kim, H.Y. / Faham, S. / Bowie, J.U.
履歴
登録2007年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32020年6月24日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num ..._entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_seq_type
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 999SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABASE REFERENCE WAS AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING THIS ENTRY

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E80-TELSAM domain
B: E80-TELSAM domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2992
ポリマ－18,2992
非ポリマー00
水724
1
A: E80-TELSAM domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1491
ポリマ－9,1491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: E80-TELSAM domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1491
ポリマ－9,1491
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.686, 65.686, 36.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 15 - 90 / Label seq-ID: 1 - 76

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Not a biological assembly. This is a fusion protein of two naturally occurring proteins that makes a helical polymer.

-
要素

#1: タンパク質 E80-TELSAM domain


分子量: 9149.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.98 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.3M MnCl2, 0.1M sodium acetate , pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→90 Å / Num. obs: 5306 / % possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 0.992 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.690.47110371.099198.2
2.69-2.80.28310770.9061100
2.8-2.930.21810300.9991100
2.93-3.080.16710941.0041100
3.08-3.280.13610990.93199.9
3.28-3.530.1210251.043198.3
3.53-3.880.110361.043198.2
3.88-4.450.0810700.982198.7
4.45-5.60.06710410.968199.9
5.6-900.06610551.011197.1

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.61 Å30.51 Å
Translation2.61 Å30.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JI7

1ji7


解像度: 2.61→56.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 30.244 / SU ML: 0.272 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 242 4.6 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.212 5272 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.55 Å2-0.27 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→56.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1294 0 0 4 1298
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.311.9491808
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4335154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23523.52968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90615224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.651510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2894
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1422804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.41931256
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0112616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7353552
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 633 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
TIGHT POSITIONAL0.010.05
TIGHT THERMAL0.040.5
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.674 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.569 25 -
Rwork0.398 352 -
obs-377 97.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.6088-5.47772.996412.0323-4.5822.42260.1305-0.4748-0.9224-0.5229-0.01920.37110.2375-0.005-0.11140.1063-0.0638-0.05530.12160.07970.0383-19.1336-4.77274.9615
27.1582.038-1.560417.0852-4.36322.6394-0.45910.079-0.15330.16110.6130.9550.1942-0.2355-0.15390.07020.04930.06170.14940.08840.0329-13.7048-23.764716.9909
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA15 - 911 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2BB15 - 911 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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