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- PDB-2q7c: Crystal structure of IQN17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q7c
タイトルCrystal structure of IQN17
要素fusion protein between yeast variant GCN4 and HIVgp41
キーワードVIRAL PROTEIN / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / COILED COIL / VIRAL PROTEIN/VIRAL PROTEIN INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Eckert, D.M. / Hong, L.H. / Kim, P.S.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1999
タイトル: Inhibiting HIV Entry: Discovery of D-Peptide Inhibitors that Target the Gp41 Coiled-Coil Pocket
著者: Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Hong, L.H. / Carr, P.A. / Kim, P.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of GCN4-Piqi, a Trimeric Coiled-Coil with Buried Polar Residues.
著者: Eckert, D.M. / Malashkevich, V.N. / Kim, P.S.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1997
タイトル: Core structure of gp41 from the HIV envelope glycoprotein
著者: Chan, D.C. / Fass, D. / Berger, J.M. / Kim, P.S.
履歴
登録2007年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fusion protein between yeast variant GCN4 and HIVgp41
B: fusion protein between yeast variant GCN4 and HIVgp41
C: fusion protein between yeast variant GCN4 and HIVgp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5487
ポリマ－16,4063
非ポリマー1424
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6130 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area9350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.986, 39.846, 135.396
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド fusion protein between yeast variant GCN4 and HIVgp41 / IQN17


分子量: 5468.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
詳細: SYNTHETIC PEPTIDE. THE SEQUENCE NATURALLY OCCURS IN SACCHAROMYCES CEREVISIAE AND HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS.
参照: UniProt: A3F986
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.13 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG4000, 1.5 M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月31日 / 詳細: X4A
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 9644 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2-2.070.2099111.12894.4
2.07-2.150.1659271.00499.6
2.15-2.250.1359600.97799.9
2.25-2.370.0989600.92100
2.37-2.520.0869631.016100
2.52-2.710.0729621.09299.9
2.71-2.990.0529710.98499.7
2.99-3.420.0439760.91899.5
3.42-4.310.03410031.21498.3
4.31-350.03210111.49692.5

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å24.57 Å
Translation2.5 Å24.57 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.3.0034精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 6.021 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30954 463 4.8 %RANDOM
Rwork0.23414 ---
obs0.23779 9139 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.254 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.45 Å20 Å20 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3----2.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1165 0 13 84 1262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0221183
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.891.9981574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7695136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg44.7925.6653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.91215296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.933159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02799
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1840.241
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2650.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3320.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1851.5746
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.326201116
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.53520543
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5894.5456
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 29 -
Rwork0.252 609 -
obs-950 89.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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