PDB-2q99: Crystal Structure of Saccharopine Dehydrogenase from Saccharomyce...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q99

タイトル

Crystal Structure of Saccharopine Dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae

要素

Saccharopine dehydrogenase [NAD+, L-lysine-forming

キーワード

OXIDOREDUCTASE / dehydrogenase / alpha-aminoadipate pathway / fungal lysine synthesis / alpha/beta protein / Rossmann fold

機能・相同性

機能・相同性情報

saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-lysine-forming) / saccharopine dehydrogenase activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-lysine-forming) activity / lysine biosynthetic process / protein import into peroxisome matrix / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / peroxisome / mRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Berghuis, A.M. / Burk, D.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Studies of the Final Enzyme in the alpha-Aminoadipate Pathway-Saccharopine Dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Burk, D.L. / Hwang, J. / Kwok, E. / Marrone, L. / Goodfellow, V. / Dmitrienko, G.I. / Berghuis, A.M.

履歴

登録	2007年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q99.cif.gz	102 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q99.ent.gz	75 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2q99_validation.pdf.gz	423.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q99_full_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示
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CIF形式データ	2q99_validation.cif.gz	35.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/2q99 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/2q99	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ugk-d 6lg2-d 3kn2-d 3s6s-d 4yoz-d 6qk4-d 4yos-d 6nvf-1 2j92-d 2a4r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Saccharopine dehydrogenase [NAD+, L-lysine-forming

42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.680, 74.920, 74.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is the monomer observed in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Saccharopine dehydrogenase [NAD+, L-lysine-forming / Lysine--2-oxoglutarate reductase / SDH 分子量: 42317.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: LYS1 / プラスミド: pGEX-6T-3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P38998, saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-lysine-forming)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 20% PEG 8000, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
4		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X8C / 波長: 0.9200,0.9794,0.9796,1.0080

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月27日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.92	1
2	0.9794	1
3	0.9796	1
4	1.008	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
13.6	1	10	557931	0.076	1.1	1.7	40923	99.9
6.7	2	11.3	301073	0.073	1.14	1.64	44946	98.8
13.9	3	10.5	565684	0.069	1.07	1.7	40614	99.9
6.7	4	11.8	276125	0.055	1.09	1.69	41473	99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.66	50	99.4	1	0.046	1.806	13.2
2.91	3.66	100	1	0.049	1.229	14
2.54	2.91	100	1	0.067	1.124	14.1
2.31	2.54	100	1	0.088	1.057	14.1
2.14	2.31	100	1	0.124	1.087	14
2.02	2.14	100	1	0.176	1.061	13.8
1.91	2.02	100	1	0.238	1.002	13.6
1.83	1.91	100	1	0.356	0.906	13.5
1.76	1.83	100	1	0.505	0.839	13.4
1.7	1.76	99.9	1	0.661	0.797	12.7
3.53	50	99.4	2	0.048	1.32	6.6
2.8	3.53	100	2	0.048	0.949	7
2.45	2.8	100	2	0.068	1.034	7.1
2.23	2.45	100	2	0.092	1.227	7
2.07	2.23	100	2	0.132	1.256	7
1.94	2.07	100	2	0.187	1.202	6.9
1.85	1.94	99.8	2	0.285	1.259	6.8
1.77	1.85	99.6	2	0.419	1.071	6.7
1.7	1.77	99.5	2	0.588	1.037	6.5
1.64	1.7	89.3	2	0.699	1.011	5.2
3.66	50	99.4	3	0.039	1.213	13.5
2.91	3.66	100	3	0.043	1.025	14.3
2.54	2.91	100	3	0.06	1.014	14.4
2.31	2.54	100	3	0.081	1.033	14.5
2.14	2.31	100	3	0.116	1.126	14.3
2.02	2.14	100	3	0.167	1.176	14
1.91	2.02	100	3	0.227	1.123	13.8
1.83	1.91	100	3	0.338	1.064	13.6
1.76	1.83	100	3	0.478	0.976	13.5
1.7	1.76	100	3	0.635	0.917	13.4
3.64	50	98.7	4	0.032	1.103	6.5
2.89	3.64	100	4	0.034	0.977	6.9
2.52	2.89	100	4	0.049	1.008	7
2.29	2.52	100	4	0.068	1.075	7
2.13	2.29	100	4	0.105	1.252	6.9
2	2.13	100	4	0.146	1.239	6.8
1.9	2	100	4	0.204	1.206	6.7
1.82	1.9	99.9	4	0.295	1.061	6.7
1.75	1.82	99.8	4	0.418	0.964	6.5
1.69	1.75	98.7	4	0.527	0.959	5.3

