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- PDB-2q87: The Crystal Structure of the Human IRp60 Ectodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q87
タイトルThe Crystal Structure of the Human IRp60 Ectodomain
要素CMRF35-H antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / All-beta / immunoglobulin / IG-SUPERFAMILY / IG-V / NKP44-LIKE / Natural killer Cell IG-LIKE RECEPTOR / inhibitory receptor / myelo-monocytic cells / negative regulation of leukocyte / negative regulation of natural killer cells / negative regulation of natural mast cells / membrane protein / irp60 / cmrf35 / irem / ncr
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of phagocytosis, engulfment / negative regulation of eosinophil activation / negative regulation of eosinophil migration / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of mast cell activation involved in immune response / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of neutrophil activation ...negative regulation of phagocytosis, engulfment / negative regulation of eosinophil activation / negative regulation of eosinophil migration / negative regulation of MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of mast cell activation involved in immune response / negative regulation of B cell receptor signaling pathway / regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of mast cell degranulation / negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of neutrophil activation / phosphatidylethanolamine binding / phosphatidylserine binding / regulation of innate immune response / negative regulation of B cell proliferation / negative regulation of MAP kinase activity / tertiary granule membrane / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of fibroblast proliferation / immune system process / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / cell adhesion / intracellular signal transduction / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SHP2-interacting transmembrane adaptor protein, SIT / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...SHP2-interacting transmembrane adaptor protein, SIT / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CMRF35-like molecule 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dimasi, N. / Marquez, J.A.
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of IRp60 Ectodomain
著者: Dimasi, N. / Marquez, J.A.
履歴
登録2007年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Other
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMRF35-H antigen
B: CMRF35-H antigen
C: CMRF35-H antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5993
ポリマ－36,5993
非ポリマー00
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.490, 61.240, 106.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 CMRF35-H antigen / CMRF35-H9 / CMRF-35-H9 / CD300a antigen / Inhibitory receptor protein 60 / IRp60 / IRC1/IRC2 / NK ...CMRF35-H9 / CMRF-35-H9 / CD300a antigen / Inhibitory receptor protein 60 / IRp60 / IRC1/IRC2 / NK inhibitory receptor


分子量: 12199.680 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD300A, CMRF35H / プラスミド: pT7-7-IRp60B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus / 参照: UniProt: Q9UGN4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月1日 / 詳細: Pt coated mirrors
放射モノクロメーター: Pt coated mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→22.8 Å / % possible obs: 100 %
反射 シェル解像度: 1.7→22.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NMS

2nms


解像度: 1.7→22.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.501 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 1859 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.218 36938 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2507 0 0 214 2721
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222596
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8621.9463547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.4925321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.223.95119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.41115407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.1791518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21761
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4651.51633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.25422624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.03631090
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8774.5923
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.89332723
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.8473214
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.65832523
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.41 129 -
Rwork0.311 2566 -
obs-2695 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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