PDB-2q82: Crystal structure of core protein P7 from Pseudomonas phage phi12...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q82

タイトル

Crystal structure of core protein P7 from Pseudomonas phage phi12. Northeast Structural Genomics Target OC1

要素

Core protein P7

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / P7 / core protein / NESG / OC1 / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

Oxidized Rhodanese; domain 1 - #20 / Core protein P7, N-terminal core domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Core protein P7

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage phi12 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Benach, J. / Eryilmaz, E. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wei, H. / Gottlieb, P. / Hunt, J.F. / Ghose, R. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structure and dynamics of the P7 protein from the bacteriophage phi 12.
著者: Eryilmaz, E. / Benach, J. / Su, M. / Seetharaman, J. / Dutta, K. / Wei, H. / Gottlieb, P. / Hunt, J.F. / Ghose, R.

履歴

登録	2007年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q82.cif.gz	41 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q82.ent.gz	26.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q82.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q82_validation.pdf.gz	423.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q82_full_validation.pdf.gz	426.7 KB	表示
XML形式データ	2q82_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	2q82_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/2q82	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5lsb-2 7m1b-d 5lsb-1 2c1y-1 1cfy-d 3ik5-d 3u1u-2 4ezb-d 4uuv-1 3tdz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: OC1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Core protein P7

14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Core protein P7

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.499, 75.499, 46.486
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

The putative biological unit is a dimer, created by -x, -x+y, -z+2/3 + (1 1 0) symmetry operation

#1: タンパク質	Core protein P7 分子量: 14450.371 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-129 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage phi12 (ファージ) 属: Cystovirus / プラスミド: pET21D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q94M07
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 23% PEG10000, 100mM Sodium acetate, 10% n-Hexyl-D-glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X12B / 波長: 0.97947 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月8日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97947 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 10.5 % / Av σ(I) over netI: 12 / 数: 305699 / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 0.78 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29155 / % possible obs: 89.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.66	50	98.4	1	0.031	0.921	11.6
2.91	3.66	100	1	0.035	0.886	11.6
2.54	2.91	100	1	0.056	0.847	11.6
2.31	2.54	100	1	0.09	0.808	11.5
2.14	2.31	100	1	0.125	0.779	11.4
2.02	2.14	99.8	1	0.19	0.711	11.1
1.91	2.02	95.7	1	0.288	0.679	10.3
1.83	1.91	82.8	1	0.388	0.631	9.2
1.76	1.83	69	1	0.472	0.604	7.5
1.7	1.76	48.6	1	0.674	0.645	5.7

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 29155 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	% possible all
1.7-1.76	5.7	0.674	48.6
1.76-1.83	7.5	0.472	69
1.83-1.91	9.2	0.388	82.8
1.91-2.02	10.3	0.288	95.7
2.02-2.14	11.1	0.19	99.8
2.14-2.31	11.4	0.125	100
2.31-2.54	11.5	0.09	100
2.54-2.91	11.6	0.056	100
2.91-3.66	11.6	0.035	100
3.66-50	11.6	0.031	98.4

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.88 Å / D res low: 5.83 Å / FOM : 0.295 / 反射: 9638

Phasing MAD set

R kraut acentric: 0.037 / 最高解像度: 5.83 Å / 最低解像度: 1.88 Å / FOM : 0.297 / Power: 0.71 kW

Phasing dm

FOM : 0.52 / FOM acentric: 0.52 / FOM centric: 0.5 / 反射: 12613 / Reflection acentric: 11383 / Reflection centric: 1230

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.1-37.889	0.92	0.95	0.84	661	494	167
3.2-5.1	0.9	0.91	0.79	1968	1697	271
2.6-3.2	0.72	0.73	0.58	2334	2108	226
2.2-2.6	0.52	0.53	0.36	2276	2090	186
1.9-2.2	0.28	0.29	0.2	3798	3519	279
1.8-1.9	0.13	0.13	0.08	1576	1475	101

