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- PDB-2qa5: Crystal structure of Sept2 G-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qa5
タイトルCrystal structure of Sept2 G-domain
要素Septin-2
キーワードCELL CYCLE / STRUCTURAL PROTEIN / Septin2-GDP / biological dimer / Cell division / GTP-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / intercellular bridge ...sperm annulus / septin complex / photoreceptor connecting cilium / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / non-motile cilium / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / intercellular bridge / cell division site / axoneme / cleavage furrow / cilium assembly / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / kinetochore / spindle / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton / synaptic vesicle / midbody / spermatogenesis / molecular adaptor activity / cell differentiation / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Septin 2 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Septin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sirajuddin, M. / Wittinghofer, A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural insight into filament formation by mammalian septins.
著者: Sirajuddin, M. / Farkasovsky, M. / Hauer, F. / Kuhlmann, D. / Macara, I.G. / Weyand, M. / Stark, H. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2007年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-2
B: Septin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9594
ポリマ－73,0722
非ポリマー8862
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)162.960, 53.920, 110.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 128.370, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer.

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要素

#1: タンパク質 Septin-2 / Protein NEDD5


分子量: 36536.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: BL21 / 遺伝子: SEPT2, DIFF6, KIAA0158, NEDD5 / プラスミド: pGex6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL31 / 参照: UniProt: Q15019
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 5% PEG 6000, 0.1M BICINE, pH 9.0, 0.1M Glycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→20 Å / Num. obs: 10431 / 冗長度: 5.4 %
反射 シェル解像度: 3.4→3.5 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 14 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.4→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.834 / SU B: 33.699 / SU ML: 0.559 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.655
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31391 502 4.8 %RANDOM
Rwork0.27983 ---
obs0.28144 9927 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 81.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å2-0.23 Å2
2--0.77 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3564 0 56 0 3620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223669
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.9734982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9525446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.3624.671152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.65515577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1251514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.21779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.22456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.441.52368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.78723691
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9131466
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.644.51291
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.486 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 39 -
Rwork0.34 694 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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