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- PDB-2q7m: Crystal structure of human FLAP with MK-591 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q7m
タイトルCrystal structure of human FLAP with MK-591
要素Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / LIPID TRANSPORT / MAPEG / FLAP
機能・相同性
機能・相同性情報


leukotriene production involved in inflammatory response / arachidonate 5-lipoxygenase activity / leukotriene-C4 synthase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / lipoxygenase pathway / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / positive regulation of acute inflammatory response / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity ...leukotriene production involved in inflammatory response / arachidonate 5-lipoxygenase activity / leukotriene-C4 synthase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / lipoxygenase pathway / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / positive regulation of acute inflammatory response / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / arachidonate binding / protein homotrimerization / glutathione transferase activity / enzyme activator activity / cellular response to calcium ion / nuclear envelope / nuclear membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / : / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2CS / Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.25 Å
データ登録者Ferguson, A.D.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of inhibitor-bound human 5-lipoxygenase-activating protein.
著者: Ferguson, A.D. / McKeever, B.M. / Xu, S. / Wisniewski, D. / Miller, D.K. / Yamin, T.T. / Spencer, R.H. / Chu, L. / Ujjainwalla, F. / Cunningham, B.R. / Evans, J.F. / Becker, J.W.
履歴
登録2007年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
B: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
C: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
D: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
E: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
F: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,19412
ポリマ－108,6716
非ポリマー3,5236
水00
1
A: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
B: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
C: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0976
ポリマ－54,3363
非ポリマー1,7623
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
手法PISA
2
D: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
E: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
F: Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0976
ポリマ－54,3363
非ポリマー1,7623
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.600, 180.600, 140.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細The biological unit is a trimer

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要素

#1: タンパク質
Arachidonate 5-lipoxygenase-activating protein / FLAP / MK-886-binding protein


分子量: 18111.910 Da / 分子数: 6 / 変異: K148A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALOX5AP, FLAP / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P20292
#2: 化合物
ChemComp-2CS / 3-[3-(TERT-BUTYLTHIO)-1-(4-CHLOROBENZYL)-5-(QUINOLIN-2-YLMETHOXY)-1H-INDOL-2-YL]-2,2-DIMETHYLPROPANOIC ACID / MK-0591


分子量: 587.171 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H35ClN2O3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.272281 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.670441 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG4000, 0.32 LiCl2, 1mM TCEP , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.25→38.8 Å / Num. obs: 16875 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 164.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 4.25→4.51 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 4.57 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT1.9.3精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNT1.9.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.25→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2835 843 5.06 %RANDOM
Rwork0.2419 ---
obs0.244 16647 99.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 191.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.59548494 Å20 Å20 Å2
2---4.59548494 Å20 Å2
3---9.19096988 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6987 0 246 0 7233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00674392
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.908101042
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d32.55713500
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0062102
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.00910905
X-RAY DIFFRACTIONt_it5.264743920
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0457395
LS精密化 シェル解像度: 4.25→4.51 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3639 128 4.84 %
Rwork0.2833 2517 -
all0.2875 2645 -
obs--99.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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