PDB-2q74: Mycobacterium tuberculosis SuhB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q74

タイトル

Mycobacterium tuberculosis SuhB

要素

Inositol-1-monophosphatase

キーワード

HYDROLASE / alpha-beta-alpha-beta-alpha sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

: / inositol biosynthetic process / inositol-phosphate phosphatase / inositol monophosphate 3-phosphatase activity / inositol monophosphate 4-phosphatase activity / inositol monophosphate 1-phosphatase activity / inositol metabolic process / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / magnesium ion binding / signal transduction / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Brown, A.K. / Meng, G. / Ghadbane, H. / Besra, G.S. / Futterer, K.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2007
タイトル: Dimerization of inositol monophosphatase Mycobacterium tuberculosis SuhB is not constitutive, but induced by binding of the activator Mg2+
著者: Brown, A.K. / Meng, G. / Ghadbane, H. / Scott, D.J. / Dover, L.G. / Nigou, J. / Besra, G.S. / Futterer, K.

履歴

登録	2007年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q74.cif.gz	146.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q74.ent.gz	115.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q74_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q74_full_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示
XML形式データ	2q74_validation.xml.gz	28.6 KB	表示
CIF形式データ	2q74_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/2q74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q7/2q74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1imaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ot7-2 4ha1-2 2zid-d 5xbs-2 5c5h-2 1zlz-d 2rcv-3 4wlc-d 3vnr-d 5bsw-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inositol-1-monophosphatase

B: Inositol-1-monophosphatase

C: Inositol-1-monophosphatase

93.6 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inositol-1-monophosphatase

C: Inositol-1-monophosphatase

登録者が定義した集合体
62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inositol-1-monophosphatase

登録者が定義した集合体
62.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.400, 185.600, 107.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-289- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	A
5	1	B
6	1	C
7	1	A
8	1	B
9	1	C
10	1	A
11	1	B
12	1	C
13	1	A
14	1	B
15	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	PHE	PHE	A	A	5 - 34	5 - 34
2	1	ASP	ASP	PHE	PHE	B	B	5 - 34	5 - 34
3	1	ASP	ASP	PHE	PHE	C	C	5 - 34	5 - 34
4	2	ASP	ASP	GLY	GLY	A	A	54 - 85	54 - 85
5	2	ASP	ASP	GLY	GLY	B	B	54 - 85	54 - 85
6	2	ASP	ASP	GLY	GLY	C	C	54 - 85	54 - 85
7	3	THR	THR	GLY	GLY	A	A	100 - 180	100 - 180
8	3	THR	THR	GLY	GLY	B	B	100 - 180	100 - 180
9	3	THR	THR	GLY	GLY	C	C	100 - 180	100 - 180
10	4	ARG	ARG	SER	SER	A	A	188 - 253	188 - 253
11	4	ARG	ARG	SER	SER	B	B	188 - 253	188 - 253
12	4	ARG	ARG	SER	SER	C	C	188 - 253	188 - 253
13	5	ALA	ALA	GLU	GLU	A	A	260 - 286	260 - 286
14	5	ALA	ALA	GLU	GLU	B	B	260 - 286	260 - 286
15	5	ALA	ALA	GLU	GLU	C	C	260 - 286	260 - 286

#1: タンパク質	Inositol-1-monophosphatase / IMPase / Inositol-1- phosphatase / I-1-Pase 分子量: 31201.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: suhB / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) 参照: UniProt: P65165, UniProt: P9WKI9*PLUS, inositol-phosphate phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Inositol-1-monophosphatase / IMPase / Inositol-1- phosphatase / I-1-Pase

分子量: 31201.217 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: suhB / プラスミド: pET23b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: P65165, UniProt: P9WKI9*PLUS, inositol-phosphate phosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.04 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月9日
放射	モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 30931 / Num. obs: 30931 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 77 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.258 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3028 / R_sym value: 0.258 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IMA

1ima

解像度: 2.6→19.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 23.333 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24471	1469	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22261	-	-	-
all	0.22372	27563	-	-
obs	0.22372	27563	93.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.033 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5342	0	0	124	5466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5407
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.259	1.966	7354
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.936	3	8491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.686	5	720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.632	22.632	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.741	15	798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.747	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	3983
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2624
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	3094
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.347	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.34	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.777	1.5	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.131	1.5	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.318	2	5674
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.645	3	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.799	4.5	1680

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2857 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.03	0.05
2	B	tight positional	0.03	0.05
3	C	tight positional	0.03	0.05
1	A	tight thermal	0.07	0.5
2	B	tight thermal	0.06	0.5
3	C	tight thermal	0.07	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.602→2.74 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.293	192	-
R_work	0.282	3345	-
obs	-	-	81.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2321	0.2567	0.6979	3.3474	0.087	1.6723	-0.0023	-0.0078	0.2343	0.1201	-0.0824	-0.2768	-0.011	0.0708	0.0848	-0.122	0.0539	-0.0138	0.0101	0.0633	-0.276	29.5186	56.5743	33.5054
2	2.184	1.0202	-0.056	0.7322	0.3359	1.2399	-0.0906	-0.2321	0.855	0.0674	-0.0897	-0.0068	-0.1725	-0.0029	0.1804	0.0946	0.042	-0.1314	-0.0639	-0.2009	0.4834	40.6201	1.7577	36.8054
3	2.5413	0.8302	0.5872	2.1152	0.4235	3.0761	-0.0416	0.0044	-0.2886	-0.1576	0.0201	-0.0389	0.3495	-0.1026	0.0215	-0.0157	0.0651	0.0571	0.0175	0.0025	-0.3302	20.7774	38.7782	13.2007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 286	5 - 286
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	5 - 286	5 - 286
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	5 - 286	5 - 286

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関連情報:EMDBヘッダ

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