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SnB		位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
CNS	1.1	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.83→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	2070	7.9 %
R_work	0.21	-	-
obs	0.21	21894	83.6 %

溶媒の処理

B_sol: 52.745 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.389 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.207 Å²	2.497 Å²	0 Å²
2-	-	6.913 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	856	0	0	188	1044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used
1.83-1.85	0.214	32	0.255	270	X-RAY DIFFRACTION	41
1.85-1.86	0.32	14	0.269	254	X-RAY DIFFRACTION	41
1.86-1.88	0.359	32	0.287	280	X-RAY DIFFRACTION	41
1.88-1.89	0.278	30	0.24	308	X-RAY DIFFRACTION	41
1.89-1.91	0.236	32	0.267	310	X-RAY DIFFRACTION	41
1.91-1.93	0.235	40	0.255	374	X-RAY DIFFRACTION	41
1.93-1.95	0.318	33	0.246	342	X-RAY DIFFRACTION	41
1.95-1.97	0.314	48	0.268	395	X-RAY DIFFRACTION	41
1.97-1.99	0.198	39	0.246	404	X-RAY DIFFRACTION	41
1.99-2.01	0.312	42	0.266	387	X-RAY DIFFRACTION	41
2.01-2.03	0.252	54	0.273	456	X-RAY DIFFRACTION	41
2.03-2.05	0.296	50	0.251	464	X-RAY DIFFRACTION	41
2.05-2.08	0.298	63	0.281	474	X-RAY DIFFRACTION	41
2.08-2.1	0.253	56	0.256	490	X-RAY DIFFRACTION	41
2.1-2.13	0.279	40	0.249	464	X-RAY DIFFRACTION	41
2.13-2.16	0.195	60	0.244	526	X-RAY DIFFRACTION	41
2.16-2.19	0.309	55	0.257	479	X-RAY DIFFRACTION	41
2.19-2.22	0.191	56	0.217	569	X-RAY DIFFRACTION	41
2.22-2.25	0.242	49	0.21	500	X-RAY DIFFRACTION	41
2.25-2.29	0.227	55	0.224	525	X-RAY DIFFRACTION	41
2.29-2.32	0.286	42	0.229	502	X-RAY DIFFRACTION	41
2.32-2.36	0.213	49	0.223	518	X-RAY DIFFRACTION	41
2.36-2.41	0.243	64	0.202	520	X-RAY DIFFRACTION	41
2.41-2.45	0.314	54	0.23	540	X-RAY DIFFRACTION	41
2.45-2.5	0.336	58	0.241	532	X-RAY DIFFRACTION	41
2.5-2.56	0.278	58	0.25	507	X-RAY DIFFRACTION	41
2.56-2.62	0.199	56	0.211	563	X-RAY DIFFRACTION	41
2.62-2.68	0.226	47	0.223	547	X-RAY DIFFRACTION	41
2.68-2.75	0.278	53	0.207	532	X-RAY DIFFRACTION	41
2.75-2.84	0.284	68	0.203	545	X-RAY DIFFRACTION	41
2.84-2.93	0.203	72	0.216	534	X-RAY DIFFRACTION	41
2.93-3.03	0.237	76	0.224	555	X-RAY DIFFRACTION	41
3.03-3.15	0.28	53	0.219	580	X-RAY DIFFRACTION	41
3.15-3.29	0.238	56	0.213	578	X-RAY DIFFRACTION	41
3.29-3.47	0.184	47	0.193	558	X-RAY DIFFRACTION	41
3.47-3.68	0.147	70	0.195	570	X-RAY DIFFRACTION	41
3.68-3.97	0.18	52	0.182	592	X-RAY DIFFRACTION	41
3.97-4.36	0.19	62	0.176	562	X-RAY DIFFRACTION	41
4.36-4.98	0.172	46	0.164	585	X-RAY DIFFRACTION	41
4.98-6.25	0.26	58	0.237	570	X-RAY DIFFRACTION	41
6.25-20	0.211	49	0.223	563	X-RAY DIFFRACTION	41

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param

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