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万見
- PDB-2q91: Structure of the Ca2+-Bound Activated Form of the S100A4 Metastas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q91
タイトルStructure of the Ca2+-Bound Activated Form of the S100A4 Metastasis Factor
要素S100A4 Metastasis Factor
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / S100A4 / myosin / calcium / metastatic tumors / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / epithelial to mesenchymal transition / calcium-dependent protein binding / actin binding / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm ...RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / epithelial to mesenchymal transition / calcium-dependent protein binding / actin binding / collagen-containing extracellular matrix / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Knight, D. / Ramagopal, U.A. / Almo, S.C. / Bresnick, A.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structure of Ca(2+)-Bound S100A4 and Its Interaction with Peptides Derived from Nonmuscle Myosin-IIA.
著者: Malashkevich, V.N. / Varney, K.M. / Garrett, S.C. / Wilder, P.T. / Knight, D. / Charpentier, T.H. / Ramagopal, U.A. / Almo, S.C. / Weber, D.J. / Bresnick, A.R.
履歴
登録2007年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S100A4 Metastasis Factor
B: S100A4 Metastasis Factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6516
ポリマ－23,4912
非ポリマー1604
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.424, 52.424, 140.419
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 S100A4 Metastasis Factor / S100 calcium-binding protein A4 / Metastasin / Protein Mts1 / Placental calcium-binding protein / Calvasculin


分子量: 11745.538 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A4, CAPL, MTS1 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(DE3) / 参照: UniProt: P26447
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.11 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M ammonium sulfate, 0.05M Bis-Tris, 27.5% pentaethythritol-pthoxylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.7 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月21日 / 詳細: X6A
放射モノクロメーター: X6A / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 11.5 % / Av σ(I) over netI: 25.9 / 数: 120612 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 4.69 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 10515 / % possible obs: 99
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.03509910.0462.73611.1
4.796.0399.410.0572.68911.6
4.184.7999.610.0663.8311.6
3.84.1899.310.0754.70111.6
3.533.899.210.0845.66311.5
3.323.5399.110.0945.85211.5
3.153.3298.510.1025.02811.5
3.023.1598.610.1125.55311.5
2.93.0298.710.125.50611.4
2.82.998.210.1275.30411.5
反射解像度: 1.63→50 Å / Num. obs: 28584 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 4.686 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 1.63→1.69 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2784 / Rsym value: 0.58 / Χ2: 5.304 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.63→19.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.665 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1440 5.1 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 28501 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.232 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20.04 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→19.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1569 0 4 236 1809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9792145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2165198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.24125.55681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.3215316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.182156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021204
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2788
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.21123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2610.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0630.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8741.51005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.725201557
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.69220665
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.74.5584
LS精密化 シェル解像度: 1.634→1.676 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 93 -
Rwork0.237 1911 -
obs-2004 98.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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