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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q7c | ||||||
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タイトル | Crystal structure of IQN17 | ||||||
![]() | fusion protein between yeast variant GCN4 and HIVgp41 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / COILED COIL / VIRAL PROTEIN/VIRAL PROTEIN INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Malashkevich, V.N. / Eckert, D.M. / Hong, L.H. / Kim, P.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Inhibiting HIV Entry: Discovery of D-Peptide Inhibitors that Target the Gp41 Coiled-Coil Pocket 著者: Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Hong, L.H. / Carr, P.A. / Kim, P.S. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of GCN4-Piqi, a Trimeric Coiled-Coil with Buried Polar Residues. 著者: Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S. #2: ![]() タイトル: Core structure of gp41 from the HIV envelope glycoprotein 著者: Chan, D.C. / Fass, D. / Berger, J.M. / Kim, P.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 30.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5468.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE. THE SEQUENCE NATURALLY OCCURS IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE AND HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS. 参照: UniProt: A3F986 #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 16% PEG4000, 1.5 M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月31日 / 詳細: X4A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→35 Å / Num. obs: 9644 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 19.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.254 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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