反射

解像度: 1.64→48.97 Å / Num. all: 44888 / Num. obs: 44946 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 23.8 Å² / Limit h max: 39 / Limit h min: 0 / Limit k max: 45 / Limit k min: 0 / Limit l max: 45 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 285622.8 / Observed criterion F min: 0.16 / R_merge(I) obs: 0.073 / Χ²: 1.141 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.699 / Num. unique all: 4015 / Χ²: 1.011 / % possible all: 89.3

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3
4

Phasing MAD

D res high: 1.7 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.45 / 反射: 40357

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	4 wavelength	1	0.9795	6.6	-9.18
1	4 wavelength	2	0.9796	6.45	-10.53
1	4 wavelength	3	0.92	3.77	-3.56
1	4 wavelength	4	1.008	0.55	-3.34

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	20.136	0.211	0.558	0.242	0.493
2	Se	38.806	0.927	0.162	0.112	0.597
3	Se	25.164	0.396	0.8	0.116	0.535

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
6.02-20	0.77	2073
3.83-6.02	0.71	3443
3.01-3.83	0.7	4316
2.55-3.01	0.64	5057
2.26-2.55	0.51	5654
2.05-2.26	0.38	6255
1.88-2.05	0.26	6623
1.75-1.88	0.15	6936

Phasing dm

FOM : 0.6 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.63 / 反射: 40358 / Reflection acentric: 36467 / Reflection centric: 3891

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
4.9-19.816	0.96	0.97	0.94	1887	1426	461
3-4.9	0.94	0.95	0.9	5547	4764	783
2.4-3	0.84	0.86	0.76	6871	6163	708
2.1-2.4	0.69	0.7	0.6	6853	6253	600
1.8-2.1	0.44	0.45	0.38	11996	11100	896
1.7-1.8	0.21	0.21	0.18	7204	6761	443

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
CNS	1.2	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.64→48.97 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / Data cutoff high absF: 285436.719 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: CROSS-VALIDATION METHOD: "THROUGHOUT" FREE R VALUE TEST SET SELECTION CRITERIA: "RANDOM" NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT. POLYMER 3016 NONPOLYMER 0 SOLVENT 556

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	2182	5 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
all	-	45052	-	-
obs	-	43760	97 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 55.488 Å² / k_sol: 0.359 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.79 Å² / B_iso mean: 25 Å² / B_iso min: 10.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.32 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.16 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.23 Å	0.19 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.23 Å	0.23 Å
Luzzati d res high	-	1.64

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→48.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3016	0	0	539	3555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_deg	22.8
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_impr_deg	0.8
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	2.28	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	3.06	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	3.89	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	5.23	2.5

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	% reflection R_free (%)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor R_free error	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.64-1.72	0.341	249	4.9	0.343	4835	0.022	5569	5084	91.3
1.72-1.81	0.299	273	5.2	0.279	4958	0.018	5547	5231	94.3
1.81-1.92	0.32	273	5.1	0.243	5090	0.019	5580	5363	96.1
1.92-2.07	0.245	273	5	0.2	5188	0.015	5596	5461	97.6
2.07-2.28	0.227	268	4.9	0.186	5239	0.014	5590	5507	98.5
2.28-2.61	0.201	281	5	0.173	5311	0.012	5636	5592	99.2
2.61-3.29	0.221	280	4.9	0.18	5386	0.013	5687	5666	99.6
3.29-48.97	0.174	285	4.9	0.166	5571	0.01	5895	5856	99.3

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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