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万見
- EMDB-1806: Cryo-electron tomography derived density map of a conserved retro... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1806
タイトルCryo-electron tomography derived density map of a conserved retroviral RNA packaging element from Moloney Murine Leukemia Virus.
マップデータThe final average of 38 subvolumes of two sets of two stem loop structures (CD2) of MoMuLV.
試料
  • 試料: MLV Tandem Hairpin RNA
  • RNA: MLV Tandem Hairpin RNA
キーワードcryo-ET / tomography / retroviral RNA / MoMuLV / Moloney Murine Leukemia Virus / double hairpin
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Miyazaki Y / Irobalieva RN / Tolbert B / Smalls-Mantey A / Iyalla K / Loeliger K / DSouza V / Khant H / Schmid MF / Garcia E ...Miyazaki Y / Irobalieva RN / Tolbert B / Smalls-Mantey A / Iyalla K / Loeliger K / DSouza V / Khant H / Schmid MF / Garcia E / Telesnitsky A / Chiu W / Summers MF
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Structure of a conserved retroviral RNA packaging element by NMR spectroscopy and cryo-electron tomography.
著者: Yasuyuki Miyazaki / Rossitza N Irobalieva / Blanton S Tolbert / Adjoa Smalls-Mantey / Kilali Iyalla / Kelsey Loeliger / Victoria D'Souza / Htet Khant / Michael F Schmid / Eric L Garcia / ...著者: Yasuyuki Miyazaki / Rossitza N Irobalieva / Blanton S Tolbert / Adjoa Smalls-Mantey / Kilali Iyalla / Kelsey Loeliger / Victoria D'Souza / Htet Khant / Michael F Schmid / Eric L Garcia / Alice Telesnitsky / Wah Chiu / Michael F Summers /
要旨: The 5'-untranslated regions of all gammaretroviruses contain a conserved "double-hairpin motif" (Ψ(CD)) that is required for genome packaging. Both hairpins (SL-C and SL-D) contain GACG tetraloops ...The 5'-untranslated regions of all gammaretroviruses contain a conserved "double-hairpin motif" (Ψ(CD)) that is required for genome packaging. Both hairpins (SL-C and SL-D) contain GACG tetraloops that, in isolated RNAs, are capable of forming "kissing" interactions stabilized by two intermolecular G-C base pairs. We have determined the three-dimensional structure of the double hairpin from the Moloney murine leukemia virus ([Ψ(CD)](2), 132 nt, 42.8 kDa) using a (2)H-edited NMR-spectroscopy-based approach. This approach enabled the detection of (1)H-(1)H dipolar interactions that were not observed in previous studies of isolated SL-C and SL-D hairpin RNAs using traditional (1)H-(1)H correlated and (1)H-(13)C-edited NMR methods. The hairpins participate in intermolecular cross-kissing interactions (SL-C to SL-D' and SLC' to SL-D) and stack in an end-to-end manner (SL-C to SL-D and SL-C' to SL-D') that gives rise to an elongated overall shape (ca 95 Å×45 Å×25 Å). The global structure was confirmed by cryo-electron tomography (cryo-ET), making [Ψ(CD)](2) simultaneously the smallest RNA to be structurally characterized to date by cryo-ET and among the largest to be determined by NMR. Our findings suggest that, in addition to promoting dimerization, [Ψ(CD)](2) functions as a scaffold that helps initiate virus assembly by exposing a cluster of conserved UCUG elements for binding to the cognate nucleocapsid domains of assembling viral Gag proteins.
履歴
登録2010年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年1月14日-
マップ公開2011年1月14日-
更新2011年1月14日-
現状2011年1月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 8
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1806.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1806.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The final average of 38 subvolumes of two sets of two stem loop structures (CD2) of MoMuLV.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.49 Å/pix.
x 64 pix.
= 415.168 Å		6.49 Å/pix.
x 64 pix.
= 415.168 Å		6.49 Å/pix.
x 64 pix.
= 415.168 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.487 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 8.0 / ムービー #1: 8
最小 - 最大-8.041969999999999 - 25.148700000000002
平均 (標準偏差)0.00000000256321 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-35-31-32
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 415.168 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.4876.4876.487
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z415.168415.168415.168
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-150-149
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-31-35-32
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-8.04225.1490.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MLV Tandem Hairpin RNA

全体名称: MLV Tandem Hairpin RNA
要素
  • 試料: MLV Tandem Hairpin RNA
  • RNA: MLV Tandem Hairpin RNA

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超分子 #1000: MLV Tandem Hairpin RNA

超分子名称: MLV Tandem Hairpin RNA / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: RNA synthesized by in vitro transcription and purified by polyacrylamide gel electrophoresis. Sequence of the RNA confirmed by NMR.
集合状態: Homodimer / Number unique components: 1
分子量理論値: 42.8 KDa / 手法: Not determined but identity confirmed by NMR

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分子 #1: MLV Tandem Hairpin RNA

分子名称: MLV Tandem Hairpin RNA / タイプ: rna / ID: 1 / Name.synonym: MLV Tandem Hairpin RNA / 分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Moloney murine leukemia virus (ウイルス) / 別称: Moloney Murine Leukemia Virus
分子量理論値: 42.8 KDa
配列文字列:
GGCGGACCCG UGGUGGAACA GACGUGUUCG GAACACCCGG CCGCAACCCU GGGAGACGUC CCAGGG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法

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試料調製

濃度1.03 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: Tris buffer, pH 7.0, containing 140 mM KCl and 2 mM MgCl2
グリッド詳細: 200 mesh gold grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot Mark III / 手法: 1 blot, 1 second

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FSC
温度最低: 98 K / 最高: 98 K / 平均: 98 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In column Omega-type filter
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GENERIC GATAN (4k x 4k)
平均電子線量: 85 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 23123 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 倍率（公称値）: 20000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 70 degree holder / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

詳細Tomogram was reconstructed using IMOD. Average number of tilts used in the 3D reconstructions: 60. Average tomographic tilt angle increment: 2.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 詳細: Final map was an average of 38 subvolumes.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2l1f

ソフトウェア名称: Chimera, X-plor
詳細Protocol: Distance geometry refinement with the Cyana software package using NMR-derived restraints. The cryo-ET data were not employed as refinement restraints. The determined NMR structure (2LIF) was fitted into the cryo-ET density map using Chimera and X-plor.
精密化空間: REAL
当てはまり具合の基準: Lowest target functions, equals sum of the square of the distance and angle restraint violations

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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